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Fusion Gene Summary

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Fusion Gene PPI analysis

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Fusion gene:LPHN3-GPM6A (FusionGDB2 ID:49282)

Fusion Gene Summary for LPHN3-GPM6A

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: LPHN3-GPM6A
Fusion gene ID: 49282
HgeneTgene
Gene symbol

LPHN3

GPM6A

Gene ID

23284

2823

Gene nameadhesion G protein-coupled receptor L3glycoprotein M6A
SynonymsCIRL3|CL3|LEC3|LPHN3GPM6|M6A
Cytomap

4q13.1

4q34.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionadhesion G protein-coupled receptor L3CIRL-3calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 3latrophilin homolog 3 (cow)latrophilin-3lectomedin 3neuronal membrane glycoprotein M6-a
Modification date2020031320200313
UniProtAcc.

P51674

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000512091, ENST00000514591, 
ENST00000511324, ENST00000506700, 
ENST00000509896, ENST00000545650, 
ENST00000508693, ENST00000507164, 
ENST00000507625, ENST00000514157, 
ENST00000504896, ENST00000514996, 
ENST00000506720, ENST00000506746, 
ENST00000508946, ENST00000508078, 
ENST00000280187, ENST00000393658, 
ENST00000506894, ENST00000515090, 
ENST00000506219, 
Fusion gene scores* DoF score6 X 4 X 4=968 X 7 X 4=224
# samples 79
** MAII scorelog2(7/96*10)=-0.45567948377619
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(9/224*10)=-1.31550182572793
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: LPHN3 [Title/Abstract] AND GPM6A [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointLPHN3(62679607)-GPM6A(176622918), # samples:1
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneLPHN3

GO:0098742

cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules

26235030

TgeneGPM6A

GO:0001764

neuron migration

19298174

TgeneGPM6A

GO:0048863

stem cell differentiation

19298174


check buttonFusion gene breakpoints across LPHN3 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

check buttonFusion gene breakpoints across GPM6A (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4LGGTCGA-DU-5854LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-


Top

Fusion Gene ORF analysis for LPHN3-GPM6A

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
In-frameENST00000512091ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000512091ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000512091ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000512091ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
5CDS-intronENST00000512091ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000514591ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000514591ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000514591ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000514591ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000514591ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000511324ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000511324ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000511324ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000511324ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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5CDS-intronENST00000511324ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000506700ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000506700ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000506700ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000506700ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000506700ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000509896ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000509896ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000509896ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000509896ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
5CDS-intronENST00000509896ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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In-frameENST00000545650ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000545650ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000545650ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000545650ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000545650ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508693ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508693ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508693ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508693ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
5CDS-intronENST00000508693ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000507164ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000507164ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000507164ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000507164ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000507164ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000507625ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000507625ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

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In-frameENST00000507625ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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In-frameENST00000507625ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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5CDS-intronENST00000507625ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000514157ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000514157ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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In-frameENST00000514157ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000514157ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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5CDS-intronENST00000514157ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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In-frameENST00000504896ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000504896ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000504896ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000504896ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

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5CDS-intronENST00000504896ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

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-
In-frameENST00000514996ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000514996ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

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In-frameENST00000514996ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000514996ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

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5CDS-intronENST00000514996ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506720ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506720ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506720ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506720ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000506720ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506746ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506746ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506746ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000506746ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000506746ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508946ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508946ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508946ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
In-frameENST00000508946ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
5CDS-intronENST00000508946ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
intron-3CDSENST00000508078ENST00000280187LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
intron-3CDSENST00000508078ENST00000393658LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
intron-3CDSENST00000508078ENST00000506894LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
intron-3CDSENST00000508078ENST00000515090LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-
intron-intronENST00000508078ENST00000506219LPHN3chr4

62679607

+GPM6Achr4

176622918

-

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000512091LPHN3chr462679607+ENST00000280187GPM6Achr4176622918-479420237472822691
ENST00000512091LPHN3chr462679607+ENST00000393658GPM6Achr4176622918-428320237472822691
ENST00000512091LPHN3chr462679607+ENST00000506894GPM6Achr4176622918-428120237472822691
ENST00000512091LPHN3chr462679607+ENST00000515090GPM6Achr4176622918-318220237472822691
ENST00000514591LPHN3chr462679607+ENST00000280187GPM6Achr4176622918-437616053292404691
ENST00000514591LPHN3chr462679607+ENST00000393658GPM6Achr4176622918-386516053292404691
ENST00000514591LPHN3chr462679607+ENST00000506894GPM6Achr4176622918-386316053292404691
ENST00000514591LPHN3chr462679607+ENST00000515090GPM6Achr4176622918-276416053292404691
ENST00000511324LPHN3chr462679607+ENST00000280187GPM6Achr4176622918-442416531732452759
ENST00000511324LPHN3chr462679607+ENST00000393658GPM6Achr4176622918-391316531732452759
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ENST00000511324LPHN3chr462679607+ENST00000515090GPM6Achr4176622918-281216531732452759
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check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
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ENST00000506746ENST00000515090LPHN3chr462679607+GPM6Achr4176622918-0.001567640.99843234
ENST00000508946ENST00000280187LPHN3chr462679607+GPM6Achr4176622918-0.0002457210.99975425
ENST00000508946ENST00000393658LPHN3chr462679607+GPM6Achr4176622918-0.0003174030.99968266
ENST00000508946ENST00000506894LPHN3chr462679607+GPM6Achr4176622918-0.0003162740.99968374
ENST00000508946ENST00000515090LPHN3chr462679607+GPM6Achr4176622918-0.0009690720.99903095

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Fusion Genomic Features for LPHN3-GPM6A


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

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Fusion Protein Features for LPHN3-GPM6A


check button Go to

FGviewer for the breakpoints of chr4:62679607-chr4:176622918

.
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
.GPM6A

P51674

FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.FUNCTION: Involved in neuronal differentiation, including differentiation and migration of neuronal stem cells. Plays a role in neuronal plasticity and is involved in neurite and filopodia outgrowth, filopodia motility and probably synapse formation. GPM6A-induced filopodia formation involves mitogen-activated protein kinase (MAPK) and Src signaling pathways. May be involved in neuronal NGF-dependent Ca(2+) influx. May be involved in regulation of endocytosis and intracellular trafficking of G-protein-coupled receptors (GPCRs); enhances internalization and recycling of mu-type opioid receptor. {ECO:0000269|PubMed:19298174}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826134_393425.33333333333331241.0DomainOlfactomedin-like
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+82635_124425.33333333333331241.0DomainSUEL-type lectin
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000028018718106_12712.333333333333334279.0Topological domainCytoplasmic
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TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000050689407106_1271.3333333333333333268.0Topological domainCytoplasmic
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TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST000005068940744_841.3333333333333333268.0Topological domainExtracellular
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TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000051509007235_2785.333333333333333272.0Topological domainCytoplasmic
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST000005150900744_845.333333333333333272.0Topological domainExtracellular
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TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000050689407128_1481.3333333333333333268.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000050689407214_2341.3333333333333333268.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST000005068940723_431.3333333333333333268.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST000005068940785_1051.3333333333333333268.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000051509007128_1485.333333333333333272.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST0000051509007214_2345.333333333333333272.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST000005150900723_435.333333333333333272.0TransmembraneHelical
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST000005150900785_1055.333333333333333272.0TransmembraneHelical

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826802_853425.33333333333331241.0DomainGPS
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+8261031_1049425.33333333333331241.0Topological domainCytoplasmic
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+8261073_1081425.33333333333331241.0Topological domainExtracellular
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+8261105_1447425.33333333333331241.0Topological domainCytoplasmic
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+82620_866425.33333333333331241.0Topological domainExtracellular
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826890_901425.33333333333331241.0Topological domainCytoplasmic
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826920_933425.33333333333331241.0Topological domainExtracellular
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826957_968425.33333333333331241.0Topological domainCytoplasmic
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826989_1007425.33333333333331241.0Topological domainExtracellular
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+8261008_1030425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D5
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+8261050_1072425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D6
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+8261082_1104425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D7
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826867_889425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D1
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826902_919425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D2
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826934_956425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D3
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826969_988425.33333333333331241.0TransmembraneHelical%3B Name%3D4
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST00000280187181_2212.333333333333334279.0Topological domainCytoplasmic
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST00000393658071_2212.333333333333334279.0Topological domainCytoplasmic
TgeneGPM6Achr4:62679607chr4:176622918ENST00000515090071_225.333333333333333272.0Topological domainCytoplasmic


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Fusion Gene Sequence for LPHN3-GPM6A


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>In-frame_ENST00000512091_ENST00000280187_TCGA-DU-5854_LPHN3_chr4_62679607_+_GPM6A_chr4_176622918_length(transcript)=4794nt_BP=2023nt
TTCTTAAGCGGCGGCGGCAGCAGCAGCAGCAAGAGAAGGAGAAGCAGCCCCAGCTATGACTGCCGCATGTTAATAGCTGCCGCTGGGTCC
CTCGGCTGCTGCTGGAGACAGAGCCTGACTCCGAAGTTGTGCAACTGTGGACTGGGAGAGACATTTGAACCCTCTTTTCTTTTCGCTCCC
CTTTTGCCCCCTTGGGGTGTGTGAAGCGAGGAACGTAAAGGAAGGCGAACATTTGGCTCTCTTTTTCCTTCCCCTTTCTCCGTGGCTGTG
TAGCGGAAGAAAGGGAAGAGAGACTTTTTGTTGTTGTTTCCTTGACTGGGGTCTCCACCCTCCTGCTGCTTTCTCTGCGCTTCGATTCTC
GTTATTTGCCGCGTGTGGTTGGGGGTGTCTGCACAGGGGCCGGCCGGTCTTTTGCCCCGGGCTCAATGGCTGGATTGTGGAAACTGCACC
CGCCTTCAGGTTGTTGAGCAACTGATGGGACGATCTCAGGGACCGGCGTTTACGAAAGAAATGTTTAATTTGGTAAATTGGAGGAAAAAA
ACATGGATTTTTAGCAATTGAAGAGCAAATTAAGGTTTCAGATTTGGGATATTGGTGTTTCTGTTTTGGAGAAATTATTCTTTTTCTTTT
TAATTTGAAGAAAAATCATCAGTCTTGGAATACAGAAGAGAAACTAGAAATATACGTATTTTGTTTCACATTTGAACAGTCATTCTTGAG
GAATACTCCATACCTGAGTAGACAGCCATGTGGCCATCGCAGCTACTAATTTTCATGATGCTCTTAGCTCCAATAATTCATGCTTTCAGC
CGTGCCCCAATTCCAATGGCTGTGGTCCGCAGAGAGCTATCCTGTGAGAGCTATCCTATAGAGCTTCGCTGTCCAGGAACAGACGTCATC
ATGATAGAAAGTGCCAACTATGGCAGGACTGATGACAAAATTTGTGACTCTGACCCTGCTCAGATGGAGAATATCCGATGTTATCTGCCA
GATGCCTATAAGATTATGTCTCAAAGATGCAATAACAGAACCCAGTGTGCAGTGGTGGCAGGTCCTGATGTTTTTCCAGACCCGTGTCCA
GGAACCTATAAATACCTTGAAGTGCAGTATGAATGTGTCCCTTACAAAGTGGAACAAAAAGTTTTTCTTTGTCCTGGACTACTAAAAGGA
GTATACCAGAGTGAACATTTGTTTGAGTCCGACCACCAATCTGGGGCGTGGTGCAAAGACCCTCTGCAGGCATCTGACAAGATTTATTAT
ATGCCCTGGACTCCCTACAGAACTGATACCCTGACTGAGTATTCATCCAAGGATGACTTCATTGCTGGAAGACCAACTACAACCTACAAG
CTCCCTCACAGGGTGGATGGCACAGGATTTGTAGTGTATGATGGAGCTTTGTTCTTCAACAAAGAGCGCACCAGGAACATAGTAAAGTTT
GATTTGCGGACTAGGATAAAGAGTGGAGAGGCTATCATAGCAAATGCCAATTACCATGATACCTCCCCTTACCGATGGGGAGGCAAATCT
GACATAGACCTGGCAGTAGATGAGAATGGGCTATGGGTAATCTATGCAACAGAACAAAACAATGGTAAAATTGTCATTAGTCAATTGAAC
CCTTACACCCTACGGATCGAAGGAACATGGGATACTGCATATGATAAAAGGTCAGCTTCCAATGCCTTTATGATTTGTGGAATTCTGTAT
GTGGTCAAATCTGTATATGAGGATGATGACAATGAGGCTACTGGAAATAAGATTGACTACATTTACAACACTGACCAAAGCAAGGATAGT
TTGGTGGATGTACCCTTTCCTAATTCATACCAGTACATTGCAGCTGTGGATTACAACCCCAGGGACAACCTACTTTATGTATGGAATAAC
TATCACGTCGTGAAATATTCTTTGGATTTTGGACCTCTGGATAGTAGATCAGGGCAGGCACATCATGGACAAGTTTCATACATTTCTCCG
CCAATTCACCTTGACTCTGAGCTAGAAAGACCCTCTGTTAAAGGGTGTTTTGAATGCTGTATCAAATGCCTGGGGGGCATTCCCTATGCC
TCTCTGATTGCCACCATCCTGCTCTATGCGGGTGTTGCCCTGTTCTGTGGCTGCGGTCATGAAGCGCTTTCTGGAACTGTCAACATTCTG
CAAACCTACTTTGAGATGGCAAGAACTGCTGGAGACACACTGGATGTTTTTACCATGATTGACATCTTTAAGTATGTGATCTACGGCATC
GCAGCTGCGTTCTTTGTGTATGGCATTTTGCTGATGGTGGAAGGTTTCTTCACAACTGGGGCCATCAAAGATCTCTATGGGGATTTCAAA
ATCACCACTTGTGGCAGATGTGTGAGCGCTTGGTTCATTATGCTGACATATCTTTTCATGTTGGCCTGGCTGGGAGTCACGGCTTTCACC
TCACTGCCAGTTTACATGTACTTCAATCTGTGGACCATCTGCCGGAACACCACATTAGTGGAGGGAGCAAATCTCTGCTTGGACCTTCGT
CAGTTTGGAATTGTGACAATTGGAGAGGAAAAGAAAATTTGTACTGTCTCTGAGAATTTCTTGAGGATGTGCGAATCTACTGAGCTGAAC
ATGACCTTCCACTTGTTTATTGTGGCACTTGCTGGAGCTGGGGCAGCAGTCATTGCTATGGTTCACTACCTTATGGTTCTGTCTGCCAAC
TGGGCCTATGTGAAAGACGCCTGCCGGATGCAGAAGTATGAAGACATCAAGTCGAAGGAAGAGCAAGAGCTTCATGACATCCACTCTACT
CGCTCCAAAGAGCGGCTCAATGCATACACATAAATGCATCTTCCTGTTCTTTCTACCATTTGAATGCATTGGTGTTTAACTAAGGGCCAT
CCAACCATCCAACCTTTAAAAAACAAAACGAAAGTGCTTCTCATCAATGATATGTAAGGTGACTTATGAATCACCTGAGTACAATTCTTT
GTTGTTTAGCACTTAAATTTCCCAATTTATTAAATTGATGTAAATCAGATCTTTTCTACAAGCTCCTATCCAGCCTTTTTTTTGAAATTT
CTCAAACTCATTTACTAGTTCTGTAAAATCAAAGATACTAACATTGTCAAATGCAAAGATTTGTTTGATTTTTAACCACTTCCCATGTGT
TATACATAACACCTTTTGCATTATTTCTTATGTTTTGAAAAGAAAATAGCTTTTTATACTTTTTAGTTTTGATTTCGGTAACTAGTTTAA
CTACAGGTAACCTTCAAAGGGACCATTGTACATTATGAACAATAGATAGAGATTACATCTTGATGACTCTTGAAATATGGAAATTTTGTC
TGAAGATCAGTGGCCATATTACTGTAGGCCCTGGTTCATGTTTTCATCAATCTAAGGTGCAATTTCTAAATTTGTAAGAGTAGGTTTAAA
AAAAAAAGTGCTTCTTATCTTTGTTAACATTGTACTTTTCCTTGATGTTCTTAAAAGGTATTTCCCTCAGATTACTCATGTTTATGTTGT
GAGCATGTAGAAACAGTAATGCTAATGCATGGCTAGTTGCCTTTTTAAGATTGTGACACCAGGCTTACCTTTTAAAGTTTAGTATATAGA
GACAATTTTAATGGAAATAACTACTGTAGACTATTGAAGAATGATCTCTTTGTGATTTAAGAAGTGGCTGGATTGGAACTTTTAATATGC
TAATGTGGAAAATTAATTACCTTTATGAAGGTGGTTTATTACAAATAAGCACACTAACCCCTCGGAAGTTGTTTTACCTACTTTAAAAGT
TTTAATGGATTGCACCTCTGTAAACTATTCCTAAAATGTGTATGATATATTTGAAAAGGCTTCCATTAATATAATAGCTTTGCTTGCAGC
CTTCCAATCTATGTTGGTTTACCTGTAGTGTTTTATAAAGTGTGGTCAGAGGCCCCTATAGAATGTATTGTTTGAAAGTGTAGTGATATA
TTTGTGTTTTTATTTCAAGTAAGTCATTTTAACCGAATGTTCATTCATATTCATTTATAAAAAGTACCTGTATCAAAGGAATTTTAACAA
AGAGCAATCAGTATTATTGGACCAAATTTGGTGTTTGTTTTCACCTTGACGCTCTTCTTTTCATTATTTCTAATGCTACAAGAATGCTGT
AAAGTGTCTTCTAAAATGATGTAGCCTGACAAGACATTTTTTTCAGTGTATAAAACTAGGTAGTATTGTGCACTGATTTGACCATTGTGA
AATCCTTTCTCAGTGTAACTGCATTTCTAATAAAAATTTATTGAGTGAAACAATCTTTGTACAATGACTAGTCATGCATCATCAGTAATT
TTACAAGTTCTTGTAGTAGGTAGGGGGTACTACTAGGGATATCTGTGGCATGATTATGCATTCCGTAGTATTATTTAATTAATTTGGGGT
TCATTTTGCTTCCTTTTCTTTATGCTTAGATTATCTTACTGGTTCAACATTTTTCTGATATATGCAGTATTACAGATATTCAGCAAAAGT
ATTAATGGGCTTCTTTAAATTCTATATTATAGTATTTCAGTTCCGTGTCTTAACAGTTTGTGATAATTTCTAAAACTGTCTTTTCAACTT
ATGTAATGATGTTGACACTTTTGGCTTTTATTTCTGGTATTAGAGTTTGTATTTTCACAGAGTGCTTTGTAGCAGGCATTACAATTAATC
TGTTTTGTACATAAATGTGCCAACAGCTTGATGGTGGCGTTTTTGAAATGTAGAACAGAGTGCTTGCAAAATGTAATAAATACACTTGTG

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GTTGTTTAGCACTTAAATTTCCCAATTTATTAAATTGATGTAAATCAGATCTTTTCTACAAGCTCCTATCCAGCCTTTTTTTTGAAATTT
CTCAAACTCATTTACTAGTTCTGTAAAATCAAAGATACTAACATTGTCAAATGCAAAGATTTGTTTGATTTTTAACCACTTCCCATGTGT
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GACATAGACCTGGCAGTAGATGAGAATGGGCTATGGGTAATCTATGCAACAGAACAAAACAATGGTAAAATTGTCATTAGTCAATTGAAC
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GCAGCTGCGTTCTTTGTGTATGGCATTTTGCTGATGGTGGAAGGTTTCTTCACAACTGGGGCCATCAAAGATCTCTATGGGGATTTCAAA
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TCACTGCCAGTTTACATGTACTTCAATCTGTGGACCATCTGCCGGAACACCACATTAGTGGAGGGAGCAAATCTCTGCTTGGACCTTCGT
CAGTTTGGAATTGTGACAATTGGAGAGGAAAAGAAAATTTGTACTGTCTCTGAGAATTTCTTGAGGATGTGCGAATCTACTGAGCTGAAC
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CGCTCCAAAGAGCGGCTCAATGCATACACATAAATGCATCTTCCTGTTCTTTCTACCATTTGAATGCATTGGTGTTTAACTAAGGGCCAT
CCAACCATCCAACCTTTAAAAAACAAAACGAAAGTGCTTCTCATCAATGATATGTAAGGTGACTTATGAATCACCTGAGTACAATTCTTT
GTTGTTTAGCACTTAAATTTCCCAATTTATTAAATTGATGTAAATCAGATCTTTTCTACAAGCTCCTATCCAGCCTTTTTTTTGAAATTT
CTCAAACTCATTTACTAGTTCTGTAAAATCAAAGATACTAACATTGTCAAATGCAAAGATTTGTTTGATTTTTAACCACTTCCCATGTGT
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CAGTTTGGAATTGTGACAATTGGAGAGGAAAAGAAAATTTGTACTGTCTCTGAGAATTTCTTGAGGATGTGCGAATCTACTGAGCTGAAC
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TCATAGCAAATGCCAATTACCATGATACCTCCCCTTACCGATGGGGAGGCAAATCTGACATAGACCTGGCAGTAGATGAGAATGGGCTAT
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CAAAAAGTTTTTCTTTGTCCTGGACTACTAAAAGGAGTATACCAGAGTGAACATTTGTTTGAGTCCGACCACCAATCTGGGGCGTGGTGC
AAAGACCCTCTGCAGGCATCTGACAAGATTTATTATATGCCCTGGACTCCCTACAGAACTGATACCCTGACTGAGTATTCATCCAAGGAT
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GCTTCCAATGCCTTTATGATTTGTGGAATTCTGTATGTGGTCAAATCTGTATATGAGGATGATGACAATGAGGCTACTGGAAATAAGATT
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AACCCCAGGGACAACCTACTTTATGTATGGAATAACTATCACGTCGTGAAATATTCTTTGGATTTTGGACCTCTGGATAGTAGATCAGGG
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GCTATGGTTCACTACCTTATGGTTCTGTCTGCCAACTGGGCCTATGTGAAAGACGCCTGCCGGATGCAGAAGTATGAAGACATCAAGTCG
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ACATCTTGATGACTCTTGAAATATGGAAATTTTGTCTGAAGATCAGTGGCCATATTACTGTAGGCCCTGGTTCATGTTTTCATCAATCTA
AGGTGCAATTTCTAAATTTGTAAGAGTAGGTTTAAAAAAAAAAGTGCTTCTTATCTTTGTTAACATTGTACTTTTCCTTGATGTTCTTAA
AAGGTATTTCCCTCAGATTACTCATGTTTATGTTGTGAGCATGTAGAAACAGTAATGCTAATGCATGGCTAGTTGCCTTTTTAAGATTGT
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TTATAAAAAGTACCTGTATCAAAGGAATTTTAACAAAGAGCAATCAGTATTATTGGACCAAATTTGGTGTTTGTTTTCACCTTGACGCTC
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TGGGGATTTCAAAATCACCACTTGTGGCAGATGTGTGAGCGCTTGGTTCATTATGCTGACATATCTTTTCATGTTGGCCTGGCTGGGAGT
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TGTAGGCCCTGGTTCATGTTTTCATCAATCTAAGGTGCAATTTCTAAATTTGTAAGAGTAGGTTTAAAAAAAAAAGTGCTTCTTATCTTT
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AACTATTCCTAAAATGTGTATGATATATTTGAAAAGGCTTCCATTAATATAATAGCTTTGCTTGCAGCCTTCCAATCTATGTTGGTTTAC
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GTCATTTTAACCGAATGTTCATTCATATTCATTTATAAAAAGTACCTGTATCAAAGGAATTTTAACAAAGAGCAATCAGTATTATTGGAC
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GTTAACATTGTACTTTTCCTTGATGTTCTTAAAAGGTATTTCCCTCAGATTACTCATGTTTATGTTGTGAGCATGTAGAAACAGTAATGC
TAATGCATGGCTAGTTGCCTTTTTAAGATTGTGACACCAGGCTTACCTTTTAAAGTTTAGTATATAGAGACAATTTTAATGGAAATAACT
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TTATGAAGGTGGTTTATTACAAATAAGCACACTAACCCCTCGGAAGTTGTTTTACCTACTTTAAAAGTTTTAATGGATTGCACCTCTGTA
AACTATTCCTAAAATGTGTATGATATATTTGAAAAGGCTTCCATTAATATAATAGCTTTGCTTGCAGCCTTCCAATCTATGTTGGTTTAC
CTGTAGTGTTTTATAAAGTGTGGTCAGAGGCCCCTATAGAATGTATTGTTTGAAAGTGTAGTGATATATTTGTGTTTTTATTTCAAGTAA
GTCATTTTAACCGAATGTTCATTCATATTCATTTATAAAAAGTACCTGTATCAAAGGAATTTTAACAAAGAGCAATCAGTATTATTGGAC
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GCTGGAGACACACTGGATGTTTTTACCATGATTGACATCTTTAAGTATGTGATCTACGGCATCGCAGCTGCGTTCTTTGTGTATGGCATT
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TTGGTGTTTGTTTTCACCTTGACGCTCTTCTTTTCATTATTTCTAATGCTACAAGAATGCTGTAAAGTGTCTTCTAAAATGATGTAGCCT
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GGGCTATGGGTAATCTATGCAACAGAACAAAACAATGGTAAAATTGTCATTAGTCAATTGAACCCTTACACCCTACGGATCGAAGGAACA
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GCTGCGTTCTTTGTGTATGGCATTTTGCTGATGGTGGAAGGTTTCTTCACAACTGGGGCCATCAAAGATCTCTATGGGGATTTCAAAATC
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ACCTTCCACTTGTTTATTGTGGCACTTGCTGGAGCTGGGGCAGCAGTCATTGCTATGGTTCACTACCTTATGGTTCTGTCTGCCAACTGG
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ACATAACACCTTTTGCATTATTTCTTATGTTTTGAAAAGAAAATAGCTTTTTATACTTTTTAGTTTTGATTTCGGTAACTAGTTTAACTA
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AATTTTAATGGAAATAACTACTGTAGACTATTGAAGAATGATCTCTTTGTGATTTAAGAAGTGGCTGGATTGGAACTTTTAATATGCTAA
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AAACTCATTTACTAGTTCTGTAAAATCAAAGATACTAACATTGTCAAATGCAAAGATTTGTTTGATTTTTAACCACTTCCCATGTGTTAT
ACATAACACCTTTTGCATTATTTCTTATGTTTTGAAAAGAAAATAGCTTTTTATACTTTTTAGTTTTGATTTCGGTAACTAGTTTAACTA
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AGATCAGTGGCCATATTACTGTAGGCCCTGGTTCATGTTTTCATCAATCTAAGGTGCAATTTCTAAATTTGTAAGAGTAGGTTTAAAAAA
AAAAGTGCTTCTTATCTTTGTTAACATTGTACTTTTCCTTGATGTTCTTAAAAGGTATTTCCCTCAGATTACTCATGTTTATGTTGTGAG
CATGTAGAAACAGTAATGCTAATGCATGGCTAGTTGCCTTTTTAAGATTGTGACACCAGGCTTACCTTTTAAAGTTTAGTATATAGAGAC
AATTTTAATGGAAATAACTACTGTAGACTATTGAAGAATGATCTCTTTGTGATTTAAGAAGTGGCTGGATTGGAACTTTTAATATGCTAA
TGTGGAAAATTAATTACCTTTATGAAGGTGGTTTATTACAAATAAGCACACTAACCCCTCGGAAGTTGTTTTACCTACTTTAAAAGTTTT
AATGGATTGCACCTCTGTAAACTATTCCTAAAATGTGTATGATATATTTGAAAAGGCTTCCATTAATATAATAGCTTTGCTTGCAGCCTT
CCAATCTATGTTGGTTTACCTGTAGTGTTTTATAAAGTGTGGTCAGAGGCCCCTATAGAATGTATTGTTTGAAAGTGTAGTGATATATTT
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Fusion Gene PPI Analysis for LPHN3-GPM6A


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with
HgeneLPHN3chr4:62679607chr4:176622918ENST00000512091+826249_279425.33333333333331241.0FLRT3


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for LPHN3-GPM6A


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for LPHN3-GPM6A


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
TgeneGPM6AC0036341Schizophrenia1PSYGENET
TgeneGPM6AC2239176Liver carcinoma1CTD_human