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Fusion gene:PTBP2-PRKACB (FusionGDB2 ID:69410)

Fusion Gene Summary for PTBP2-PRKACB

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: PTBP2-PRKACB
Fusion gene ID: 69410
HgeneTgene
Gene symbol

PTBP2

PRKACB

Gene ID

58155

5567

Gene namepolypyrimidine tract binding protein 2protein kinase cAMP-activated catalytic subunit beta
SynonymsPTBLP|brPTB|nPTBPKA C-beta|PKACB
Cytomap

1p21.3

1p31.1

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionpolypyrimidine tract-binding protein 2PTB-like proteinneural polypyrimidine tract binding proteinneurally-enriched homolog of PTBcAMP-dependent protein kinase catalytic subunit betacAMP-dependent protein kinase catalytic beta subunit isoform 4abprotein kinase A catalytic subunit betaprotein kinase, cAMP-dependent, beta catalytic subunitprotein kinase, cAMP-dependent, catalytic,
Modification date2020031320200313
UniProtAcc..
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000482253, ENST00000609116, 
ENST00000370197, ENST00000370198, 
ENST00000426398, ENST00000394184, 
ENST00000541987, 		ENST00000370689, 
ENST00000370685, ENST00000394838, 
ENST00000370682, ENST00000394839, 
ENST00000370688, ENST00000470673, 
ENST00000370680, 
Fusion gene scores* DoF score8 X 6 X 4=19211 X 8 X 7=616
# samples 912
** MAII scorelog2(9/192*10)=-1.09310940439148
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(12/616*10)=-2.35989594508638
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: PTBP2 [Title/Abstract] AND PRKACB [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointPTBP2(97217056)-PRKACB(84644860), # samples:1
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgenePTBP2

GO:0033119

negative regulation of RNA splicing

18335065

TgenePRKACB

GO:0006468

protein phosphorylation

12420224|21880142


check buttonFusion gene breakpoints across PTBP2 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

check buttonFusion gene breakpoints across PRKACB (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4Non-CancerERR315409PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+


Top

Fusion Gene ORF analysis for PTBP2-PRKACB

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
intron-3CDSENST00000482253ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3CDSENST00000482253ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3CDSENST00000482253ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3CDSENST00000482253ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3CDSENST00000482253ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3CDSENST00000482253ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3UTRENST00000482253ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
intron-3UTRENST00000482253ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000609116ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000609116ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000609116ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000609116ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000609116ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000609116ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000609116ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000609116ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370197ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370197ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370197ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370197ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370197ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370197ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000370197ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000370197ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370198ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370198ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370198ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370198ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370198ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000370198ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000370198ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000370198ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000426398ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000426398ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000426398ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000426398ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000426398ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000426398ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000426398ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000426398ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000394184ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000394184ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000394184ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000394184ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000394184ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000394184ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000394184ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000394184ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000541987ENST00000370689PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000541987ENST00000370685PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000541987ENST00000394838PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000541987ENST00000370682PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000541987ENST00000394839PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
In-frameENST00000541987ENST00000370688PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000541987ENST00000470673PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+
5CDS-3UTRENST00000541987ENST00000370680PTBP2chr1

97217056

+PRKACBchr1

84644860

+

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000609116PTBP2chr197217056+ENST00000370689PRKACBchr184644860+4400197371206389
ENST00000609116PTBP2chr197217056+ENST00000370685PRKACBchr184644860+4400197371206389
ENST00000609116PTBP2chr197217056+ENST00000394838PRKACBchr184644860+4391197371206389
ENST00000609116PTBP2chr197217056+ENST00000370682PRKACBchr184644860+4391197371206389
ENST00000609116PTBP2chr197217056+ENST00000394839PRKACBchr184644860+4301197371107356
ENST00000609116PTBP2chr197217056+ENST00000370688PRKACBchr184644860+187419737924295
ENST00000370197PTBP2chr197217056+ENST00000370689PRKACBchr184644860+4373170101179389
ENST00000370197PTBP2chr197217056+ENST00000370685PRKACBchr184644860+4373170101179389
ENST00000370197PTBP2chr197217056+ENST00000394838PRKACBchr184644860+4364170101179389
ENST00000370197PTBP2chr197217056+ENST00000370682PRKACBchr184644860+4364170101179389
ENST00000370197PTBP2chr197217056+ENST00000394839PRKACBchr184644860+4274170101080356
ENST00000370197PTBP2chr197217056+ENST00000370688PRKACBchr184644860+184717010897295
ENST00000370198PTBP2chr197217056+ENST00000370689PRKACBchr184644860+4373170101179389
ENST00000370198PTBP2chr197217056+ENST00000370685PRKACBchr184644860+4373170101179389
ENST00000370198PTBP2chr197217056+ENST00000394838PRKACBchr184644860+4364170101179389
ENST00000370198PTBP2chr197217056+ENST00000370682PRKACBchr184644860+4364170101179389
ENST00000370198PTBP2chr197217056+ENST00000394839PRKACBchr184644860+4274170101080356
ENST00000370198PTBP2chr197217056+ENST00000370688PRKACBchr184644860+184717010897295
ENST00000426398PTBP2chr197217056+ENST00000370689PRKACBchr184644860+4361158281167379
ENST00000426398PTBP2chr197217056+ENST00000370685PRKACBchr184644860+4361158281167379
ENST00000426398PTBP2chr197217056+ENST00000394838PRKACBchr184644860+4352158281167379
ENST00000426398PTBP2chr197217056+ENST00000370682PRKACBchr184644860+4352158281167379
ENST00000426398PTBP2chr197217056+ENST00000394839PRKACBchr184644860+4262158281068346
ENST00000426398PTBP2chr197217056+ENST00000370688PRKACBchr184644860+183515828885285
ENST00000394184PTBP2chr197217056+ENST00000370689PRKACBchr184644860+45153121641321385
ENST00000394184PTBP2chr197217056+ENST00000370685PRKACBchr184644860+45153121641321385
ENST00000394184PTBP2chr197217056+ENST00000394838PRKACBchr184644860+45063121641321385
ENST00000394184PTBP2chr197217056+ENST00000370682PRKACBchr184644860+45063121641321385
ENST00000394184PTBP2chr197217056+ENST00000394839PRKACBchr184644860+44163121641222352
ENST00000394184PTBP2chr197217056+ENST00000370688PRKACBchr184644860+19893121641039291
ENST00000541987PTBP2chr197217056+ENST00000370689PRKACBchr184644860+43911881661197343
ENST00000541987PTBP2chr197217056+ENST00000370685PRKACBchr184644860+43911881661197343
ENST00000541987PTBP2chr197217056+ENST00000394838PRKACBchr184644860+43821881661197343
ENST00000541987PTBP2chr197217056+ENST00000370682PRKACBchr184644860+43821881661197343
ENST00000541987PTBP2chr197217056+ENST00000394839PRKACBchr184644860+42921881661098310
ENST00000541987PTBP2chr197217056+ENST00000370688PRKACBchr184644860+1865188166915249

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000609116ENST00000370689PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.000379620.9996203
ENST00000609116ENST00000370685PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.000379620.9996203
ENST00000609116ENST00000394838PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003878570.99961215
ENST00000609116ENST00000370682PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003878570.99961215
ENST00000609116ENST00000394839PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0002087820.9997912
ENST00000609116ENST00000370688PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0008037250.99919623
ENST00000370197ENST00000370689PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003843610.99961567
ENST00000370197ENST00000370685PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003843610.99961567
ENST00000370197ENST00000394838PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.000392770.99960726
ENST00000370197ENST00000370682PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.000392770.99960726
ENST00000370197ENST00000394839PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0002117280.99978834
ENST00000370197ENST00000370688PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0008565810.99914336
ENST00000370198ENST00000370689PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003843610.99961567
ENST00000370198ENST00000370685PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003843610.99961567
ENST00000370198ENST00000394838PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.000392770.99960726
ENST00000370198ENST00000370682PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.000392770.99960726
ENST00000370198ENST00000394839PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0002117280.99978834
ENST00000370198ENST00000370688PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0008565810.99914336
ENST00000426398ENST00000370689PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003811320.9996189
ENST00000426398ENST00000370685PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003811320.9996189
ENST00000426398ENST00000394838PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003895620.9996105
ENST00000426398ENST00000370682PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0003895620.9996105
ENST00000426398ENST00000394839PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0002097090.99979025
ENST00000426398ENST00000370688PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0007606250.99923944
ENST00000394184ENST00000370689PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+9.27E-050.99990726
ENST00000394184ENST00000370685PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+9.27E-050.99990726
ENST00000394184ENST00000394838PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+9.41E-050.99990594
ENST00000394184ENST00000370682PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+9.41E-050.99990594
ENST00000394184ENST00000394839PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+7.08E-050.9999292
ENST00000394184ENST00000370688PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0001823140.99981767
ENST00000541987ENST00000370689PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0001458910.9998541
ENST00000541987ENST00000370685PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0001458910.9998541
ENST00000541987ENST00000394838PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0001516710.99984825
ENST00000541987ENST00000370682PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0001516710.99984825
ENST00000541987ENST00000394839PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+7.11E-050.99992883
ENST00000541987ENST00000370688PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644860+0.0006569370.9993431

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Fusion Genomic Features for PTBP2-PRKACB


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)
PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644859+0.0001079410.999892
PTBP2chr197217056+PRKACBchr184644859+0.0001079410.999892

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

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Fusion Protein Features for PTBP2-PRKACB


check button Go to

FGviewer for the breakpoints of chr1:97217056-chr1:84644860

.
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
..
FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST00000370682212299_35119.333333333333332356.0DomainAGC-kinase C-terminal
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068221244_29819.333333333333332356.0DomainProtein kinase
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST00000370685010299_35162.333333333333336399.0DomainAGC-kinase C-terminal
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068809299_35115.333333333333334258.0DomainAGC-kinase C-terminal
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST000003706880944_29815.333333333333334258.0DomainProtein kinase
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST00000370689010299_35115.333333333333334352.0DomainAGC-kinase C-terminal
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068901044_29815.333333333333334352.0DomainProtein kinase
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST00000394838313299_35122.333333333333332359.0DomainAGC-kinase C-terminal
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000039483831344_29822.333333333333332359.0DomainProtein kinase
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST00000394839211299_35118.333333333333332322.0DomainAGC-kinase C-terminal
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000039483921144_29818.333333333333332322.0DomainProtein kinase
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068221250_5819.333333333333332356.0Nucleotide bindingATP
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST000003706880950_5815.333333333333334258.0Nucleotide bindingATP
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068901050_5815.333333333333334352.0Nucleotide bindingATP
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000039483831350_5822.333333333333332359.0Nucleotide bindingATP
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000039483921150_5818.333333333333332322.0Nucleotide bindingATP

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370197+314315_32438.333333333333336538.0Compositional biasNote=Poly-Ala
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370198+314315_32438.333333333333336537.0Compositional biasNote=Poly-Ala
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000426398+314315_32438.333333333333336532.0Compositional biasNote=Poly-Ala
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370197+314181_25738.333333333333336538.0DomainRRM 2
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370197+314338_41238.333333333333336538.0DomainRRM 3
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370197+314455_52938.333333333333336538.0DomainRRM 4
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370197+31459_13338.333333333333336538.0DomainRRM 1
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370198+314181_25738.333333333333336537.0DomainRRM 2
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370198+314338_41238.333333333333336537.0DomainRRM 3
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370198+314455_52938.333333333333336537.0DomainRRM 4
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000370198+31459_13338.333333333333336537.0DomainRRM 1
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000426398+314181_25738.333333333333336532.0DomainRRM 2
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000426398+314338_41238.333333333333336532.0DomainRRM 3
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000426398+314455_52938.333333333333336532.0DomainRRM 4
HgenePTBP2chr1:97217056chr1:84644860ENST00000426398+31459_13338.333333333333336532.0DomainRRM 1
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068501044_29862.333333333333336399.0DomainProtein kinase
TgenePRKACBchr1:97217056chr1:84644860ENST0000037068501050_5862.333333333333336399.0Nucleotide bindingATP


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Fusion Gene Sequence for PTBP2-PRKACB


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>In-frame_ENST00000609116_ENST00000370689_ERR315409_PTBP2_chr1_97217056_+_PRKACB_chr1_84644860_length(transcript)=4400nt_BP=197nt
CAGCCGCCATTTTCTCGCCGCTTGTGTGGCTCGCTGGCTGCGTGGCTCGGTTCTTGTGAGCGAAGCTTTGTCCGGTTCGGCAATGGACGG
AATCGTCACTGAGGTTGCAGTTGGCGTGAAGAGAGGATCTGACGAACTACTCTCAGGCAGTGTTCTCAGTAGTCCGAACTCTAATATGAG
CAGCATGGTAGTTACAGTGAAAGAGTTTCTAGCCAAAGCCAAAGAAGACTTTTTGAAAAAATGGGAGAATCCAACTCAGAATAATGCCGG
ACTTGAAGATTTTGAAAGGAAAAAAACCCTTGGAACAGGTTCATTTGGAAGAGTCATGTTGGTAAAACACAAAGCCACTGAACAGTATTA
TGCCATGAAGATCTTAGATAAGCAGAAGGTTGTTAAACTGAAGCAAATAGAGCATACTTTGAATGAGAAAAGAATATTACAGGCAGTGAA
TTTTCCTTTCCTTGTTCGACTGGAGTATGCTTTTAAGGATAATTCTAATTTATACATGGTTATGGAATATGTCCCTGGGGGTGAAATGTT
TTCACATCTAAGAAGAATTGGAAGGTTCAGTGAGCCCCATGCACGGTTCTATGCAGCTCAGATAGTGCTAACATTCGAGTACCTCCATTC
ACTAGACCTCATCTACAGAGATCTAAAACCTGAAAATCTCTTAATTGACCATCAAGGCTATATCCAGGTCACAGACTTTGGGTTTGCCAA
AAGAGTTAAAGGCAGAACTTGGACATTATGTGGAACTCCAGAGTATTTGGCTCCAGAAATAATTCTCAGCAAGGGCTACAATAAGGCAGT
GGATTGGTGGGCATTAGGAGTGCTAATCTATGAAATGGCAGCTGGCTATCCCCCATTCTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAA
GATTGTTTCTGGAAAGGTCCGATTCCCATCCCACTTCAGTTCAGATCTCAAGGACCTTCTACGGAACCTGCTGCAGGTGGATTTGACCAA
GAGATTTGGAAATCTAAAGAATGGTGTCAGTGATATAAAAACTCACAAGTGGTTTGCCACGACAGATTGGATTGCTATTTACCAGAGGAA
GGTTGAAGCTCCATTCATACCAAAGTTTAGAGGCTCTGGAGATACCAGCAACTTTGATGACTATGAAGAAGAAGATATCCGTGTCTCTAT
AACAGAAAAATGTGCAAAAGAATTTGGTGAATTTTAAAGAGGAACAAGATGACATCTGAGCTCACACTCAGTGTTTGCACTCTGTTGAGA
GATAAGGTAGAGCTGAGACCGTCCTTGTTGAAGCAGTTACCTAGTTCCTTCATTCCAACGACTGAGTGAGGTCTTTATTGCCATCATCCC
GTGTGCGCACTCTGCATCCACCTATGTAACAAGGCACCGCTAAGCAAGCATTGTCTGTGCCATAACACAGTACTAGACCACTTTCTTACT
TCTCTTTGGGTTGTCTTTCTCCTCTCCTATATCCATTTCTTCCTTTTCCAATTTCATTGGTTTTCTCTAAACAGTGCTCCATTTTATTTT
GTTGGTGTTTCAGATGGGCAGTGTTATGGCTACGTGATATTTGAAGGGAAGGATAAGTGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTG
TTGGTCAATGGCTTGAAGATAAACTTTCTAATAATTATTATTTCTTTGAGTAGCTCAGACTTGGTTTTGCCAAAACTCTTGGTAATTTTT
GAAGATAGACTGTCTTATCACCAAGGAAATTTATACAAATTAAGACTAACTTTCTTGGAATTCACTATTCTGGCAATAAATTTTGGTAGA
CTAATACAGTACAGCTAGACCCAGAAATTTGGAAGGCTGTAGATCAGAGGTTCTAGTTCCCTTTCCCTCCTTTTATATCCTCCTCTCCTT
GAGTAATGAAGTGACCAGCCTGTGTAGTGTGACAAACGTGTCTCATTCAGCAGGAAAAACTAATGATATGGATCATCACCCAGATTCTCT
CACTTGGTACCAGCATTTCTGTAGGTATTAGAGAAGAGTTCTAAGTTTTCTAAACCTTAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTT
AATAGAACATGATTAATGAAAGTGACAAATTTTAAATTTTCTCTAATAGTCCTCATCATAAACTTTTTAAAGGAAAATAAGCAAACTAAA
AAGAACATTGGTTTAGATAAATACTTATACTTTGCAAAGTCAAAAATGGCTTGATTTTTGGAAACAATATAGAGGTATTCATATTTAAAT
GAGGGTTTACATTTGTTTTGTTTTGTAACCGTTAAAAAGAAGTTGTTTCCAGCTAATTATTGTGGTGTACTATATTTGTGAGCCTAGGGT
AGGGGCACTGCTGCAACTTCTGCTTTCATCCCATGCCTCATCAATGAGGAAAGGGAACAAAGTGTATAAAACTGCCACAATTGTATTTTA
ATTTTGAGGTATGATATTTTCAGATATTTCATAATTTCTAACCTCTGTTCTCTCAGTAAACAGAATGTCTGATCGATCATGCAGATACAA
TGTTGGTATTTGAGAGGTTAGTTTTTTTCCTACACTTTTTTTTGCCAACTGACTTAACAACATTGCTGTCAGGTGGAAATTTCAAGCACT
TTTGCACATTTAGTTCAGTGTTTGTTGAGAATCCATGGCTTAACCCACTTGTTTTGCTATTTTTTTCTTTGCTTTTAATTTTCCCCATCT
GATTTTATCTCTGCGTTTCAGTGACCTACCTTAAAACAACACACGAGAAGAGTTAAACTGGGTTCATTTTAATGATCAATTTACCTGCAT
ATAAAATTTATTTTTAATCAAGCTGATCTTAATGTATATAATCATTCTATTTGCTTTATTATCGGTGCAGGTAGGTCATTAACACCACTT
CTTTTCATCTGTACCACACCCTGGTGAAACCTTTGAAGACATAAAAAAAACCTGTCTGAGATGTTCTTTCTACCAATCTATATGTCTTTC
GGTTATCAAGTGTTTCTGCATGGTAATGTCATGTAAATGCTGATATTGATTTCACTGGTCCATCTATATTTAAAACGTGCAAGAAAAAAA
TAAAATACTCTGCTCTAGCAAGTTTTGTGTAACAAAGGCATATCGTCATGTTAATAAATTTAAAACATCATTCGTATAAAATATTTTAAT
TTTCTTGTATTTCATTTAGACCCAAGAACATGCTGACCAATGTGTTCTATATGTAAACTACAAATTCTATGGTAGCTTTGTTGTATATTA
TTGTAAAATTATTTTAATAAGTCATGGGGATGACAATTTGATTATTACAATTTAGTTTTCAGTAATCAAAAAGATTTCTATGAATTCTAA
AAAATATTTTTTTCTATGAAATTACTAGTGCCCAGCTGTAGAATCTACCTTAGGTAGATGATCCCTAGACATACGTTGGTTTTGAGGGCT
ATTCAGCCATTCCATTTTACTCTCTATTTAAAGGCCGTGAGCAAGCTTGTCATGAGCAAATATGTCAAGGGAGTCAATTTCTGACCAATC
AAGTACACTAAATTAGAATATTTTTAAAGTATGTAACATTCCCAGTTTCAGCCACAATTTAGCCAAGAATAAGATAAAAACTTGAATAAG
AAGTAAGTAGCATAAATCAGTATTTAACCTAAAATTACATATTTGAAACAGAAGATATTATGTTATGCTCAGTAAATAATTAAGAGATGG
CATTGTGTAAGAAGGAGCCCTAGACTGAAAGTCAAGACATCTGAATTTCAGGCTGGAAAACTATCAGTATGATCTCAGCCTCAGTTCTCT
TGTCTGTAAAATGGAAGAACTGGATTAGGCAGTTTGTAAGATTCCTCCTAACTTTCACAGTCGATGACAAGATTGTCTTTTTATCTGATA
TTTTGAAGGGTATATTGCTTTGAAGTAAGTCTCAATAAGGCAATATATTTTAGGGCATCTTTCTTCTTATCTCTGACAGTGTTCTTAAAA
TTATTTGAATATCATAAGAGCCTTGGTGTCTGTCCTAATTCCTTTCTCACTCACCGATGCTGAATACCCAGTTGAATCAAACTGTCAACC
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TTCCTTTTCCAATTTCATTGGTTTTCTCTAAACAGTGCTCCATTTTATTTTGTTGGTGTTTCAGATGGGCAGTGTTATGGCTACGTGATA
TTTGAAGGGAAGGATAAGTGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTGTTGGTCAATGGCTTGAAGATAAACTTTCTAATAATTATT
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TCTAAGTTTTCTAAACCTTAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTTAATAGAACATGATTAATGAAAGTGACAAATTTTAAATTT
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CAATTTCATTGGTTTTCTCTAAACAGTGCTCCATTTTATTTTGTTGGTGTTTCAGATGGGCAGTGTTATGGCTACGTGATATTTGAAGGG
AAGGATAAGTGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTGTTGGTCAATGGCTTGAAGATAAACTTTCTAATAATTATTATTTCTTTG
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AGGCAGAACTTGGACATTATGTGGAACTCCAGAGTATTTGGCTCCAGAAATAATTCTCAGCAAGGGCTACAATAAGGCAGTGGATTGGTG
GGCATTAGGAGTGCTAATCTATGAAATGGCAGCTGGCTATCCCCCATTCTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAAGATTGTTTC
TGGAAAGAACTTTTGATATGAACAAAACAAAACTTTGAGAAAAATTAACAGACAAGGCAGTGATTTATTTTTGAAGAATTTGAGAAGTGT
AGACTCTCAAGAGGACTAAAGGTCATATGAAGAATGATGAGAGAACCAAAATACATTAAAATCACAAATGGAAGAAGAATATTTTACTAA
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CTTTTATTTATATTCATATAAGAAATCCAATTTTCTAACAAGGATACTGTCATAACTAAATTTACATTTATTAAGAAAAACTGCTTTAGT
TAAAATTAATGTGTCTTCATTTTTATGCATTGGCCTCGATTTGCCAATCATTCTCTATTGGTTAAATTTTATATTCAGCTGTTTATGAAT
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AGAAGTCATGAAAGTGGAATTTTTGCCATTAAAAGGCTCTGTATTATGTGAAGTTAGATTGTATTAACCATTTCCCAATAAATCATCTGT
TTCAAAACTCAAATTCAAACTAGAATGTGTCTCTATTCACATTGCAAAAATATTATTGTCTCTCTGGTTAGTGGCTAAAAGCCAAATTGG

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Fusion Gene PPI Analysis for PTBP2-PRKACB


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for PTBP2-PRKACB


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for PTBP2-PRKACB


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
TgenePRKACBC0005426Biliary Tract Neoplasm1CTD_human
TgenePRKACBC0009777Conn Adenoma1CTD_human
TgenePRKACBC0010481Cushing Syndrome1CTD_human
TgenePRKACBC0033578Prostatic Neoplasms1CTD_human
TgenePRKACBC0206667Adrenal Cortical Adenoma1CTD_human
TgenePRKACBC0206698Cholangiocarcinoma1CTD_human
TgenePRKACBC0345905Intrahepatic Cholangiocarcinoma1CTD_human
TgenePRKACBC0376358Malignant neoplasm of prostate1CTD_human
TgenePRKACBC0750952Biliary Tract Cancer1CTD_human
TgenePRKACBC3805278Extrahepatic Cholangiocarcinoma1CTD_human