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Fusion gene:SAMD13-PRKACB (FusionGDB2 ID:78581)

Fusion Gene Summary for SAMD13-PRKACB

Fusion gene summary

Fusion gene information	Fusion gene name: SAMD13-PRKACB
	Fusion gene ID: 78581
		Hgene	Tgene
	Gene symbol	SAMD13	PRKACB
	Gene ID	148418	5567
	Gene name	sterile alpha motif domain containing 13	protein kinase cAMP-activated catalytic subunit beta
	Synonyms	HSD-41\|HSD-42	PKA C-beta\|PKACB
	Cytomap	1p31.1	1p31.1
	Type of gene	protein-coding	protein-coding
	Description	sterile alpha motif domain-containing protein 13SAM domain-containing protein 13dnaj-like protein (LOC148418)	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit betacAMP-dependent protein kinase catalytic beta subunit isoform 4abprotein kinase A catalytic subunit betaprotein kinase, cAMP-dependent, beta catalytic subunitprotein kinase, cAMP-dependent, catalytic,
	Modification date	20200313	20200313
	UniProtAcc	.	.
	Ensembl transtripts involved in fusion gene	ENST00000370673, ENST00000370671, ENST00000394834, ENST00000370669, ENST00000370668, ENST00000370670, ENST00000370667,	ENST00000370689, ENST00000370685, ENST00000394838, ENST00000370682, ENST00000394839, ENST00000370688, ENST00000470673, ENST00000370680,
Fusion gene scores	* DoF score	2 X 2 X 2=8	11 X 8 X 7=616
	# samples	2	12
	** MAII score	log2(2/8*10)=1.32192809488736	log2(12/616*10)=-2.35989594508638 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0
Context	PubMed: SAMD13 [Title/Abstract] AND PRKACB [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]
Most frequent breakpoint	SAMD13(84768970)-PRKACB(84662299), # samples:2
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.

* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez

Partner	Gene	GO ID	GO term	PubMed ID
Tgene	PRKACB	GO:0006468	protein phosphorylation	12420224\|21880142

Fusion gene breakpoints across SAMD13 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

Fusion gene breakpoints across PRKACB (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.

Source	Disease	Sample	Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand
ChimerDB4	BLCA	TCGA-DK-A6B2-01A	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
ChimerDB4	BLCA	TCGA-DK-A6B2-01A	SAMD13	chr1	84768970	-	PRKACB	chr1	84662299	+

Top

Fusion Gene ORF analysis for SAMD13-PRKACB

Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.

ORF	Henst	Tenst	Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand
In-frame	ENST00000370673	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370673	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370673	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370673	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370673	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370673	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370673	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370673	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370671	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370671	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370671	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370671	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370671	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370671	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370671	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370671	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000394834	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000394834	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000394834	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000394834	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000394834	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000394834	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000394834	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000394834	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370669	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370669	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370669	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370669	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370669	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370669	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370669	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370669	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370668	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370668	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370668	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370668	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370668	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370668	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370668	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370668	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370670	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370670	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370670	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370670	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370670	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
In-frame	ENST00000370670	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370670	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
5CDS-3UTR	ENST00000370670	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3CDS	ENST00000370667	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3CDS	ENST00000370667	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3CDS	ENST00000370667	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3CDS	ENST00000370667	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3CDS	ENST00000370667	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3CDS	ENST00000370667	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3UTR	ENST00000370667	ENST00000470673	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+
intron-3UTR	ENST00000370667	ENST00000370680	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+

ORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.

Henst	Tenst	Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand	Seq length (transcript)	BP loci (transcript)	Predicted start (transcript)	Predicted stop (transcript)	Seq length (amino acids)
ENST00000370673	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370689	PRKACB	chr1	84662299	+	4117	287	18	923	301
ENST00000370673	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370685	PRKACB	chr1	84662299	+	4117	287	18	923	301
ENST00000370673	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394838	PRKACB	chr1	84662299	+	4108	287	18	923	301
ENST00000370673	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370682	PRKACB	chr1	84662299	+	4108	287	18	923	301
ENST00000370673	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394839	PRKACB	chr1	84662299	+	4117	287	18	923	301
ENST00000370673	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370688	PRKACB	chr1	84662299	+	1591	287	18	641	207
ENST00000370671	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370689	PRKACB	chr1	84662299	+	4002	172	56	808	250
ENST00000370671	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370685	PRKACB	chr1	84662299	+	4002	172	56	808	250
ENST00000370671	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394838	PRKACB	chr1	84662299	+	3993	172	56	808	250
ENST00000370671	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370682	PRKACB	chr1	84662299	+	3993	172	56	808	250
ENST00000370671	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394839	PRKACB	chr1	84662299	+	4002	172	56	808	250
ENST00000370671	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370688	PRKACB	chr1	84662299	+	1476	172	56	526	156
ENST00000394834	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370689	PRKACB	chr1	84662299	+	4111	281	186	917	243
ENST00000394834	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370685	PRKACB	chr1	84662299	+	4111	281	186	917	243
ENST00000394834	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394838	PRKACB	chr1	84662299	+	4102	281	186	917	243
ENST00000394834	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370682	PRKACB	chr1	84662299	+	4102	281	186	917	243
ENST00000394834	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394839	PRKACB	chr1	84662299	+	4111	281	186	917	243
ENST00000394834	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370688	PRKACB	chr1	84662299	+	1585	281	186	635	149
ENST00000370669	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370689	PRKACB	chr1	84662299	+	4210	380	327	1016	229
ENST00000370669	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370685	PRKACB	chr1	84662299	+	4210	380	327	1016	229
ENST00000370669	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394838	PRKACB	chr1	84662299	+	4201	380	327	1016	229
ENST00000370669	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370682	PRKACB	chr1	84662299	+	4201	380	327	1016	229
ENST00000370669	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394839	PRKACB	chr1	84662299	+	4210	380	327	1016	229
ENST00000370669	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370688	PRKACB	chr1	84662299	+	1684	380	327	734	135
ENST00000370668	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370689	PRKACB	chr1	84662299	+	3955	125	72	761	229
ENST00000370668	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370685	PRKACB	chr1	84662299	+	3955	125	72	761	229
ENST00000370668	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394838	PRKACB	chr1	84662299	+	3946	125	72	761	229
ENST00000370668	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370682	PRKACB	chr1	84662299	+	3946	125	72	761	229
ENST00000370668	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394839	PRKACB	chr1	84662299	+	3955	125	72	761	229
ENST00000370668	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370688	PRKACB	chr1	84662299	+	1429	125	72	479	135
ENST00000370670	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370689	PRKACB	chr1	84662299	+	3983	153	100	789	229
ENST00000370670	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370685	PRKACB	chr1	84662299	+	3983	153	100	789	229
ENST00000370670	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394838	PRKACB	chr1	84662299	+	3974	153	100	789	229
ENST00000370670	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370682	PRKACB	chr1	84662299	+	3974	153	100	789	229
ENST00000370670	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000394839	PRKACB	chr1	84662299	+	3983	153	100	789	229
ENST00000370670	SAMD13	chr1	84768970	+	ENST00000370688	PRKACB	chr1	84662299	+	1457	153	100	507	135

DeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.

Henst	Tenst	Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand	No-coding score	Coding score
ENST00000370673	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000217854	0.99978215
ENST00000370673	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000217854	0.99978215
ENST00000370673	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000270988	0.999729
ENST00000370673	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000270988	0.999729
ENST00000370673	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000217854	0.99978215
ENST00000370673	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.003697354	0.9963026
ENST00000370671	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000560543	0.9994394
ENST00000370671	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000560543	0.9994394
ENST00000370671	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000682375	0.99931765
ENST00000370671	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000682375	0.99931765
ENST00000370671	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000560543	0.9994394
ENST00000370671	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.007583561	0.9924164
ENST00000394834	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000585815	0.9994142
ENST00000394834	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000585815	0.9994142
ENST00000394834	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000767697	0.9992323
ENST00000394834	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000767697	0.9992323
ENST00000394834	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000585815	0.9994142
ENST00000394834	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.013360409	0.98663956
ENST00000370669	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000591755	0.99940825
ENST00000370669	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000591755	0.99940825
ENST00000370669	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000774733	0.99922526
ENST00000370669	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000774733	0.99922526
ENST00000370669	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000591755	0.99940825
ENST00000370669	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.01787666	0.9821233
ENST00000370668	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000605965	0.99939406
ENST00000370668	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000605965	0.99939406
ENST00000370668	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000794426	0.99920565
ENST00000370668	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000794426	0.99920565
ENST00000370668	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000605965	0.99939406
ENST00000370668	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.018134687	0.98186535
ENST00000370670	ENST00000370689	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000589634	0.9994104
ENST00000370670	ENST00000370685	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000589634	0.9994104
ENST00000370670	ENST00000394838	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000769899	0.99923015
ENST00000370670	ENST00000370682	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000769899	0.99923015
ENST00000370670	ENST00000394839	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.000589634	0.9994104
ENST00000370670	ENST00000370688	SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662299	+	0.020057976	0.97994196

Top

Fusion Genomic Features for SAMD13-PRKACB

FusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.

Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand	1-p	p (fusion gene breakpoint)
SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662298	+	0.001772908	0.99822706
SAMD13	chr1	84768970	+	PRKACB	chr1	84662298	+	0.001772908	0.99822706

Distribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.

Distribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

Top

Fusion Protein Features for SAMD13-PRKACB

Go to
FGviewer for the breakpoints of chr1:84768970-chr1:84662299
.
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.

Main function of each fusion partner protein. (from UniProt)

Hgene	Tgene
.	.
FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.	FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.

Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at
download page

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.

- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.

Partner

Gene

Hbp

Tbp

ENST

Strand

BPexon

TotalExon

Protein feature loci

*BPloci

TotalLen

Protein feature

Protein feature note

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370682

299_351

143.66666666666666

356.0

Domain

AGC-kinase C-terminal

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370685

299_351

186.66666666666666

399.0

Domain

AGC-kinase C-terminal

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370688

299_351

139.66666666666666

258.0

Domain

AGC-kinase C-terminal

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370689

299_351

139.66666666666666

352.0

Domain

AGC-kinase C-terminal

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394838

299_351

146.66666666666666

359.0

Domain

AGC-kinase C-terminal

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394839

299_351

109.66666666666667

322.0

Domain

AGC-kinase C-terminal

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.

Partner

Gene

Hbp

Tbp

ENST

Strand

BPexon

TotalExon

Protein feature loci

*BPloci

TotalLen

Protein feature

Protein feature note

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370667

51_119

0.0

93.0

Domain

SAM

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370668

51_119

17.666666666666668

103.0

Domain

SAM

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370669

51_119

17.666666666666668

103.0

Domain

SAM

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370670

51_119

17.666666666666668

103.0

Domain

SAM

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370671

51_119

37.666666666666664

123.0

Domain

SAM

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370673

51_119

31.666666666666668

117.0

Domain

SAM

Hgene

SAMD13

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394834

51_119

17.666666666666668

103.0

Domain

SAM

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370682

44_298

143.66666666666666

356.0

Domain

Protein kinase

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370685

44_298

186.66666666666666

399.0

Domain

Protein kinase

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370688

44_298

139.66666666666666

258.0

Domain

Protein kinase

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370689

44_298

139.66666666666666

352.0

Domain

Protein kinase

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394838

44_298

146.66666666666666

359.0

Domain

Protein kinase

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394839

44_298

109.66666666666667

322.0

Domain

Protein kinase

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370682

50_58

143.66666666666666

356.0

Nucleotide binding

ATP

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370685

50_58

186.66666666666666

399.0

Nucleotide binding

ATP

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370688

50_58

139.66666666666666

258.0

Nucleotide binding

ATP

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000370689

50_58

139.66666666666666

352.0

Nucleotide binding

ATP

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394838

50_58

146.66666666666666

359.0

Nucleotide binding

ATP

Tgene

PRKACB

chr1:84768970

chr1:84662299

ENST00000394839

50_58

109.66666666666667

322.0

Nucleotide binding

ATP

Top

Fusion Gene Sequence for SAMD13-PRKACB

For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.

>In-frame_ENST00000370673_ENST00000370689_TCGA-DK-A6B2-01A_SAMD13_chr1_84768970_+_PRKACB_chr1_84662299_length(transcript)=4117nt_BP=287nt
CCTTGTCCTGCCCAGATCTTGTCCCTTCTAGTACTGGCCTTCCCCATTCCTGGGGGCCCCCGCCCCTCCGACCCCCGCCGACCGGCGCTG
GACTACAACTCCCGGCGTGCCGCGCGCGTCCGGCCGGCTGCACCGGGGCTTTGCGCGTGGCGGCCGCCGAGCTCCGCGCGGGGCAAACCT
CCCGGCGCGGCCATGCGGGGAGTTGCTGAAGTAAAGGAACCCTGCAGCCTTCCCATGCTATCTGTTGACATGGAAAACAAGGAAAATGGC
TCTGTCGGTGTAAAAAATGAGCCCCATGCACGGTTCTATGCAGCTCAGATAGTGCTAACATTCGAGTACCTCCATTCACTAGACCTCATC
TACAGAGATCTAAAACCTGAAAATCTCTTAATTGACCATCAAGGCTATATCCAGGTCACAGACTTTGGGTTTGCCAAAAGAGTTAAAGGC
AGAACTTGGACATTATGTGGAACTCCAGAGTATTTGGCTCCAGAAATAATTCTCAGCAAGGGCTACAATAAGGCAGTGGATTGGTGGGCA
TTAGGAGTGCTAATCTATGAAATGGCAGCTGGCTATCCCCCATTCTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAAGATTGTTTCTGGA
AAGGTCCGATTCCCATCCCACTTCAGTTCAGATCTCAAGGACCTTCTACGGAACCTGCTGCAGGTGGATTTGACCAAGAGATTTGGAAAT
CTAAAGAATGGTGTCAGTGATATAAAAACTCACAAGTGGTTTGCCACGACAGATTGGATTGCTATTTACCAGAGGAAGGTTGAAGCTCCA
TTCATACCAAAGTTTAGAGGCTCTGGAGATACCAGCAACTTTGATGACTATGAAGAAGAAGATATCCGTGTCTCTATAACAGAAAAATGT
GCAAAAGAATTTGGTGAATTTTAAAGAGGAACAAGATGACATCTGAGCTCACACTCAGTGTTTGCACTCTGTTGAGAGATAAGGTAGAGC
TGAGACCGTCCTTGTTGAAGCAGTTACCTAGTTCCTTCATTCCAACGACTGAGTGAGGTCTTTATTGCCATCATCCCGTGTGCGCACTCT
GCATCCACCTATGTAACAAGGCACCGCTAAGCAAGCATTGTCTGTGCCATAACACAGTACTAGACCACTTTCTTACTTCTCTTTGGGTTG
TCTTTCTCCTCTCCTATATCCATTTCTTCCTTTTCCAATTTCATTGGTTTTCTCTAAACAGTGCTCCATTTTATTTTGTTGGTGTTTCAG
ATGGGCAGTGTTATGGCTACGTGATATTTGAAGGGAAGGATAAGTGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTGTTGGTCAATGGCT
TGAAGATAAACTTTCTAATAATTATTATTTCTTTGAGTAGCTCAGACTTGGTTTTGCCAAAACTCTTGGTAATTTTTGAAGATAGACTGT
CTTATCACCAAGGAAATTTATACAAATTAAGACTAACTTTCTTGGAATTCACTATTCTGGCAATAAATTTTGGTAGACTAATACAGTACA
GCTAGACCCAGAAATTTGGAAGGCTGTAGATCAGAGGTTCTAGTTCCCTTTCCCTCCTTTTATATCCTCCTCTCCTTGAGTAATGAAGTG
ACCAGCCTGTGTAGTGTGACAAACGTGTCTCATTCAGCAGGAAAAACTAATGATATGGATCATCACCCAGATTCTCTCACTTGGTACCAG
CATTTCTGTAGGTATTAGAGAAGAGTTCTAAGTTTTCTAAACCTTAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTTAATAGAACATGAT
TAATGAAAGTGACAAATTTTAAATTTTCTCTAATAGTCCTCATCATAAACTTTTTAAAGGAAAATAAGCAAACTAAAAAGAACATTGGTT
TAGATAAATACTTATACTTTGCAAAGTCAAAAATGGCTTGATTTTTGGAAACAATATAGAGGTATTCATATTTAAATGAGGGTTTACATT
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CTATGAAATTACTAGTGCCCAGCTGTAGAATCTACCTTAGGTAGATGATCCCTAGACATACGTTGGTTTTGAGGGCTATTCAGCCATTCC
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TTAATAAGTCATGGGGATGACAATTTGATTATTACAATTTAGTTTTCAGTAATCAAAAAGATTTCTATGAATTCTAAAAAATATTTTTTT
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ATTGCTTTGAAGTAAGTCTCAATAAGGCAATATATTTTAGGGCATCTTTCTTCTTATCTCTGACAGTGTTCTTAAAATTATTTGAATATC
ATAAGAGCCTTGGTGTCTGTCCTAATTCCTTTCTCACTCACCGATGCTGAATACCCAGTTGAATCAAACTGTCAACCTACCAAAAACGAT
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AGATTCCTCCTAACTTTCACAGTCGATGACAAGATTGTCTTTTTATCTGATATTTTGAAGGGTATATTGCTTTGAAGTAAGTCTCAATAA
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ATGCACGGTTCTATGCAGCTCAGATAGTGCTAACATTCGAGTACCTCCATTCACTAGACCTCATCTACAGAGATCTAAAACCTGAAAATC
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GTAGATCAGAGGTTCTAGTTCCCTTTCCCTCCTTTTATATCCTCCTCTCCTTGAGTAATGAAGTGACCAGCCTGTGTAGTGTGACAAACG
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TTCTAAGTTTTCTAAACCTTAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTTAATAGAACATGATTAATGAAAGTGACAAATTTTAAATT
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GTCAAAAATGGCTTGATTTTTGGAAACAATATAGAGGTATTCATATTTAAATGAGGGTTTACATTTGTTTTGTTTTGTAACCGTTAAAAA
GAAGTTGTTTCCAGCTAATTATTGTGGTGTACTATATTTGTGAGCCTAGGGTAGGGGCACTGCTGCAACTTCTGCTTTCATCCCATGCCT
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CTTAACCCACTTGTTTTGCTATTTTTTTCTTTGCTTTTAATTTTCCCCATCTGATTTTATCTCTGCGTTTCAGTGACCTACCTTAAAACA
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TAATCATTCTATTTGCTTTATTATCGGTGCAGGTAGGTCATTAACACCACTTCTTTTCATCTGTACCACACCCTGGTGAAACCTTTGAAG
ACATAAAAAAAACCTGTCTGAGATGTTCTTTCTACCAATCTATATGTCTTTCGGTTATCAAGTGTTTCTGCATGGTAATGTCATGTAAAT
GCTGATATTGATTTCACTGGTCCATCTATATTTAAAACGTGCAAGAAAAAAATAAAATACTCTGCTCTAGCAAGTTTTGTGTAACAAAGG
CATATCGTCATGTTAATAAATTTAAAACATCATTCGTATAAAATATTTTAATTTTCTTGTATTTCATTTAGACCCAAGAACATGCTGACC
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TGATTATTACAATTTAGTTTTCAGTAATCAAAAAGATTTCTATGAATTCTAAAAAATATTTTTTTCTATGAAATTACTAGTGCCCAGCTG
TAGAATCTACCTTAGGTAGATGATCCCTAGACATACGTTGGTTTTGAGGGCTATTCAGCCATTCCATTTTACTCTCTATTTAAAGGCCGT
GAGCAAGCTTGTCATGAGCAAATATGTCAAGGGAGTCAATTTCTGACCAATCAAGTACACTAAATTAGAATATTTTTAAAGTATGTAACA
TTCCCAGTTTCAGCCACAATTTAGCCAAGAATAAGATAAAAACTTGAATAAGAAGTAAGTAGCATAAATCAGTATTTAACCTAAAATTAC
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GGCAATATATTTTAGGGCATCTTTCTTCTTATCTCTGACAGTGTTCTTAAAATTATTTGAATATCATAAGAGCCTTGGTGTCTGTCCTAA
TTCCTTTCTCACTCACCGATGCTGAATACCCAGTTGAATCAAACTGTCAACCTACCAAAAACGATATTGTGGCTTATGGGTATTGCTGTC
TCATTCTTGGTATATTCTTGTGTTAACTGCCCATTGGCCTGAAAATACTCATTGTAAGCCTGAAAAAAAAAATCTTTCCCACTGTTTTTT
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ATGCACGGTTCTATGCAGCTCAGATAGTGCTAACATTCGAGTACCTCCATTCACTAGACCTCATCTACAGAGATCTAAAACCTGAAAATC
TCTTAATTGACCATCAAGGCTATATCCAGGTCACAGACTTTGGGTTTGCCAAAAGAGTTAAAGGCAGAACTTGGACATTATGTGGAACTC
CAGAGTATTTGGCTCCAGAAATAATTCTCAGCAAGGGCTACAATAAGGCAGTGGATTGGTGGGCATTAGGAGTGCTAATCTATGAAATGG
CAGCTGGCTATCCCCCATTCTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAAGATTGTTTCTGGAAAGGTCCGATTCCCATCCCACTTCA
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GAGATACCAGCAACTTTGATGACTATGAAGAAGAAGATATCCGTGTCTCTATAACAGAAAAATGTGCAAAAGAATTTGGTGAATTTTAAA
GAGGAACAAGATGACATCTGAGCTCACACTCAGTGTTTGCACTCTGTTGAGAGATAAGGTAGAGCTGAGACCGTCCTTGTTGAAGCAGTT
ACCTAGTTCCTTCATTCCAACGACTGAGTGAGGTCTTTATTGCCATCATCCCGTGTGCGCACTCTGCATCCACCTATGTAACAAGGCACC
GCTAAGCAAGCATTGTCTGTGCCATAACACAGTACTAGACCACTTTCTTACTTCTCTTTGGGTTGTCTTTCTCCTCTCCTATATCCATTT
CTTCCTTTTCCAATTTCATTGGTTTTCTCTAAACAGTGCTCCATTTTATTTTGTTGGTGTTTCAGATGGGCAGTGTTATGGCTACGTGAT
ATTTGAAGGGAAGGATAAGTGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTGTTGGTCAATGGCTTGAAGATAAACTTTCTAATAATTAT
TATTTCTTTGAGTAGCTCAGACTTGGTTTTGCCAAAACTCTTGGTAATTTTTGAAGATAGACTGTCTTATCACCAAGGAAATTTATACAA
ATTAAGACTAACTTTCTTGGAATTCACTATTCTGGCAATAAATTTTGGTAGACTAATACAGTACAGCTAGACCCAGAAATTTGGAAGGCT
GTAGATCAGAGGTTCTAGTTCCCTTTCCCTCCTTTTATATCCTCCTCTCCTTGAGTAATGAAGTGACCAGCCTGTGTAGTGTGACAAACG
TGTCTCATTCAGCAGGAAAAACTAATGATATGGATCATCACCCAGATTCTCTCACTTGGTACCAGCATTTCTGTAGGTATTAGAGAAGAG
TTCTAAGTTTTCTAAACCTTAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTTAATAGAACATGATTAATGAAAGTGACAAATTTTAAATT
TTCTCTAATAGTCCTCATCATAAACTTTTTAAAGGAAAATAAGCAAACTAAAAAGAACATTGGTTTAGATAAATACTTATACTTTGCAAA
GTCAAAAATGGCTTGATTTTTGGAAACAATATAGAGGTATTCATATTTAAATGAGGGTTTACATTTGTTTTGTTTTGTAACCGTTAAAAA
GAAGTTGTTTCCAGCTAATTATTGTGGTGTACTATATTTGTGAGCCTAGGGTAGGGGCACTGCTGCAACTTCTGCTTTCATCCCATGCCT
CATCAATGAGGAAAGGGAACAAAGTGTATAAAACTGCCACAATTGTATTTTAATTTTGAGGTATGATATTTTCAGATATTTCATAATTTC
TAACCTCTGTTCTCTCAGTAAACAGAATGTCTGATCGATCATGCAGATACAATGTTGGTATTTGAGAGGTTAGTTTTTTTCCTACACTTT
TTTTTGCCAACTGACTTAACAACATTGCTGTCAGGTGGAAATTTCAAGCACTTTTGCACATTTAGTTCAGTGTTTGTTGAGAATCCATGG
CTTAACCCACTTGTTTTGCTATTTTTTTCTTTGCTTTTAATTTTCCCCATCTGATTTTATCTCTGCGTTTCAGTGACCTACCTTAAAACA
ACACACGAGAAGAGTTAAACTGGGTTCATTTTAATGATCAATTTACCTGCATATAAAATTTATTTTTAATCAAGCTGATCTTAATGTATA
TAATCATTCTATTTGCTTTATTATCGGTGCAGGTAGGTCATTAACACCACTTCTTTTCATCTGTACCACACCCTGGTGAAACCTTTGAAG
ACATAAAAAAAACCTGTCTGAGATGTTCTTTCTACCAATCTATATGTCTTTCGGTTATCAAGTGTTTCTGCATGGTAATGTCATGTAAAT
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AGATTCCTCCTAACTTTCACAGTCGATGACAAGATTGTCTTTTTATCTGATATTTTGAAGGGTATATTGCTTTGAAGTAAGTCTCAATAA
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ATGCACGGTTCTATGCAGCTCAGATAGTGCTAACATTCGAGTACCTCCATTCACTAGACCTCATCTACAGAGATCTAAAACCTGAAAATC
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CAGAGTATTTGGCTCCAGAAATAATTCTCAGCAAGGGCTACAATAAGGCAGTGGATTGGTGGGCATTAGGAGTGCTAATCTATGAAATGG
CAGCTGGCTATCCCCCATTCTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAAGATTGTTTCTGGAAAGAACTTTTGATATGAACAAAACA
AAACTTTGAGAAAAATTAACAGACAAGGCAGTGATTTATTTTTGAAGAATTTGAGAAGTGTAGACTCTCAAGAGGACTAAAGGTCATATG
AAGAATGATGAGAGAACCAAAATACATTAAAATCACAAATGGAAGAAGAATATTTTACTAATACAAAAACTAAGAATGTAAATGTTATAA
TAATTGTTTCAAATCATTTAATTGACAGTAATTATAAAGTTCTTGAATCTTTACTATATTACTTTTATTTATATTCATATAAGAAATCCA
ATTTTCTAACAAGGATACTGTCATAACTAAATTTACATTTATTAAGAAAAACTGCTTTAGTTAAAATTAATGTGTCTTCATTTTTATGCA
TTGGCCTCGATTTGCCAATCATTCTCTATTGGTTAAATTTTATATTCAGCTGTTTATGAATATATATTCATTTTATATCAAACTTTAAAA
TTTTGTATCTAATAATCAGCATATATTCTAAAATCATAACAGTCTAAATCCTGGGCACCTTAGAAGAATGACACCAGAAAACCTTATTAT
ATCACAATATTCTGTTTTCCCCTTCATTTATTTAGAAATATGACAGGATATTTGGTGTACTTTTGTTTTTTAACTAAAAGTACCAGATTA
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GTGCTAATCTATGAAATGGCAGCTGGCTATCCCCCATTCTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAAGATTGTTTCTGGAAAGGTC
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CCAAAGTTTAGAGGCTCTGGAGATACCAGCAACTTTGATGACTATGAAGAAGAAGATATCCGTGTCTCTATAACAGAAAAATGTGCAAAA
GAATTTGGTGAATTTTAAAGAGGAACAAGATGACATCTGAGCTCACACTCAGTGTTTGCACTCTGTTGAGAGATAAGGTAGAGCTGAGAC
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AGTGTTATGGCTACGTGATATTTGAAGGGAAGGATAAGTGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTGTTGGTCAATGGCTTGAAGA
TAAACTTTCTAATAATTATTATTTCTTTGAGTAGCTCAGACTTGGTTTTGCCAAAACTCTTGGTAATTTTTGAAGATAGACTGTCTTATC
ACCAAGGAAATTTATACAAATTAAGACTAACTTTCTTGGAATTCACTATTCTGGCAATAAATTTTGGTAGACTAATACAGTACAGCTAGA
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AAGTGACAAATTTTAAATTTTCTCTAATAGTCCTCATCATAAACTTTTTAAAGGAAAATAAGCAAACTAAAAAGAACATTGGTTTAGATA
AATACTTATACTTTGCAAAGTCAAAAATGGCTTGATTTTTGGAAACAATATAGAGGTATTCATATTTAAATGAGGGTTTACATTTGTTTT
GTTTTGTAACCGTTAAAAAGAAGTTGTTTCCAGCTAATTATTGTGGTGTACTATATTTGTGAGCCTAGGGTAGGGGCACTGCTGCAACTT
CTGCTTTCATCCCATGCCTCATCAATGAGGAAAGGGAACAAAGTGTATAAAACTGCCACAATTGTATTTTAATTTTGAGGTATGATATTT
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GTTTGTTGAGAATCCATGGCTTAACCCACTTGTTTTGCTATTTTTTTCTTTGCTTTTAATTTTCCCCATCTGATTTTATCTCTGCGTTTC
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GTATTTAACCTAAAATTACATATTTGAAACAGAAGATATTATGTTATGCTCAGTAAATAATTAAGAGATGGCATTGTGTAAGAAGGAGCC
CTAGACTGAAAGTCAAGACATCTGAATTTCAGGCTGGAAAACTATCAGTATGATCTCAGCCTCAGTTCTCTTGTCTGTAAAATGGAAGAA
CTGGATTAGGCAGTTTGTAAGATTCCTCCTAACTTTCACAGTCGATGACAAGATTGTCTTTTTATCTGATATTTTGAAGGGTATATTGCT
TTGAAGTAAGTCTCAATAAGGCAATATATTTTAGGGCATCTTTCTTCTTATCTCTGACAGTGTTCTTAAAATTATTTGAATATCATAAGA
GCCTTGGTGTCTGTCCTAATTCCTTTCTCACTCACCGATGCTGAATACCCAGTTGAATCAAACTGTCAACCTACCAAAAACGATATTGTG
GCTTATGGGTATTGCTGTCTCATTCTTGGTATATTCTTGTGTTAACTGCCCATTGGCCTGAAAATACTCATTGTAAGCCTGAAAAAAAAA
ATCTTTCCCACTGTTTTTTCTGCTTGTTGTAAGAATCAAATGAAATAATGTATGTGAAAGCACCTTGTAAACTGTAACCTATCAATGTAA
AATGTTAAGGTGTGTTGTTATTTCATTAATTACTTCTTTGTTTAGAATGGAATTTCCTATGCACTACTGTAGCTAGGAAATGCTGAAAAC

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CAGCATTTCTGTAGGTATTAGAGAAGAGTTCTAAGTTTTCTAAACCTTAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTTAATAGAACAT
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AATAATTCTCAGCAAGGGCTACAATAAGGCAGTGGATTGGTGGGCATTAGGAGTGCTAATCTATGAAATGGCAGCTGGCTATCCCCCATT
CTTTGCAGACCAACCAATTCAGATTTATGAAAAGATTGTTTCTGGAAAGGTCCGATTCCCATCCCACTTCAGTTCAGATCTCAAGGACCT
TCTACGGAACCTGCTGCAGGTGGATTTGACCAAGAGATTTGGAAATCTAAAGAATGGTGTCAGTGATATAAAAACTCACAAGTGGTTTGC
CACGACAGATTGGATTGCTATTTACCAGAGGAAGGTTGAAGCTCCATTCATACCAAAGTTTAGAGGCTCTGGAGATACCAGCAACTTTGA
TGACTATGAAGAAGAAGATATCCGTGTCTCTATAACAGAAAAATGTGCAAAAGAATTTGGTGAATTTTAAAGAGGAACAAGATGACATCT
GAGCTCACACTCAGTGTTTGCACTCTGTTGAGAGATAAGGTAGAGCTGAGACCGTCCTTGTTGAAGCAGTTACCTAGTTCCTTCATTCCA
ACGACTGAGTGAGGTCTTTATTGCCATCATCCCGTGTGCGCACTCTGCATCCACCTATGTAACAAGGCACCGCTAAGCAAGCATTGTCTG
TGCCATAACACAGTACTAGACCACTTTCTTACTTCTCTTTGGGTTGTCTTTCTCCTCTCCTATATCCATTTCTTCCTTTTCCAATTTCAT
TGGTTTTCTCTAAACAGTGCTCCATTTTATTTTGTTGGTGTTTCAGATGGGCAGTGTTATGGCTACGTGATATTTGAAGGGAAGGATAAG
TGTTGCTTTCAGTAGTTATTGCCAATATTGTTGTTGGTCAATGGCTTGAAGATAAACTTTCTAATAATTATTATTTCTTTGAGTAGCTCA
GACTTGGTTTTGCCAAAACTCTTGGTAATTTTTGAAGATAGACTGTCTTATCACCAAGGAAATTTATACAAATTAAGACTAACTTTCTTG
GAATTCACTATTCTGGCAATAAATTTTGGTAGACTAATACAGTACAGCTAGACCCAGAAATTTGGAAGGCTGTAGATCAGAGGTTCTAGT
TCCCTTTCCCTCCTTTTATATCCTCCTCTCCTTGAGTAATGAAGTGACCAGCCTGTGTAGTGTGACAAACGTGTCTCATTCAGCAGGAAA
AACTAATGATATGGATCATCACCCAGATTCTCTCACTTGGTACCAGCATTTCTGTAGGTATTAGAGAAGAGTTCTAAGTTTTCTAAACCT
TAACTGTTCCTTAAGGATTTTAGCCAGTATTTTAATAGAACATGATTAATGAAAGTGACAAATTTTAAATTTTCTCTAATAGTCCTCATC
ATAAACTTTTTAAAGGAAAATAAGCAAACTAAAAAGAACATTGGTTTAGATAAATACTTATACTTTGCAAAGTCAAAAATGGCTTGATTT
TTGGAAACAATATAGAGGTATTCATATTTAAATGAGGGTTTACATTTGTTTTGTTTTGTAACCGTTAAAAAGAAGTTGTTTCCAGCTAAT
TATTGTGGTGTACTATATTTGTGAGCCTAGGGTAGGGGCACTGCTGCAACTTCTGCTTTCATCCCATGCCTCATCAATGAGGAAAGGGAA
CAAAGTGTATAAAACTGCCACAATTGTATTTTAATTTTGAGGTATGATATTTTCAGATATTTCATAATTTCTAACCTCTGTTCTCTCAGT
AAACAGAATGTCTGATCGATCATGCAGATACAATGTTGGTATTTGAGAGGTTAGTTTTTTTCCTACACTTTTTTTTGCCAACTGACTTAA
CAACATTGCTGTCAGGTGGAAATTTCAAGCACTTTTGCACATTTAGTTCAGTGTTTGTTGAGAATCCATGGCTTAACCCACTTGTTTTGC
TATTTTTTTCTTTGCTTTTAATTTTCCCCATCTGATTTTATCTCTGCGTTTCAGTGACCTACCTTAAAACAACACACGAGAAGAGTTAAA
CTGGGTTCATTTTAATGATCAATTTACCTGCATATAAAATTTATTTTTAATCAAGCTGATCTTAATGTATATAATCATTCTATTTGCTTT
ATTATCGGTGCAGGTAGGTCATTAACACCACTTCTTTTCATCTGTACCACACCCTGGTGAAACCTTTGAAGACATAAAAAAAACCTGTCT
GAGATGTTCTTTCTACCAATCTATATGTCTTTCGGTTATCAAGTGTTTCTGCATGGTAATGTCATGTAAATGCTGATATTGATTTCACTG
GTCCATCTATATTTAAAACGTGCAAGAAAAAAATAAAATACTCTGCTCTAGCAAGTTTTGTGTAACAAAGGCATATCGTCATGTTAATAA
ATTTAAAACATCATTCGTATAAAATATTTTAATTTTCTTGTATTTCATTTAGACCCAAGAACATGCTGACCAATGTGTTCTATATGTAAA
CTACAAATTCTATGGTAGCTTTGTTGTATATTATTGTAAAATTATTTTAATAAGTCATGGGGATGACAATTTGATTATTACAATTTAGTT
TTCAGTAATCAAAAAGATTTCTATGAATTCTAAAAAATATTTTTTTCTATGAAATTACTAGTGCCCAGCTGTAGAATCTACCTTAGGTAG
ATGATCCCTAGACATACGTTGGTTTTGAGGGCTATTCAGCCATTCCATTTTACTCTCTATTTAAAGGCCGTGAGCAAGCTTGTCATGAGC
AAATATGTCAAGGGAGTCAATTTCTGACCAATCAAGTACACTAAATTAGAATATTTTTAAAGTATGTAACATTCCCAGTTTCAGCCACAA
TTTAGCCAAGAATAAGATAAAAACTTGAATAAGAAGTAAGTAGCATAAATCAGTATTTAACCTAAAATTACATATTTGAAACAGAAGATA
TTATGTTATGCTCAGTAAATAATTAAGAGATGGCATTGTGTAAGAAGGAGCCCTAGACTGAAAGTCAAGACATCTGAATTTCAGGCTGGA
AAACTATCAGTATGATCTCAGCCTCAGTTCTCTTGTCTGTAAAATGGAAGAACTGGATTAGGCAGTTTGTAAGATTCCTCCTAACTTTCA
CAGTCGATGACAAGATTGTCTTTTTATCTGATATTTTGAAGGGTATATTGCTTTGAAGTAAGTCTCAATAAGGCAATATATTTTAGGGCA
TCTTTCTTCTTATCTCTGACAGTGTTCTTAAAATTATTTGAATATCATAAGAGCCTTGGTGTCTGTCCTAATTCCTTTCTCACTCACCGA
TGCTGAATACCCAGTTGAATCAAACTGTCAACCTACCAAAAACGATATTGTGGCTTATGGGTATTGCTGTCTCATTCTTGGTATATTCTT
GTGTTAACTGCCCATTGGCCTGAAAATACTCATTGTAAGCCTGAAAAAAAAAATCTTTCCCACTGTTTTTTCTGCTTGTTGTAAGAATCA
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CAGCCTTCCCATGCTATCTGTTGACATGGAAAACAAGGAAAATGGCTCTGTCGGTGTAAAAAATGAGCCCCATGCACGGTTCTATGCAGC
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CAGACAAGGCAGTGATTTATTTTTGAAGAATTTGAGAAGTGTAGACTCTCAAGAGGACTAAAGGTCATATGAAGAATGATGAGAGAACCA
AAATACATTAAAATCACAAATGGAAGAAGAATATTTTACTAATACAAAAACTAAGAATGTAAATGTTATAATAATTGTTTCAAATCATTT
AATTGACAGTAATTATAAAGTTCTTGAATCTTTACTATATTACTTTTATTTATATTCATATAAGAAATCCAATTTTCTAACAAGGATACT
GTCATAACTAAATTTACATTTATTAAGAAAAACTGCTTTAGTTAAAATTAATGTGTCTTCATTTTTATGCATTGGCCTCGATTTGCCAAT
CATTCTCTATTGGTTAAATTTTATATTCAGCTGTTTATGAATATATATTCATTTTATATCAAACTTTAAAATTTTGTATCTAATAATCAG
CATATATTCTAAAATCATAACAGTCTAAATCCTGGGCACCTTAGAAGAATGACACCAGAAAACCTTATTATATCACAATATTCTGTTTTC
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--------------------------------------------------------------

Top

Fusion Gene PPI Analysis for SAMD13-PRKACB

Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in
ChiPPI page.

Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)

Hgene

Hgene's interactors

Tgene

Tgene's interactors

- Retained PPIs in in-frame fusion.

Partner

Gene

Hbp

Tbp

ENST

Strand

BPexon

TotalExon

Protein feature loci

*BPloci

TotalLen

Still interaction with

- Lost PPIs in in-frame fusion.

Partner

Gene

Hbp

Tbp

ENST

Strand

BPexon

TotalExon

Protein feature loci

*BPloci

TotalLen

Interaction lost with

- Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.

Partner

Gene

Hbp

Tbp

ENST

Strand

BPexon

TotalExon

Protein feature loci

*BPloci

TotalLen

Interaction lost with

Top

Related Drugs for SAMD13-PRKACB

Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)

Partner

Gene

UniProtAcc

DrugBank ID

Drug name

Drug activity

Drug type

Drug status

Top

Related Diseases for SAMD13-PRKACB

Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)

Partner	Gene	Disease ID	Disease name	# pubmeds	Source
Tgene	PRKACB	C0005426	Biliary Tract Neoplasm	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0009777	Conn Adenoma	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0010481	Cushing Syndrome	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0033578	Prostatic Neoplasms	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0206667	Adrenal Cortical Adenoma	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0206698	Cholangiocarcinoma	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0345905	Intrahepatic Cholangiocarcinoma	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0376358	Malignant neoplasm of prostate	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C0750952	Biliary Tract Cancer	1	CTD_human
Tgene	PRKACB	C3805278	Extrahepatic Cholangiocarcinoma	1	CTD_human