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Fusion gene:CLTC-VMP1 (FusionGDB2 ID:HG1213TG81671)

Fusion Gene Summary for CLTC-VMP1

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: CLTC-VMP1
Fusion gene ID: hg1213tg81671
HgeneTgene
Gene symbol

CLTC

VMP1

Gene ID

1213

81671

Gene nameclathrin heavy chainvacuole membrane protein 1
SynonymsCHC|CHC17|CLH-17|CLTCL2|Hc|MRD56EPG3|TANGO5|TMEM49
Cytomap('CLTC')('VMP1')

17q23.1

17q23.1

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionclathrin heavy chain 1clathrin heavy chain on chromosome 17clathrin, heavy polypeptide (Hc)clathrin, heavy polypeptide-like 2vacuole membrane protein 1ectopic P-granules autophagy protein 3 homologtransmembrane protein 49transport and golgi organization 5 homolog
Modification date2020031320200327
UniProtAcc

Q00610

.
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000579815, ENST00000269122, 
ENST00000393043, ENST00000579456, 
ENST00000579815, ENST00000269122, 
ENST00000393043, ENST00000579456, 
Fusion gene scores* DoF score27 X 40 X 17=1836042 X 34 X 19=27132
# samples 84151
** MAII scorelog2(84/18360*10)=-4.45003292063505
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(151/27132*10)=-4.16737494326024
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: CLTC [Title/Abstract] AND VMP1 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointCLTC(57733388)-VMP1(57915656), # samples:9
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
VMP1-CLTC seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
VMP1-CLTC seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC due to the frame-shifted ORF.
CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene due to the frame-shifted ORF.
CLTC-VMP1 seems lost the major protein functional domain in Tgene partner, which is a essential gene due to the frame-shifted ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneCLTC

GO:1900126

negative regulation of hyaluronan biosynthetic process

24251095


check buttonFusion gene breakpoints across CLTC (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure
check buttonFusion gene breakpoints across VMP1 (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4BLCATCGA-CU-A0YN-01ACLTCchr17

57697534

+VMP1chr17

57895073

+
ChimerDB4BLCATCGA-CU-A0YN-01ACLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-DK-A2I2-01ACLTCchr17

57737949

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-DK-A6B5-01ACLTCchr17

57697534

+VMP1chr17

57886157

+
ChimerDB4BLCATCGA-DK-AA6RCLTCchr17

57697534

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-DK-AA6RCLTCchr17

57733388

+VMP1chr17

57895073

+
ChimerDB4BLCATCGA-DK-AA74CLTCchr17

57737949

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-FD-A3B6-01ACLTCchr17

57763169

+VMP1chr17

57886157

+
ChimerDB4BLCATCGA-FD-A5BV-01ACLTCchr17

57725762

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-FD-A5BVCLTCchr17

57725762

+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4BLCATCGA-FD-A6TD-01ACLTCchr17

57733388

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-FD-A6TDCLTCchr17

57733388

+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4BLCATCGA-G2-A2EF-01ACLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-G2-A2EFCLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4BLCATCGA-G2-AA3CCLTCchr17

57763169

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57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-GC-A3YS-01ACLTCchr17

57746301

+VMP1chr17

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ChimerDB4BLCATCGA-GC-A3YSCLTCchr17

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+
ChimerDB4BLCATCGA-UY-A8OC-01ACLTCchr17

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+
ChimerDB4BLCATCGA-UY-A8OC-01ACLTCchr17

57759200

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-UY-A8OCCLTCchr17

57759200

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+
ChimerDB4BLCATCGA-XF-AAMWCLTCchr17

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+
ChimerDB4BLCATCGA-XF-AAN4CLTCchr17

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+
ChimerDB4BLCATCGA-ZF-AA4V-01ACLTCchr17

57737949

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+
ChimerDB4BLCATCGA-ZF-AA4V-01ACLTCchr17

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+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4BLCATCGA-ZF-AA4VCLTCchr17

57737949

+VMP1chr17

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+
ChimerDB4BRCATCGA-A7-A4SE-01ACLTCchr17

57733388

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+
ChimerDB4BRCATCGA-AC-A6IW-01ACLTCchr17

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+
ChimerDB4BRCATCGA-BH-A18R-01ACLTCchr17

57697534

+VMP1chr17

57886157

+
ChimerDB4BRCATCGA-E2-A150-01ACLTCchr17

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+VMP1chr17

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ChimerDB4BRCATCGA-E2-A150CLTCchr17

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57886156

+
ChimerDB4BRCATCGA-E2-A1LI-01ACLTCchr17

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+
ChimerDB4CESCTCGA-C5-A1BJ-01ACLTCchr17

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+
ChimerDB4CESCTCGA-C5-A1BK-01BCLTCchr17

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57886157

+
ChimerDB4CESCTCGA-C5-A8YR-01ACLTCchr17

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+VMP1chr17

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+
ChimerDB4CESCTCGA-MA-AA3W-01ACLTCchr17

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+
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+VMP1chr17

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+
ChimerDB4CESCTCGA-UC-A7PD-01ACLTCchr17

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+VMP1chr17

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+
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+
ChimerDB4ESCATCGA-LN-A7HYCLTCchr17

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+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4ESCATCGA-LN-A7HYCLTCchr17

57746301

+VMP1chr17

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+
ChimerDB4ESCATCGA-R6-A6DQCLTCchr17

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57895072

+
ChimerDB4ESCATCGA-R6-A6DQCLTCchr17

57721844

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+
ChimerDB4ESCATCGA-R6-A6KZCLTCchr17

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+
ChimerDB4ESCATCGA-R6-A6KZCLTCchr17

57756880

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57886157

+
ChimerDB4ESCATCGA-VR-A8Q7CLTCchr17

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+
ChimerDB4ESCATCGA-VR-A8Q7CLTCchr17

57725762

+VMP1chr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CN-5365CLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CN-6018CLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CN-A63VCLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CN-A63VCLTCchr17

57752204

+VMP1chr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CQ-7063CLTCchr17

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+
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+
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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CV-A463CLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-CV-A463CLTCchr17

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+VMP1chr17

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+
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+
ChimerDB4HNSCTCGA-D6-6517CLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-D6-6517CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-DQ-5630CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-DQ-5630CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-F7-A623CLTCchr17

57697534

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ChimerDB4HNSCTCGA-F7-A623CLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-F7-A623CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-HD-7753CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-HD-7917CLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-HD-7917CLTCchr17

57760375

+VMP1chr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-P3-A6T4CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-P3-A6T4CLTCchr17

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ChimerDB4HNSCTCGA-QK-A6IGCLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-QK-A6IGCLTCchr17

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+
ChimerDB4HNSCTCGA-T2-A6WXCLTCchr17

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+
ChimerDB4KIRCTCGA-BP-4983-01ACLTCchr17

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+
ChimerDB4KIRCTCGA-BP-4983-01ACLTCchr17

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ChimerDB4LUADTCGA-38-4625-01ACLTCchr17

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+
ChimerDB4LUADTCGA-38-4625-01ACLTCchr17

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57915656

+
ChimerDB4LUADTCGA-38-4629-01ACLTCchr17

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57886157

+
ChimerDB4LUADTCGA-50-5933-01ACLTCchr17

57697534

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57733388

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+
ChimerDB4LUADTCGA-75-6214-01ACLTCchr17

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57886156

+
ChimerDB4LUADTCGA-75-6214-01ACLTCchr17

57763169

+VMP1chr17

57886157

+
ChimerDB4LUADTCGA-75-6214CLTCchr17

57763169

+VMP1chr17

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+
ChimerDB4LUADTCGA-78-7542-01ACLTCchr17

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57886157

+
ChimerDB4LUADTCGA-78-7542CLTCchr17

57760623

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+
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+
ChimerDB4LUADTCGA-86-8279CLTCchr17

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57851114

+
ChimerDB4LUADTCGA-86-8673-01ACLTCchr17

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+VMP1chr17

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ChimerDB4LUSCTCGA-33-6737-01ACLTCchr17

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+
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57697534

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57842331

+
ChimerDB4LUSCTCGA-37-3792CLTCchr17

57721844

+VMP1chr17

57917129

+
ChimerDB4LUSCTCGA-39-5035CLTCchr17

57768072

+VMP1chr17

57917129

+
ChimerDB4LUSCTCGA-56-8201CLTCchr17

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ChimerDB4LUSCTCGA-60-2724CLTCchr17

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+
ChimerDB4LUSCTCGA-60-2724CLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4LUSCTCGA-60-2724CLTCchr17

57733388

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4LUSCTCGA-60-2724CLTCchr17

57768072

+VMP1chr17

57895072

+
ChimerDB4LUSCTCGA-60-2724CLTCchr17

57768072

+VMP1chr17

57895073

+
ChimerDB4LUSCTCGA-66-2769CLTCchr17

57733388

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+
ChimerDB4LUSCTCGA-66-2781CLTCchr17

57746301

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57886156

+
ChimerDB4LUSCTCGA-66-2781CLTCchr17

57746301

+VMP1chr17

57886157

+
ChimerDB4LUSCTCGA-66-2781CLTCchr17

57763169

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57895072

+
ChimerDB4LUSCTCGA-66-2781CLTCchr17

57763169

+VMP1chr17

57895073

+
ChimerDB4LUSCTCGA-77-7142-01ACLTCchr17

57728676

+VMP1chr17

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+
ChimerDB4LUSCTCGA-77-7142CLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4LUSCTCGA-77-7142CLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4LUSCTCGA-77-8007CLTCchr17

57763169

+VMP1chr17

57886157

+
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57739003

+VMP1chr17

57915655

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ChimerDB4LUSCTCGA-NC-A5HKCLTCchr17

57739004

+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4LUSCTCGA-NC-A5HKCLTCchr17

57739004

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4LUSCTCGA-O2-A52VCLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915655

+
ChimerDB4LUSCTCGA-O2-A52VCLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57915656

+
ChimerDB4PAADTCGA-H8-A6C1CLTCchr17

57737949

+VMP1chr17

57851115

+
ChimerDB4SARCTCGA-DX-AB30-01ACLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

57889031

+
ChimerDB4SARCTCGA-DX-AB30-01ACLTCchr17

57763169

+VMP1chr17

57895073

+
ChimerDB4SKCMTCGA-D9-A6EC-06ACLTCchr17

57728677

+VMP1chr17

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+
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+


Top

Fusion Gene ORF analysis for CLTC-VMP1

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
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