Fusion Gene Studies
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Fusion Gene Summary

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Fusion Gene ORF analysis

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Fusion Gene Sequence

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Fusion Gene PPI analysis

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Related Diseases

Fusion gene:ATXN3-CD46 (FusionGDB2 ID:HG4287TG4179)

Fusion Gene Summary for ATXN3-CD46

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: ATXN3-CD46
Fusion gene ID: hg4287tg4179
HgeneTgene
Gene symbol

ATXN3

CD46

Gene ID

4287

4179

Gene nameataxin 3CD46 molecule
SynonymsAT3|ATX3|JOS|MJD|MJD1|SCA3AHUS2|MCP|MIC10|TLX|TRA2.10
Cytomap('ATXN3')('CD46')

14q32.12

1q32.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionataxin-3Machado-Joseph disease protein 1josephinolivopontocerebellar ataxia 3spinocerebellar ataxia type 3 proteinmembrane cofactor proteinCD46 antigen, complement regulatory proteinCD46 molecule, complement regulatory proteinantigen identified by monoclonal antibody TRA-2-10complement membrane cofactor proteinmeasles virus receptormembrane cofactor protein (CD
Modification date2020031320200313
UniProtAcc..
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000340660, ENST00000393287, 
ENST00000429774, ENST00000502250, 
ENST00000503767, ENST00000545170, 
ENST00000554491, ENST00000532032, 
Fusion gene scores* DoF score4 X 5 X 5=10016 X 13 X 7=1456
# samples 517
** MAII scorelog2(5/100*10)=-1
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(17/1456*10)=-3.098403704061
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: ATXN3 [Title/Abstract] AND CD46 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointATXN3(92537278)-CD46(207943665), # samples:1
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.ATXN3-CD46 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
ATXN3-CD46 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
ATXN3-CD46 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
ATXN3-CD46 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneATXN3

GO:0070536

protein K63-linked deubiquitination

22970133

HgeneATXN3

GO:0071108

protein K48-linked deubiquitination

22970133

TgeneCD46

GO:0008593

regulation of Notch signaling pathway

23086448

TgeneCD46

GO:0010629

negative regulation of gene expression

23086448

TgeneCD46

GO:0032613

interleukin-10 production

23086448

TgeneCD46

GO:0032733

positive regulation of interleukin-10 production

12540904

TgeneCD46

GO:0035581

sequestering of extracellular ligand from receptor

23086448

TgeneCD46

GO:0042102

positive regulation of T cell proliferation

12540904

TgeneCD46

GO:0043382

positive regulation of memory T cell differentiation

12540904

TgeneCD46

GO:0045591

positive regulation of regulatory T cell differentiation

12540904

TgeneCD46

GO:0071636

positive regulation of transforming growth factor beta production

12540904


check buttonFusion gene breakpoints across ATXN3 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure
check buttonFusion gene breakpoints across CD46 (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4Non-CancerTCGA-A7-A0D9-11AATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+


Top

Fusion Gene ORF analysis for ATXN3-CD46

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-3UTRENST00000340660ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
5CDS-3UTRENST00000393287ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
5CDS-3UTRENST00000429774ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
5CDS-3UTRENST00000502250ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
5CDS-3UTRENST00000503767ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-3UTRENST00000545170ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-3UTRENST00000554491ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000340660ENST00000357714ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000340660ENST00000360212ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000340660ENST00000361067ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000340660ENST00000367047ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000340660ENST00000480003ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
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92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000393287ENST00000360212ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000393287ENST00000361067ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000393287ENST00000367047ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000393287ENST00000480003ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000429774ENST00000357714ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
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92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000429774ENST00000361067ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000429774ENST00000367047ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000429774ENST00000480003ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000502250ENST00000357714ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000502250ENST00000360212ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000503767ENST00000357714ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000503767ENST00000360212ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000503767ENST00000361067ATXN3chr14

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-CD46chr1

207943665

+
5CDS-intronENST00000503767ENST00000367047ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000545170ENST00000361067ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000545170ENST00000367047ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000545170ENST00000480003ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000554491ENST00000357714ATXN3chr14

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-CD46chr1

207943665

+
5CDS-intronENST00000554491ENST00000360212ATXN3chr14

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-CD46chr1

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+
5CDS-intronENST00000554491ENST00000361067ATXN3chr14

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-CD46chr1

207943665

+
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92537278

-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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+
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-CD46chr1

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+
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+
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+
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-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

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+
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92537278

-CD46chr1

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+
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-CD46chr1

207943665

+
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-CD46chr1

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+
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+
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-CD46chr1

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+
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+
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+
In-frameENST00000545170ENST00000441839ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000322875ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000322918ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000354848ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000358170ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000367041ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000367042ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3CDSENST00000532032ENST00000441839ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-3UTRENST00000532032ENST00000469535ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-intronENST00000532032ENST00000357714ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-intronENST00000532032ENST00000360212ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-intronENST00000532032ENST00000361067ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-intronENST00000532032ENST00000367047ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+
intron-intronENST00000532032ENST00000480003ATXN3chr14

92537278

-CD46chr1

207943665

+

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000367042CD46chr1207943665+33561087691319416
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000354848CD46chr1207943665+32631087691340423
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000441839CD46chr1207943665+31991087691280403
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000322875CD46chr1207943665+32631087691340423
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000367041CD46chr1207943665+33561087691319416
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000358170CD46chr1207943665+33561087691319416
ENST00000545170ATXN3chr1492537278-ENST00000322918CD46chr1207943665+31991087691280403
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000367042CD46chr1207943665+33081039691271400
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000354848CD46chr1207943665+32151039691292407
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000441839CD46chr1207943665+31511039691232387
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000322875CD46chr1207943665+32151039691292407
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000367041CD46chr1207943665+33081039691271400
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000358170CD46chr1207943665+33081039691271400
ENST00000429774ATXN3chr1492537278-ENST00000322918CD46chr1207943665+31511039691232387
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000367042CD46chr1207943665+33181049581281407
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000354848CD46chr1207943665+32251049581302414
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000441839CD46chr1207943665+31611049581242394
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000322875CD46chr1207943665+32251049581302414
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000367041CD46chr1207943665+33181049581281407
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000358170CD46chr1207943665+33181049581281407
ENST00000393287ATXN3chr1492537278-ENST00000322918CD46chr1207943665+31611049581242394
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000367042CD46chr1207943665+2994725130957275
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000354848CD46chr1207943665+2901725130978282
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000441839CD46chr1207943665+2837725130918262
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000322875CD46chr1207943665+2901725130978282
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000367041CD46chr1207943665+2994725130957275
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000358170CD46chr1207943665+2994725130957275
ENST00000502250ATXN3chr1492537278-ENST00000322918CD46chr1207943665+2837725130918262
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000367042CD46chr1207943665+3263994481226392
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000354848CD46chr1207943665+3170994481247399
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000441839CD46chr1207943665+3106994481187379
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000322875CD46chr1207943665+3170994481247399
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000367041CD46chr1207943665+3263994481226392
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000358170CD46chr1207943665+3263994481226392
ENST00000503767ATXN3chr1492537278-ENST00000322918CD46chr1207943665+3106994481187379
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000367042CD46chr1207943665+3153884581116352
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000354848CD46chr1207943665+3060884581137359
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000441839CD46chr1207943665+2996884581077339
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000322875CD46chr1207943665+3060884581137359
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000367041CD46chr1207943665+3153884581116352
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000358170CD46chr1207943665+3153884581116352
ENST00000340660ATXN3chr1492537278-ENST00000322918CD46chr1207943665+2996884581077339

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000545170ENST00000367042ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004913660.9995086
ENST00000545170ENST00000354848ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004929450.99950707
ENST00000545170ENST00000441839ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0005463850.9994536
ENST00000545170ENST00000322875ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004929450.99950707
ENST00000545170ENST00000367041ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004913660.9995086
ENST00000545170ENST00000358170ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004913660.9995086
ENST00000545170ENST00000322918ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0005463850.9994536
ENST00000429774ENST00000367042ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.000345630.9996544
ENST00000429774ENST00000354848ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0003353750.99966466
ENST00000429774ENST00000441839ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004348360.9995652
ENST00000429774ENST00000322875ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0003353750.99966466
ENST00000429774ENST00000367041ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.000345630.9996544
ENST00000429774ENST00000358170ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.000345630.9996544
ENST00000429774ENST00000322918ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004348360.9995652
ENST00000393287ENST00000367042ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004365970.9995634
ENST00000393287ENST00000354848ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004246530.9995753
ENST00000393287ENST00000441839ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.000492220.9995078
ENST00000393287ENST00000322875ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004246530.9995753
ENST00000393287ENST00000367041ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004365970.9995634
ENST00000393287ENST00000358170ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004365970.9995634
ENST00000393287ENST00000322918ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.000492220.9995078
ENST00000502250ENST00000367042ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0013197640.9986802
ENST00000502250ENST00000354848ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0010892040.9989108
ENST00000502250ENST00000441839ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0012575810.9987424
ENST00000502250ENST00000322875ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0010892040.9989108
ENST00000502250ENST00000367041ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0013197640.9986802
ENST00000502250ENST00000358170ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0013197640.9986802
ENST00000502250ENST00000322918ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0012575810.9987424
ENST00000503767ENST00000367042ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004038130.9995962
ENST00000503767ENST00000354848ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0003850190.99961495
ENST00000503767ENST00000441839ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004645490.99953544
ENST00000503767ENST00000322875ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0003850190.99961495
ENST00000503767ENST00000367041ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004038130.9995962
ENST00000503767ENST00000358170ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004038130.9995962
ENST00000503767ENST00000322918ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0004645490.99953544
ENST00000340660ENST00000367042ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006089070.9993911
ENST00000340660ENST00000354848ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006569260.9993431
ENST00000340660ENST00000441839ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006515230.99934846
ENST00000340660ENST00000322875ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006569260.9993431
ENST00000340660ENST00000367041ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006089070.9993911
ENST00000340660ENST00000358170ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006089070.9993911
ENST00000340660ENST00000322918ATXN3chr1492537278-CD46chr1207943665+0.0006515230.99934846

Top

Fusion Genomic Features for ATXN3-CD46


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)
ATXN3chr1492537281-CD46chr1207943665+0.0012245520.9987754
ATXN3chr1492537281-CD46chr1207943665+0.0012245520.9987754

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.
genomic feature of top 1%

Top

Fusion Protein Features for ATXN3-CD46


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr14:92537278/chr1:207943665)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
..
FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

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* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
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- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
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Fusion Gene Sequence for ATXN3-CD46


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
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GTAATGTGTTCGGTGATTTCAGAAAGCTAGAAAGTGTATGTGTGGCATTTGTTTTCACTTTTTAAAACATCCCTAACTGATCGAATATAT
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TGACAGCCATAACAGGAGTGCCACTTCATGGTGCGAAGTGAACACTGTAGTCTTGTTGTTTTCCCAAAGAGAACTCCGTATGTTCTCTTA
GGTTGAGTAACCCACTCTGAATTCTGGTTACATGTGTTTTTCTCTCCCTCCTTAAATAAAGAGAGGGGTTAAACATGCCCTCTAAAAGTA
GGTGGTTTTGAAGAGAATAAATTCATCAGATAACCTCAAGTCACATGAGAATCTTAGTCCATTTACATTGCCTTGGCTAGTAAAAGCCAT
CTATGTATATGTCTTACCTCATCTCCTAAAAGGCAGAGTACAAAGTAAGCCATGTATCTCAGGAAGGTAACTTCATTTTGTCTATTTGCT
GTTGATTGTACCAAGGGATGGAAGAAGTAAATATAGCTCAGGTAGCACTTTATACTCAGGCAGATCTCAGCCCTCTACTGAGTCCCTTAG
CCAAGCAGTTTCTTTCAAAGAAGCCAGCAGGCGAAAAGCAGGGACTGCCACTGCATTTCATATCACACTGTTAAAAGTTGTGTTTTGAAA
TTTTATGTTTAGTTGCACAAATTGGGCCAAAGAAACATTGCCTTGAGGAAGATATGATTGGAAAATCAAGAGTGTAGAAGAATAAATACT
GTTTTACTGTCCAAAGACATGTTTATAGTGCTCTGTAAATGTTCCTTTCCTTTGTAGTCTCTGGCAAGATGCTTTAGGAAGATAAAAGTT
TGAGGAGAACAAACAGGAATTCTGAATTAAGCACAGAGTTGAAGTTTATACCCGTTTCACATGCTTTTCAAGAATGTCGCAATTACTAAG
AAGCAGATAATGGTGTTTTTTAGAAACCTAATTGAAGTATATTCAACCAAATACTTTAATGTATAAAATAAATATTATACAATATACTTG
TATAGCAGTTTCTGCTTCACATTTGATTTTTTCAAATTTAATATTTATATTAGAGATCTATATATGTATAAATATGTATTTTGTCAAATT
TGTTACTTAAATATATAGAGACCAGTTTTCTCTGGAAGTTTGTTTAAATGACAGAAGCGTATATGAATTCAAGAAAATTTAAGCTGCAAA
AATGTATTTGCTATAAAATGAGAAGTCTCACTGATAGAGGTTCTTTATTGCTCATTTTTTAAAAAATGGACTCTTGAAATCTGTTAAAAT

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GAGAGGGGCAGGGGGCGGAGCTGGAGGGGGTGGTTCGGCGTGGGGGCCGTTGGCTCCAGACAAATAAACATGGAGTCCATCTTCCACGAG
AAACAAGAAGGCTCACTTTGTGCTCAACATTGCCTGAATAACTTATTGCAAGGAGAATATTTTAGCCCTGTGGAATTATCCTCAATTGCA
CATCAGCTGGATGAGGAGGAGAGGATGAGAATGGCAGAAGGAGGAGTTACTAGTGAAGATTATCGCACGTTTTTACAGCAGCCTTCTGGA
AATATGGATGACAGTGGTTTTTTCTCTATTCAGGTTATAAGCAATGCCTTGAAAGTTTGGGGTTTAGAACTAATCCTGTTCAACAGTCCA
GAGTATCAGAGGCTCAGGATCGATCCTATAAATGAAAGATCATTTATATGCAATTATAAGGAACACTGGTTTACAGTTAGAAAATTAGGA
AAACAGTGGTTTAACTTGAATTCTCTCTTGACGGGTCCAGAATTAATATCAGATACATATCTTGCACTTTTCTTGGCTCAATTACAACAG
GAAGGTTATTCTATATTTGTCGTTAAGGGTGATCTGCCAGATTGCGAAGCTGACCAACTCCTGCAGATGATTAGGGTCCAACAGATGCAT
CGACCAAAACTTATTGGAGAAGAATTAGCACAACTAAAAGAGCAAAGAGTCCATAAAACAGACCTGGAACGAGTGTTAGAAGCAAATGAT
GGCTCAGGAATGTTAGACGAAGATGAGGAGGATTTGCAGAGGGCTCTGGCACTAAGTCGCCAAGAAATTGACATGGAAGATGAGGAAGCA
GATCTCCGCAGGGCTATTCAGCTAAGTATGCAAGGTAGTTCCAGAAACATATCTCAAGATATGACACAGACATCAGGTACAAATCTTACT
TCAGAAGAGCTTCGGAAGAGACGAGAAGCCTACTTTGAAAAGATATACTTCACTTTTGAATGTTTCAGACAGCAGCAAAAGCAGCAACAG
CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGGGACCTATCAGGACAGAGTTCACATCCATGTGAAAGGCCAGCCACCAGTTCAGGAGCACTTGGGAGT
GATCTAGGTCCTAGGCCTACTTACAAGCCTCCAGTCTCAAATTATCCAGGATATCCTAAACCTGAGGAAGGAATACTTGACAGTTTGGAT
GTTTGGGTCATTGCTGTGATTGTTATTGCCATAGGAAAGCAGATGGTGGAGCTGAATATGCCACTTACCAGACTAAATCAACCACTCCAG
CAGAGCAGAGAGGCTGAATAGATTCCACAACCTGGTTTGCCAGTTCATCTTTTGACTCTATTAAAATCTTCAATAGTTGTTATTCTGTAG
TTTCACTCTCATGAGTGCAACTGTGGCTTAGCTAATATTGCAATGTGGCTTGAATGTAGGTAGCATCCTTTGATGCTTCTTTGAAACTTG
TATGAATTTGGGTATGAACAGATTGCCTGCTTTCCCTTAAATAACACTTAGATTTATTGGACCAGTCAGCACAGCATGCCTGGTTGTATT
AAAGCAGGGATATGCTGTATTTTATAAAATTGGCAAAATTAGAGAAATATAGTTCACAATGAAATTATATTTTCTTTGTAAAGAAAGTGG
CTTGAAATCTTTTTTGTTCAAAGATTAATGCCAACTCTTAAGATTATTCTTTCACCAACTATAGAATGTATTTTATATATCGTTCATTGT
AAAAAGCCCTTAAAAATATGTGTATACTACTTTGGCTCTTGTGCATAAAAACAAGAACACTGAAAATTGGGAATATGCACAAACTTGGCT
TCTTTAACCAAGAATATTATTGGAAAATTCTCTAAAAGTTAATAGGGTAAATTCTCTATTTTTTGTAATGTGTTCGGTGATTTCAGAAAG
CTAGAAAGTGTATGTGTGGCATTTGTTTTCACTTTTTAAAACATCCCTAACTGATCGAATATATCAGTAATTTCAGAATCAGATGCATCC
TTTCATAAGAAGTGAGAGGACTCTGACAGCCATAACAGGAGTGCCACTTCATGGTGCGAAGTGAACACTGTAGTCTTGTTGTTTTCCCAA
AGAGAACTCCGTATGTTCTCTTAGGTTGAGTAACCCACTCTGAATTCTGGTTACATGTGTTTTTCTCTCCCTCCTTAAATAAAGAGAGGG
GTTAAACATGCCCTCTAAAAGTAGGTGGTTTTGAAGAGAATAAATTCATCAGATAACCTCAAGTCACATGAGAATCTTAGTCCATTTACA
TTGCCTTGGCTAGTAAAAGCCATCTATGTATATGTCTTACCTCATCTCCTAAAAGGCAGAGTACAAAGTAAGCCATGTATCTCAGGAAGG
TAACTTCATTTTGTCTATTTGCTGTTGATTGTACCAAGGGATGGAAGAAGTAAATATAGCTCAGGTAGCACTTTATACTCAGGCAGATCT
CAGCCCTCTACTGAGTCCCTTAGCCAAGCAGTTTCTTTCAAAGAAGCCAGCAGGCGAAAAGCAGGGACTGCCACTGCATTTCATATCACA
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AAGAGTGTAGAAGAATAAATACTGTTTTACTGTCCAAAGACATGTTTATAGTGCTCTGTAAATGTTCCTTTCCTTTGTAGTCTCTGGCAA
GATGCTTTAGGAAGATAAAAGTTTGAGGAGAACAAACAGGAATTCTGAATTAAGCACAGAGTTGAAGTTTATACCCGTTTCACATGCTTT
TCAAGAATGTCGCAATTACTAAGAAGCAGATAATGGTGTTTTTTAGAAACCTAATTGAAGTATATTCAACCAAATACTTTAATGTATAAA
ATAAATATTATACAATATACTTGTATAGCAGTTTCTGCTTCACATTTGATTTTTTCAAATTTAATATTTATATTAGAGATCTATATATGT
ATAAATATGTATTTTGTCAAATTTGTTACTTAAATATATAGAGACCAGTTTTCTCTGGAAGTTTGTTTAAATGACAGAAGCGTATATGAA
TTCAAGAAAATTTAAGCTGCAAAAATGTATTTGCTATAAAATGAGAAGTCTCACTGATAGAGGTTCTTTATTGCTCATTTTTTAAAAAAT

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TSGTNLTSEELRKRREAYFEKIYFTFECFRQQQKQQQQQQQQQQGDLSGQSSHPCERPATSSGALGSDLGPRPTYKPPVSNYPGYPKPEE

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Fusion Gene PPI Analysis for ATXN3-CD46


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for ATXN3-CD46


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for ATXN3-CD46


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource
HgeneATXN3C0011570Mental Depression5PSYGENET
HgeneATXN3C0011581Depressive disorder5PSYGENET
HgeneATXN3C0027746Nerve Degeneration1CTD_human
TgeneC2752040HEMOLYTIC UREMIC SYNDROME, ATYPICAL, SUSCEPTIBILITY TO, 26GENOMICS_ENGLAND;UNIPROT
TgeneC2931788Atypical Hemolytic Uremic Syndrome2CTD_human;GENOMICS_ENGLAND
TgeneC0019061Hemolytic-Uremic Syndrome1GENOMICS_ENGLAND
TgeneC0025007Measles1CTD_human
TgeneC0162739HELLP Syndrome1ORPHANET
TgeneC0272242Complement deficiency disease1GENOMICS_ENGLAND
TgeneC3658266Prostatic Cancer, Castration-Resistant1CTD_human
TgeneC3658267Prostatic Neoplasms, Castration-Resistant1CTD_human
TgeneC4087273C3 glomerulopathy1GENOMICS_ENGLAND