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Fusion gene:C6orf48-TRIM40 (FusionGDB2 ID:HG50854TG135644)

Fusion Gene Summary for C6orf48-TRIM40

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: C6orf48-TRIM40
Fusion gene ID: hg50854tg135644
HgeneTgene
Gene symbol

C6orf48

TRIM40

Gene ID

50854

135644

Gene namesmall nucleolar RNA host gene 32tripartite motif containing 40
SynonymsC6orf48|D6S57|G8RNF35
Cytomap('C6orf48')('TRIM40')

6p21.33

6p22.1

Type of genencRNAprotein-coding
Descriptionprotein G8tripartite motif-containing protein 40RING finger protein 35probable E3 NEDD8-protein ligasering finger RNF35
Modification date2020031320200313
UniProtAcc..
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000375633, ENST00000375635, 
ENST00000375638, ENST00000375639, 
ENST00000375640, ENST00000375641, 
ENST00000375642, ENST00000395788, 
ENST00000395789, ENST00000383383, 
ENST00000383384, ENST00000383385, 
ENST00000400034, ENST00000400035, 
ENST00000400037, ENST00000400038, 
ENST00000400039, ENST00000413638, 
ENST00000414434, ENST00000414536, 
ENST00000416886, ENST00000421039, 
ENST00000421605, ENST00000423640, 
ENST00000423916, ENST00000424962, 
ENST00000426843, ENST00000430690, 
ENST00000433697, ENST00000433752, 
ENST00000435938, ENST00000436205, 
ENST00000436495, ENST00000436558, 
ENST00000439865, ENST00000439907, 
ENST00000440361, ENST00000443974, 
ENST00000444192, ENST00000444331, 
ENST00000444974, ENST00000450610, 
ENST00000456268, ENST00000456690, 
ENST00000458514, ENST00000547624, 
ENST00000549426, ENST00000550200, 
ENST00000550492, ENST00000550685, 
ENST00000551797, ENST00000551957, 
ENST00000552514, 
Fusion gene scores* DoF score12 X 23 X 6=16563 X 4 X 3=36
# samples 214
** MAII scorelog2(21/1656*10)=-2.9792414398332
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(4/36*10)=0.15200309344505
effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs).
DoF>8 and MAII>0
Context

PubMed: C6orf48 [Title/Abstract] AND TRIM40 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointC6orf48(31805212)-TRIM40(30104189), # samples:2
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
TgeneTRIM40

GO:0032088

negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity

21474709

TgeneTRIM40

GO:0042177

negative regulation of protein catabolic process

21474709

TgeneTRIM40

GO:0045116

protein neddylation

21474709

TgeneTRIM40

GO:1900181

negative regulation of protein localization to nucleus

21474709



check button Fusion gene information
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4HNSCTCGA-CV-6962-01AC6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
ChimerDB4HNSCTCGA-CV-6962C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+


Top

Fusion Gene ORF analysis for C6orf48-TRIM40

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-3UTRENST00000375633ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000375635ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000375638ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000375639ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000375640ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000375641ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000375642ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000395788ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-3UTRENST00000395789ENST00000489892C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000307859C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000376724C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000383610C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000396581C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000400651C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000418267C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000421981C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000425845C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000429471C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000430485C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000431397C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000433713C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000434151C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000436951C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000437563C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000445004C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000456884C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000462556C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000470577C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000475016C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000476094C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000486552C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000488232C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000497688C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000547289C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000548672C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000549728C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375633ENST00000552119C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000307859C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000376724C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000383610C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000396581C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000400651C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000418267C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000421981C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000425845C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000429471C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000430485C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000431397C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000433713C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000434151C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000436951C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000437563C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000445004C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000456884C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000462556C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000470577C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000475016C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000476094C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000486552C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000488232C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000497688C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000547289C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000548672C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000549728C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375635ENST00000552119C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

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+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000307859C6orf48chr6

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+TRIM40chr6

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+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000376724C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000383610C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

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+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000396581C6orf48chr6

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+TRIM40chr6

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+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000400651C6orf48chr6

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+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000418267C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000421981C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000425845C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000429471C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000430485C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

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+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000431397C6orf48chr6

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+
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31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000436951C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000437563C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000445004C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000456884C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000462556C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
5CDS-intronENST00000375638ENST00000470577C6orf48chr6

31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
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31805212

+TRIM40chr6

30104189

+
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