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Fusion Protein:SENP3-ABR

Fusion Gene and Fusion Protein Summary

Fusion gene summary

Fusion partner gene information	Fusion gene name: SENP3-ABR
	FusionPDB ID: 80385
	FusionGDB2.0 ID: 80385
		Hgene	Tgene
	Gene symbol	SENP3	ABR
	Gene ID	26168	29
	Gene name	SUMO specific peptidase 3	ABR activator of RhoGEF and GTPase
	Synonyms	SMT3IP1\|SSP3\|Ulp1	MDB
	Cytomap	17p13.1	17p13.3
	Type of gene	protein-coding	protein-coding
	Description	sentrin-specific protease 3SUMO-1-specific protease 3SUMO1/sentrin/SMT3 specific peptidase 3sentrin/SUMO-specific protease 3	active breakpoint cluster region-related proteinABR, RhoGEF and GTPase activating proteinactive BCR-related
	Modification date	20200313	20200313
	UniProtAcc	.	Q15018 Main function of 5'-partner protein: FUNCTION: Component of the BRISC complex, a multiprotein complex that specifically cleaves 'Lys-63'-linked polyubiquitin, leaving the last ubiquitin chain attached to its substrates (PubMed:19214193, PubMed:20032457, PubMed:20656690, PubMed:24075985). May act as a central scaffold protein that assembles the various components of the BRISC complex and retains them in the cytoplasm (PubMed:20656690). Plays a role in regulating the onset of apoptosis via its role in modulating 'Lys-63'-linked ubiquitination of target proteins (By similarity). Required for normal mitotic spindle assembly and microtubule attachment to kinetochores via its role in deubiquitinating NUMA1 (PubMed:26195665). Plays a role in interferon signaling via its role in the deubiquitination of the interferon receptor IFNAR1; deubiquitination increases IFNAR1 activities by enhancing its stability and cell surface expression (PubMed:24075985, PubMed:26344097). Down-regulates the response to bacterial lipopolysaccharide (LPS) via its role in IFNAR1 deubiquitination (PubMed:24075985). Required for normal induction of p53/TP53 in response to DNA damage (PubMed:25283148). Independent of the BRISC complex, promotes interaction between USP7 and p53/TP53, and thereby promotes deubiquitination of p53/TP53, preventing its degradation and resulting in increased p53/TP53-mediated transcription regulation and p53/TP53-dependent apoptosis in response to DNA damage (PubMed:25283148). {ECO:0000250\|UniProtKB:Q3TCJ1, ECO:0000269\|PubMed:19214193, ECO:0000269\|PubMed:20032457, ECO:0000269\|PubMed:20656690, ECO:0000269\|PubMed:24075985, ECO:0000269\|PubMed:25283148}.
Ensembl transtripts involved in fusion gene	ENST ids	ENST00000578868, ENST00000321337, ENST00000429205,	ENST00000302538, ENST00000544583, ENST00000291107, ENST00000536794, ENST00000543210, ENST00000572441, ENST00000573895, ENST00000574437,
Fusion gene scores for assessment (based on all fusion genes of FusionGDB 2.0)	* DoF score	6 X 5 X 5=150	17 X 14 X 9=2142
	# samples	6	21
	** MAII score	log2(6/150*10)=-1.32192809488736 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0	log2(21/2142*10)=-3.35049724708413 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0
Fusion gene context	PubMed: SENP3 [Title/Abstract] AND ABR [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]
Fusion neoantigen context	PubMed: SENP3 [Title/Abstract] AND ABR [Title/Abstract] AND neoantigen [Title/Abstract]
Most frequent breakpoint (based on all fusion genes of FusionGDB 2.0)	SENP3(7470322)-ABR(962107), # samples:3
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.	SENP3-ABR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF. SENP3-ABR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF. SENP3-ABR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF. SENP3-ABR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.

* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez

Partner	Gene	GO ID	GO term	PubMed ID
Tgene	ABR	GO:0090630	activation of GTPase activity	7479768

Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr17:7470322/chr17:962107)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.

Retention analysis results of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features, are available here.

Fusion gene breakpoints across SENP3 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

Fusion gene breakpoints across ABR (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

Top

Fusion Amino Acid Sequences

Fusion information from ORFfinder translation from full-length transcript sequence from FusionPDB.

Henst	Tenst	Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand	Seq length (transcript)	BP loci (transcript)	Predicted start (transcript)	Predicted stop (transcript)	Seq length (amino acids)
ENST00000321337	SENP3	chr17	7470322	+	ENST00000302538	ABR	chr17	962107	-	5618	1658	320	3055	911
ENST00000321337	SENP3	chr17	7470322	+	ENST00000544583	ABR	chr17	962107	-	5609	1658	320	3055	911
ENST00000429205	SENP3	chr17	7470322	+	ENST00000302538	ABR	chr17	962107	-	5350	1390	49	2787	912
ENST00000429205	SENP3	chr17	7470322	+	ENST00000544583	ABR	chr17	962107	-	5341	1390	49	2787	912

DeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.

Henst	Tenst	Hgene	Hchr	Hbp	Hstrand	Tgene	Tchr	Tbp	Tstrand	No-coding score	Coding score
ENST00000321337	ENST00000302538	SENP3	chr17	7470322	+	ABR	chr17	962107	-	0.001777894	0.99822205
ENST00000321337	ENST00000544583	SENP3	chr17	7470322	+	ABR	chr17	962107	-	0.001764501	0.99823546
ENST00000429205	ENST00000302538	SENP3	chr17	7470322	+	ABR	chr17	962107	-	0.001590194	0.99840975
ENST00000429205	ENST00000544583	SENP3	chr17	7470322	+	ABR	chr17	962107	-	0.001576511	0.99842346

Predicted full-length fusion amino acid sequences. For individual full-length fusion transcript sequence from FusionPDB, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among all the predicted ones.

Get the fusion protein sequences from here.

Fusion protein sequence information is available in the fasta format.
>FusionGDB ID_FusionGDB isoform ID_FGname_Hgene_Hchr_Hbp_Henst_Tgene_Tchr_Tbp_Tenst_length(fusion AA) seq_BP

Top

Fusion Protein Breakpoint Sequences for SENP3-ABR

+/-13 AA sequence from the breakpoints of the fusion protein sequences.

Hgene	Hchr	Hbp	Tgene	Tchr	Tbp	Length(fusion protein)	BP in fusion protein	Peptide
SENP3	chr17	7470322	ABR	chr17	962107	1390	447	TKGYDGVKRWTKNKANKGQSRAIERL
SENP3	chr17	7470322	ABR	chr17	962107	1658	446	RTGYDGVKRWTKNKANKGQSRAIERL

Top

Potential FusionNeoAntigen Information of SENP3-ABR in HLA I

Multiple sequence alignments of the potential FusionNeoAntigens per fusion breakpoints. If the MSA is empty, then it means that there were predicted fusion neoantigens in this fusion breakpoint, but those predicted fusion neoantigens were not across the breakpoint, which is not fusion-specific.

SENP3-ABR_7470322_962107.msa

Potential FusionNeoAntigen Information
* We used NetMHCpan v4.1 (%rank<0.5) and deepHLApan v1.1 (immunogenic score>0.5)

Fusion gene	Hchr	Hbp	Tgene	Tchr	Tbp	HLA I	FusionNeoAntigen peptide	Binding score	Immunogenic score	Neoantigen start (at BP 13)	Neoantigen end (at BP 13)
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	HLA-A30:08	GVKRWTKNK	0.9857	0.6189	5	14
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	HLA-B27:05	KRWTKNKANK	0.9997	0.9363	7	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	HLA-B27:14	KRWTKNKANK	0.9996	0.8475	7	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	HLA-B27:03	KRWTKNKANK	0.9952	0.9446	7	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	HLA-A30:01	GVKRWTKNK	0.9866	0.7797	5	14
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	HLA-B27:10	KRWTKNKANK	0.9994	0.9028	7	17

Top

Potential FusionNeoAntigen Information of SENP3-ABR in HLA II

SENP3-ABR_7470322_962107.msa

Potential FusionNeoAntigen Information
* We used NetMHCIIpan v4.1 (%rank<0.5).

Fusion gene	Hchr	Hbp	Tgene	Tchr	Tbp	HLA II	FusionNeoAntigen peptide	Neoantigen start (at BP 13)	Neoantigen end (at BP 13)
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-0434	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-0434	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-0434	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-0434	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-0466	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-0466	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-0828	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-0828	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1102	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1102	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1102	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1102	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1102	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1102	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1103	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1103	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1103	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1103	TGYDGVKRWTKNKAN	1	16
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1103	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1103	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1103	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1103	KGYDGVKRWTKNKAN	1	16
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1111	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1111	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1111	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1111	RTGYDGVKRWTKNKA	0	15
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1111	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1111	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1111	TKGYDGVKRWTKNKA	0	15
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1111	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1114	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1114	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1114	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1114	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1114	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1114	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1116	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1116	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1116	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1116	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1116	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1116	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1120	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1120	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1120	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1120	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1120	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1120	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1121	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1121	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1121	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1121	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1121	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1121	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1125	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1125	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1130	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1130	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1130	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1130	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1130	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1130	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1136	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1136	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1136	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1136	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1136	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1136	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1141	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1141	GYDGVKRWTKNKANK	2	17
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1141	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB1-1141	TGYDGVKRWTKNKAN	1	16
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB1-1141	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
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SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0212	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0212	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0212	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0212	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0213	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0213	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0213	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0213	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0213	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0213	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0213	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0213	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0214	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0214	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0214	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0214	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0214	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0214	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0214	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0214	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0215	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0215	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0215	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0215	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0215	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0215	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0215	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0215	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0215	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0215	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0216	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0216	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0216	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0216	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0216	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0216	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0216	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0216	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0217	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0217	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0217	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0217	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0217	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0217	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0217	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0217	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0217	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0217	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0218	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0218	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0218	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0218	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0218	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0218	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0218	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0218	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0218	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0218	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0219	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0219	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0219	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0219	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0219	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0219	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0219	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0219	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0220	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0220	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0220	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0220	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0220	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0220	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0220	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0220	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0220	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0220	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0221	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0221	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0221	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0221	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0221	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0221	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0221	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0221	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0222	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0222	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0222	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0222	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0222	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0222	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0222	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0222	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0223	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0223	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0223	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0223	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0223	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0223	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0223	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0223	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0223	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0223	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0224	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0224	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0224	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0224	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0225	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0225	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0225	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0225	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0225	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0225	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0225	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0225	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0225	KRWTKNKANKGQSRA	7	22
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0225	YDGVKRWTKNKANKG	3	18
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0303	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0303	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1658	DRB3-0303	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0303	VKRWTKNKANKGQSR	6	21
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0303	GVKRWTKNKANKGQS	5	20
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390	DRB3-0303	DGVKRWTKNKANKGQ	4	19

Top

Fusion breakpoint peptide structures of SENP3-ABR

3D structures of the fusion breakpoint peptide of 14AA sequence that have potential fusion neoantigens
* The minimum length of the amino acid sequence in RoseTTAFold is 14AA. Here, we predicted the 14AA fusion protein breakpoint sequence not the fusion neoantigen peptide, which is shorter than 14 AA.

File name	BPseq	Hgene	Tgene	Hchr	Hbp	Tchr	Tbp	AAlen
10051	VKRWTKNKANKGQS	SENP3	ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1390

Top

Filtering FusionNeoAntigens Through Checking the Interaction with HLAs in 3D of SENP3-ABR

Virtual screening between 25 HLAs (from PDB) and FusionNeoAntigens
* We used Glide to predict the interaction between HLAs and neoantigens.

HLA allele	PDB ID	File name	BPseq	Docking score	Glide score
HLA-B14:02	3BVN	10051	VKRWTKNKANKGQS	-7.15543	-7.26883
HLA-B14:02	3BVN	10051	VKRWTKNKANKGQS	-4.77435	-5.80965
HLA-B52:01	3W39	10051	VKRWTKNKANKGQS	-6.80875	-6.92215
HLA-B52:01	3W39	10051	VKRWTKNKANKGQS	-4.20386	-5.23916
HLA-A11:01	4UQ2	10051	VKRWTKNKANKGQS	-7.5194	-8.5547
HLA-A11:01	4UQ2	10051	VKRWTKNKANKGQS	-6.9601	-7.0735
HLA-A24:02	5HGA	10051	VKRWTKNKANKGQS	-7.52403	-7.63743
HLA-A24:02	5HGA	10051	VKRWTKNKANKGQS	-5.82433	-6.85963
HLA-B27:05	6PYJ	10051	VKRWTKNKANKGQS	-3.28285	-4.31815
HLA-B44:05	3DX8	10051	VKRWTKNKANKGQS	-5.91172	-6.94702
HLA-B44:05	3DX8	10051	VKRWTKNKANKGQS	-4.24346	-4.35686
HLA-B35:01	1A1N	10051	VKRWTKNKANKGQS	-5.9251	-6.0385
HLA-B35:01	1A1N	10051	VKRWTKNKANKGQS	-4.80237	-5.83767

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Vaccine Design for the FusionNeoAntigens of SENP3-ABR

mRNA and peptide sequences of FusionNeoAntigens that have potential interaction with HLA-Is.

Fusion gene	Hchr	Hbp	Tchr	Tbp	Start in +/-13AA	End in +/-13AA	FusionNeoAntigen peptide sequence	FusionNeoAntigen RNA sequence
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	5	14	GVKRWTKNK	GGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAA
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	7	17	KRWTKNKANK	AAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAA

mRNA and peptide sequences of FusionNeoAntigens that have potential interaction with HLA-IIs.

Fusion gene	Hchr	Hbp	Tchr	Tbp	Start in +/-13AA	End in +/-13AA	FusionNeoAntigen peptide	FusionNEoAntigen RNA sequence
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	0	15	RTGYDGVKRWTKNKA	CGTACCGGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCC
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	0	15	TKGYDGVKRWTKNKA	ACCAAGGGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCC
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1	16	KGYDGVKRWTKNKAN	AAGGGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAAC
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	1	16	TGYDGVKRWTKNKAN	ACCGGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAAC
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	2	17	GYDGVKRWTKNKANK	GGTTATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAA
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	3	18	YDGVKRWTKNKANKG	TATGATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAAGGC
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	4	19	DGVKRWTKNKANKGQ	GATGGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAAGGCCAG
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	5	20	GVKRWTKNKANKGQS	GGGGTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAAGGCCAGAGC
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	6	21	VKRWTKNKANKGQSR	GTGAAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAAGGCCAGAGCCGG
SENP3-ABR	chr17	7470322	chr17	962107	7	22	KRWTKNKANKGQSRA	AAAAGGTGGACCAAAAACAAAGCCAACAAAGGCCAGAGCCGGGCC

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Information of the samples that have these potential fusion neoantigens of SENP3-ABR

These samples were reported as having these fusion breakpoints. For individual breakpoints, we checked the open reading frames considering multiple gene isoforms and chose the in-frame fusion genes only. Then, we made fusion protein sequences and predicted the fusion neoantigens. These fusion-positive samples may have these potential fusion neoantigens.

Cancer type	Fusion gene	Hchr	Hbp	Henst	Tchr	Tbp	Tenst	Sample
COAD	SENP3-ABR	chr17	7470322	ENST00000429205	chr17	962107	ENST00000302538	TCGA-CM-6163-01A

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Potential target of CAR-T therapy development for SENP3-ABR

Predicted 3D structure. We used RoseTTAFold.

Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, to provide the retention of the transmembrane domain, we only show the protein feature retention information of those transmembrane features

* Minus value of BPloci means that the break point is located before the CDS.

- In-frame and retained 'Transmembrane'.

Partner

Gene

Hbp

Tbp

ENST

Strand

BPexon

TotalExon

Protein feature loci

*BPloci

TotalLen

Protein feature

Protein feature note

Subcellular localization prediction of the transmembrane domain retained fusion proteins
* We used DeepLoc 1.0. The order of the X-axis of the barplot is as follows: Entry_ID, Localization, Type, Nucleus, Cytoplasm, Extracellular, Mitochondrion, Cell_membrane, Endoplasmic_reticulum, Plastid, Golgi.apparatus, Lysosome.Vacuole, Peroxisome. Y-axis is the output score of DeepLoc. Clicking the image will open a new tab with a large image.

Hgene

Hchr

Hbp

Henst

Tgene

Tchr

Tbp

Tenst

DeepLoc result

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Related Drugs to SENP3-ABR

Drugs used for this fusion-positive patient.
(Manual curation of PubMed, 04-30-2022 + MyCancerGenome)

Hgene

Tgene

Drug

Source

PMID

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Related Diseases to SENP3-ABR

Diseases that have this fusion gene.
(Manual curation of PubMed, 04-30-2022 + MyCancerGenome)

Hgene

Tgene

Disease

Source

PMID

Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)

Partner

Gene

Disease ID

Disease name

# pubmeds

Source

	Fusion Gene and Fusion Protein Summary
	Fusion Amino Acid Sequences (multiple BPs and multiple gene isoforms)
	Fusion Protein Breakpoint Sequences - (for the Screening of the FusionNeoAntigens)
	Potential FusionNeoAntigens in HLA I - (netMHCpan v4.1 + deepHLApan v1.1)
	Potential FusionNeoAntigens in HLA II - (netMHCIIpan v4.1)
	Fusion Breakpoint 14 AA Peptide Structure - (RoseTTAFold)
	Filtering FusionNeoAntigens Through Checking the Interaction with HLAs in 3D - (Glide)
	Vaccine Design for the FusionNeoAntigens (RNA/protein sequences)
	Potential target of CAR-T therapy development
	Information on the samples that have these potential fusion neoantigens
	Fusion Protein Targeting Drugs - (Manual Curation)
	Fusion Protein Related diseases - (Manual Curation)