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Center for Computational Systems Medicine level2
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Fusion Gene Summary

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Fusion Gene Sample Information

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Fusion ORF Analysis

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Fusion Amino Acid Sequences

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Fusion Protein Functional Features

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Fusion Protein Structure

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pLDDT scores

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Ramachandran Plot of Fusion Protein Structure

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Fusion Protein-Protein Interaction

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Related drugs with this fusion protein

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Related disease with this fusion protein

Fusion Protein:FN1-PECR

Fusion Protein Summary

check button Fusion gene summary
Fusion partner gene informationFusion gene name: FN1-PECR
FusionPDB ID: 30828
FusionGDB2.0 ID: 30828
HgeneTgene
Gene symbol

FN1

PECR

Gene ID

2335

55825

Gene namefibronectin 1peroxisomal trans-2-enoyl-CoA reductase
SynonymsCIG|ED-B|FINC|FN|FNZ|GFND|GFND2|LETS|MSF|SMDCFDCRRP|HPDHASE|HSA250303|PVIARL|SDR29C1|TERP
Cytomap

2q35

2q35

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionfibronectincold-insoluble globulinepididymis secretory sperm binding proteinmigration-stimulating factorperoxisomal trans-2-enoyl-CoA reductase2,4-dienoyl-CoA reductase-related proteinDCR-RPpVI-ARLputative short chain alcohol dehydrogenaseshort chain dehydrogenase/reductase family 29C member 1
Modification date2020032920200313
UniProtAcc

P02751

.
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST idsENST00000323926, ENST00000336916, 
ENST00000345488, ENST00000346544, 
ENST00000354785, ENST00000356005, 
ENST00000357009, ENST00000357867, 
ENST00000359671, ENST00000421182, 
ENST00000432072, ENST00000443816, 
ENST00000446046, ENST00000426059, 
ENST00000490833, 
ENST00000497889, 
ENST00000265322, 
Fusion gene scores for assessment (based on all fusion genes of FusionGDB 2.0)* DoF score47 X 49 X 13=299394 X 5 X 4=80
# samples 485
** MAII scorelog2(48/29939*10)=-5.96284781832542
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(5/80*10)=-0.678071905112638
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context (manual curation of fusion genes in FusionPDB)

PubMed: FN1 [Title/Abstract] AND PECR [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpoint (based on all fusion genes of FusionGDB 2.0)FN1(216242898)-PECR(216931241), # samples:2
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.FN1-PECR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
FN1-PECR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
FN1-PECR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
FN1-PECR seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneFN1

GO:0001932

regulation of protein phosphorylation

11792823

HgeneFN1

GO:0008284

positive regulation of cell proliferation

25834989

HgeneFN1

GO:0010628

positive regulation of gene expression

25834989

HgeneFN1

GO:0018149

peptide cross-linking

3997886

HgeneFN1

GO:0034446

substrate adhesion-dependent cell spreading

16236823

HgeneFN1

GO:0035987

endodermal cell differentiation

23154389

HgeneFN1

GO:0048146

positive regulation of fibroblast proliferation

25834989

HgeneFN1

GO:0051702

interaction with symbiont

12167537|12421310|19429745

HgeneFN1

GO:0070372

regulation of ERK1 and ERK2 cascade

11792823

HgeneFN1

GO:1901166

neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development

26571399

HgeneFN1

GO:1904237

positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate

25834989

HgeneFN1

GO:2001202

negative regulation of transforming growth factor-beta secretion

25834989

TgenePECR

GO:0033306

phytol metabolic process

16546181

TgenePECR

GO:0055114

oxidation-reduction process

16546181


check buttonFusion gene breakpoints across FN1 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across PECR (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure


Top

Fusion Gene Sample Information

check buttonFusion gene information from FusionGDB2.0.
check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4LUSCTCGA-37-4130-01AFN1chr2

216242897

-PECRchr2

216931240

-
ChimerDB4LUSCTCGA-37-4130-01AFN1chr2

216242898

-PECRchr2

216931241

-
ChimerDB4LUSCTCGA-37-4130FN1chr2

216242897

-PECRchr2

216931241

-
ChimerDB4LUSCTCGA-37-4130FN1chr2

216242898

-PECRchr2

216931241

-


Top

Fusion ORF Analysis


check buttonFusion information from ORFfinder translation from full-length transcript sequence from FusionPDB.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)
BP loci
(transcript)
Predicted start
(transcript)
Predicted stop
(transcript)
Seq length
(amino acids)
ENST00000421182FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-708654321062192069
ENST00000357867FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-708754331162202069
ENST00000323926FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-763059761167632250
ENST00000336916FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000354785FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-7734608011568672250
ENST00000357009FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000346544FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000345488FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000359671FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000446046FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000443816FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-709254381662252069
ENST00000432072FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-735957051064922160
ENST00000356005FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931241-708754331162202069
ENST00000421182FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-708654321062192069
ENST00000357867FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-708754331162202069
ENST00000323926FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-763059761167632250
ENST00000336916FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000354785FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-7734608011568672250
ENST00000357009FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000346544FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000345488FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000359671FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000446046FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735757031164902159
ENST00000443816FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-709254381662252069
ENST00000432072FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-735957051064922160
ENST00000356005FN1chr2216242898-ENST00000265322PECRchr2216931241-708754331162202069
ENST00000421182FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-708654321062192069
ENST00000357867FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-708754331162202069
ENST00000323926FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-763059761167632250
ENST00000336916FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735757031164902159
ENST00000354785FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-7734608011568672250
ENST00000357009FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735757031164902159
ENST00000346544FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735757031164902159
ENST00000345488FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735757031164902159
ENST00000359671FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735757031164902159
ENST00000446046FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735757031164902159
ENST00000443816FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-709254381662252069
ENST00000432072FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-735957051064922160
ENST00000356005FN1chr2216242897-ENST00000265322PECRchr2216931240-708754331162202069

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000421182ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0002098620.99979013
ENST00000357867ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0002108950.9997892
ENST00000323926ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0002663060.9997336
ENST00000336916ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000354785ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0002882760.9997117
ENST00000357009ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000346544ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000345488ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000359671ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000446046ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000443816ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0002127260.9997873
ENST00000432072ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0001603830.99983954
ENST00000356005ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931241-0.0002108950.9997892
ENST00000421182ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0002098620.99979013
ENST00000357867ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0002108950.9997892
ENST00000323926ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0002663060.9997336
ENST00000336916ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000354785ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0002882760.9997117
ENST00000357009ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000346544ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000345488ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000359671ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000446046ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001912130.99980885
ENST00000443816ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0002127260.9997873
ENST00000432072ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0001603830.99983954
ENST00000356005ENST00000265322FN1chr2216242898-PECRchr2216931241-0.0002108950.9997892
ENST00000421182ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0002098620.99979013
ENST00000357867ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0002108950.9997892
ENST00000323926ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0002663060.9997336
ENST00000336916ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001912130.99980885
ENST00000354785ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0002882760.9997117
ENST00000357009ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001912130.99980885
ENST00000346544ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001912130.99980885
ENST00000345488ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001912130.99980885
ENST00000359671ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001912130.99980885
ENST00000446046ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001912130.99980885
ENST00000443816ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0002127260.9997873
ENST00000432072ENST00000265322FN1chr2216242897-PECRchr2216931240-0.0001603830.99983954
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Fusion Amino Acid Sequences


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>FusionGDB ID_FusionGDB isoform ID_FGname_Hgene_Hchr_Hbp_Henst_Tgene_Tchr_Tbp_Tenst_length(fusion AA) seq_BP

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--------------------------------------------------------------

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Top

Fusion Protein Functional Features


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr2:216242898/chr2:216931241)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
FN1

P02751

.
FUNCTION: Fibronectins bind cell surfaces and various compounds including collagen, fibrin, heparin, DNA, and actin (PubMed:3024962, PubMed:3900070, PubMed:3593230, PubMed:7989369). Fibronectins are involved in cell adhesion, cell motility, opsonization, wound healing, and maintenance of cell shape (PubMed:3024962, PubMed:3900070, PubMed:3593230, PubMed:7989369). Involved in osteoblast compaction through the fibronectin fibrillogenesis cell-mediated matrix assembly process, essential for osteoblast mineralization (By similarity). Participates in the regulation of type I collagen deposition by osteoblasts (By similarity). Acts as a ligand for the LILRB4 receptor, inhibiting FCGR1A/CD64-mediated monocyte activation (PubMed:34089617). {ECO:0000250|UniProtKB:P11276, ECO:0000269|PubMed:3024962, ECO:0000269|PubMed:34089617, ECO:0000269|PubMed:3593230, ECO:0000269|PubMed:3900070, ECO:0000269|PubMed:7989369}.; FUNCTION: [Anastellin]: Binds fibronectin and induces fibril formation. This fibronectin polymer, named superfibronectin, exhibits enhanced adhesive properties. Both anastellin and superfibronectin inhibit tumor growth, angiogenesis and metastasis. Anastellin activates p38 MAPK and inhibits lysophospholipid signaling. {ECO:0000269|PubMed:11209058, ECO:0000269|PubMed:15665290, ECO:0000269|PubMed:19379667, ECO:0000269|PubMed:8114919}.FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- Retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneFN1chr2:216242897chr2:216931240ENST00000323926-3547907_11721903.33333333333332447.0DNA binding.
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- Not-retained protein feature among the 13 regional features.
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