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Fusion gene:EWSR1-ETV1 (FusionGDB2 ID:27829)

Fusion Gene Summary for EWSR1-ETV1

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: EWSR1-ETV1
Fusion gene ID: 27829
HgeneTgene
Gene symbol

EWSR1

ETV1

Gene ID

2130

2115

Gene nameEWS RNA binding protein 1ETS variant transcription factor 1
SynonymsEWS|EWS-FLI1|bK984G1.4ER81
Cytomap

22q12.2

7p21.2

Type of geneprotein-codingprotein-coding
DescriptionRNA-binding protein EWSEWS RNA-binding protein variant 6Ewing sarcoma breakpoint region 1Ewings sarcoma EWS-Fli1 (type 1) oncogeneETS translocation variant 1ETS variant 1ets variant gene 1ets-related protein 81
Modification date2020032920200313
UniProtAcc

Q01844

P50549

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000331029, ENST00000332035, 
ENST00000332050, ENST00000333395, 
ENST00000397938, ENST00000406548, 
ENST00000414183, 		ENST00000242066, 
ENST00000343495, ENST00000399357, 
ENST00000403527, ENST00000403685, 
ENST00000405192, ENST00000405218, 
ENST00000405358, ENST00000420159, 
ENST00000430479, ENST00000476720, 
Fusion gene scores* DoF score44 X 91 X 16=6406413 X 27 X 6=2106
# samples 9830
** MAII scorelog2(98/64064*10)=-6.03058831983342
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(30/2106*10)=-2.81147103052984
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: EWSR1 [Title/Abstract] AND ETV1 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpoint
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.EWSR1-ETV1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC due to the frame-shifted ORF.
EWSR1-ETV1 seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene due to the frame-shifted ORF.
EWSR1-ETV1 seems lost the major protein functional domain in Tgene partner, which is a CGC due to the frame-shifted ORF.
EWSR1-ETV1 seems lost the major protein functional domain in Tgene partner, which is a transcription factor due to the frame-shifted ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
TgeneETV1

GO:0045944

positive regulation of transcription by RNA polymerase II

12750007


check buttonFusion gene breakpoints across EWSR1 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

check buttonFusion gene breakpoints across ETV1 (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerKB3..EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
ChimerKB3..EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
ChimerKB3..EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-


Top

Fusion Gene ORF analysis for EWSR1-ETV1

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-intronENST00000331029ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000331029ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000332035ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000332050ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000332050ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000332050ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000332050ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000332050ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000333395ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000397938ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000406548ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000414183ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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5CDS-intronENST00000414183ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
5CDS-intronENST00000414183ENST00000476720EWSR1chr22

29683123

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

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Frame-shiftENST00000331029ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000331029ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000332050ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000332050ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
Frame-shiftENST00000332050ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

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intron-3CDSENST00000332035ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-3CDSENST00000332035ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-intronENST00000332035ENST00000242066EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000343495EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000399357EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000403527EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000403685EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000405192EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000405218EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000405358EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000420159EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000430479EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-
intron-intronENST00000332035ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

13946224

-
intron-intronENST00000332035ENST00000476720EWSR1chr22

29678546

+ETV1chr7

14026139

-

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-625311213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-624811213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-624811213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-624811213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-624811213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-445111213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-421311213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-332611213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-310011213281614428
ENST00000332050EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-162311213281614428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-624411123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-623911123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-623911123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-623911123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-623911123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-444211123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-420411123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-331711123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-309111123191605428
ENST00000397938EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-161411123191605428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-5989857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-5984857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-5984857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-5984857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-5984857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-4187857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-3949857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-3062857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-2836857641350428
ENST00000406548EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-1359857641350428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-5971839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-5966839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-5966839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-5966839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-5966839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-4169839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-3931839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-3044839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-2818839461332428
ENST00000331029EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-1341839461332428
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-5964832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-5959832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-5959832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-5959832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-5959832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-4162832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-3924832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-3037832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-2811832211325434
ENST00000414183EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-1334832211325434
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-5944812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-5939812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-5939812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-5939812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-5939812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-4142812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-3904812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-3017812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-2791812191305428
ENST00000333395EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-1314812191305428
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000430479ETV1chr713946224-5768636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000399357ETV1chr713946224-5763636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000420159ETV1chr713946224-5763636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000343495ETV1chr713946224-5763636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000242066ETV1chr713946224-5763636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000405192ETV1chr713946224-3966636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000405358ETV1chr713946224-3728636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000403527ETV1chr713946224-2841636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000405218ETV1chr713946224-2615636111129372
ENST00000332035EWSR1chr2229683123+ENST00000403685ETV1chr713946224-1138636111129372

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score

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Fusion Genomic Features for EWSR1-ETV1


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

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Fusion Protein Features for EWSR1-ETV1


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr22:/chr7:)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
EWSR1

Q01844

ETV1

P50549

FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.FUNCTION: Transcriptional activator that binds to DNA sequences containing the consensus pentanucleotide 5'-CGGA[AT]-3' (PubMed:7651741). Required for olfactory dopaminergic neuron differentiation; may directly activate expression of tyrosine hydroxylase (TH) (By similarity). {ECO:0000250|UniProtKB:P41164, ECO:0000269|PubMed:7651741}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note


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Fusion Gene Sequence for EWSR1-ETV1


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>27829_27829_1_EWSR1-ETV1_EWSR1_chr22_29683123_ENST00000331029_ETV1_chr7_13946224_ENST00000242066_length(transcript)=5966nt_BP=839nt
GCGAGAGGGAGACGGACGTTGAGAGAACGAGGAGGAAGGAGAGAAAATGGCGTCCACGGATTACAGTACCTATAGCCAAGCTGCAGCGCA
GCAGGGCTACAGTGCTTACACCGCCCAGCCCACTCAAGGATATGCACAGACCACCCAGGCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGG
ACAGCCCACTGATGTCAGCTATACCCAGGCTCAGACCACTGCAACCTATGGGCAGACCGCCTATGCAACTTCTTATGGACAGCCTCCCAC
TGGTTATACTACTCCAACTGCCCCCCAGGCATACAGCCAGCCTGTCCAGGGGTATGGCACTGGTGCTTATGATACCACCACTGCTACAGT
CACCACCACCCAGGCCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTTATCCAGCCTATGGGCAGCAGCCAGCAGCCACTGC
ACCTACAAGACCGCAGGATGGAAACAAGCCCACTGAGACTAGTCAACCTCAATCTAGCACAGGGGGTTACAACCAGCCCAGCCTAGGATA
TGGACAGAGTAACTACAGTTATCCCCAGGTACCTGGGAGCTACCCCATGCAGCCAGTCACTGCACCTCCATCCTACCCTCCTACCAGCTA
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CCCGACGTTGGGGCATTCAGAAAAACAGGCCAGCTATGAACTATGATAAACTTAGCCGTTCACTCCGCTATTACTATGAGAAAGGAATTA
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CTTGGGATGGGGTCCTACAAGTTTTGAGTATGATGAAACTATATCATGTCTGTTTGATTTCATAACAACATAAGATAATGTTTATTTTAT
CGGGGTATCTATGGTACAGTTAATTTCACGTTGTGTAAATATCCACTTGGAGACTATTTGCCTTGGGCATTTTCCCCTGTCATTTATGAG
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TCTTCTTTTTAATAGTCTAGTTTTAGTCAGTCAGTGAGGAAGAATTGGGCCATGCTAACGTTATCACAAGAGAACAATGGCAGAAATGGT
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CACTGCTACAGTCACCACCACCCAGGCCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTTATCCAGCCTATGGGCAGCAGCC
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TCTTCTTTTTAATAGTCTAGTTTTAGTCAGTCAGTGAGGAAGAATTGGGCCATGCTAACGTTATCACAAGAGAACAATGGCAGAAATGGT
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TCTCATTGAATTGGCTACTCAAACATAGAAATCATTTGTTAATGATGTAATGTCTTCTCTCAGCTTTTATCTTCACTGCTGTTTGCTGTC
TCTTGATGATGACATGTTAATACCCAATAGATTAATTGCAACAAACACTTATACTCAAATAACTAAGTAAAAATAATTTTTCTTGTTATG
TCCATGAAAAGTGCTTCAGAATAAAAATCCACAAGACTGACAGTGCAGAACATTTTTCTCAAATCATGGGCGGATCTTGGAGGTCTAGTT
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GCCTCTTTCTCACTTTGATGAGAGCATGGCCTACATGCCGGAAGGGGGCTGCTGCAACCCCCACCCCTACAACGAAGGCTACGTGTATTA
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TATGAGTCTCTGCAGGTGTACAAAAAAACCCCAATCTACTGTAAATGGCAGTTTAATTGTTAGAAATGACTGTTTTTGCACCACTTGTAA
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CTTCTGTAAATGTGATTGGATTGTTTGAAAGAAGATTTAAAGTTTCAAAGTTTTTTGTTCTGTTTTTGCTTTGCATTTGGAGAAAATATT
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GAAAATTTAAGTGAGTCTTTAAAATATATTCTGAATGAAAACTGTATTGAGGATTCATTTTTGTTCCTTTTTTTTCTTTTTCTCTTTTCT
CCTTTTTCTTCTTTTTAATAGTCTAGTTTTAGTCAGTCAGTGAGGAAGAATTGGGCCATGCTAACGTTATCACAAGAGAACAATGGCAGA
AATGGTATTAGTTATATAATATTTAAGGACAAACTATATGTTTTGCTGTTTTAACGTAGTGACTCACTGAACTAAATACATAATTGACCA
ACATTAAGTGTATTTCCAATACAGAAGGGTTGAAAATATTACATTATAAACTCTTTTGAAAAATGTATCTAAAATTTTTTAAGTTCTGTT
TTGATTCCACTTTTTGGTTGAGTTTTTATGTTTTTGTTTTCAGGTAGATTAATAAATCTGGCAGCTGATTTCTGCAAGATTCTTGTGTTT
TGAATTTCTCATTGAATTGGCTACTCAAACATAGAAATCATTTGTTAATGATGTAATGTCTTCTCTCAGCTTTTATCTTCACTGCTGTTT
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GTTATGTCCATGAAAAGTGCTTCAGAATAAAAATCCACAAGACTGACAGTGCAGAACATTTTTCTCAAATCATGGGCGGATCTTGGAGGT
CTAGTTTCCCGTAGATGCTGTAACCAATTACCACAACTTCAGTAATTTACACAAATTTATCTTATAGTTCTGGAGGCAGAAGTTCAAAAG
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GTTTGTATTTTATTTTTAAATAATAATACACAAAAAGGGGCTTTTCCTGTTGCATTATTCTATGGTCTGCCATGGACTGTGCACTTTATT
TGAGGGTGGGTGGGAGTAATCTAAACATTTATTCTGTGTAACAGGAAGCTAATGGGTGAATGGGCAGAGGGATTTGGGGATTACTTTTTA
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TATGAGTCTCTGCAGGTGTACAAAAAAACCCCAATCTACTGTAAATGGCAGTTTAATTGTTAGAAATGACTGTTTTTGCACCACTTGTAA
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TCTGAAGTTGAATAATCACCATGACTGTAAATGAGGGGCACAATTTTGGACTCTGGCGCCAAACTGAGTCATAGGCCAGTAGCATTACGT
GTATCTGGTGCCACCTTGCTGTTTAGATACAAATCATACCGTCTTTTAAATATTTTGAAGCCCATTTCAGTTAAATAATGACATGTCATG
GTCCTTTGGAATCTTCATTTAAATGTTAAATCTGGAATCAAAATGAAGCAAAAAATATCTGTCTCCTTTTCACTTTCTTCAGTACATAAA
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AAGCAGCTTTTATGCACATTGACAAATGAAGAGTAAGCTTCAGCTTGCTAAAGGAAACTGTGGAACCTTTTGTAACTTTTGGTGATATGG
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CTTCTGTAAATGTGATTGGATTGTTTGAAAGAAGATTTAAAGTTTCAAAGTTTTTTGTTCTGTTTTTGCTTTGCATTTGGAGAAAATATT
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ATACACAAAAAGGGGCTTTTCCTGTTGCATTATTCTATGGTCTGCCATGGACTGTGCACTTTATTTGAGGGTGGGTGGGAGTAATCTAAA
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TTAAATCTGGAATCAAAATGAAGCAAAAAATATCTGTCTCCTTTTCACTTTCTTCAGTACATAAATACATTATTTAATCAATAAGAATTA
ACTGTACTAAATCATGTATTATGCTGTTCTAGTTACAGCAAACACTCTTTAAGAAAAATATCCAATACACTAAATAGGTACTATAGTAAT
TTTTAGACATGGTACCCATTGATATGCATTTAAACCTTTTACTGCTGTGTTATGTTGATAACATATATAAATATTAGATAATGCTAATGC
TTCTGCTGCTGTCTTTTCTGTAATATTCTCTTTCATGCTGAATTTACTATGACCATTTATAAGCAGTGCAGTTAACTACAGATAGCATTT
CAGGACAAAATAGATGACTCAAACCATTTATTGCTTAAAAAATAGCTTACGCCATGCTATGCTATAAGCAGCTTTTATGCACATTGACAA
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Fusion Gene PPI Analysis for EWSR1-ETV1


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for EWSR1-ETV1


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for EWSR1-ETV1


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource