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Fusion Gene Summary

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Fusion Gene PPI analysis

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Fusion gene:HMGA2-LPP (FusionGDB2 ID:36843)

Fusion Gene Summary for HMGA2-LPP

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: HMGA2-LPP
Fusion gene ID: 36843
HgeneTgene
Gene symbol

HMGA2

LPP

Gene ID

8091

4026

Gene namehigh mobility group AT-hook 2LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma
SynonymsBABL|HMGI-C|HMGIC|LIPO|STQTL9-
Cytomap

12q14.3

3q27.3-q28

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionhigh mobility group protein HMGI-CHMGA2/KRT121P fusionhigh-mobility group (nonhistone chromosomal) protein isoform I-Clipoma-preferred partnerLIM proteinlipoma preferred partner
Modification date2020032920200313
UniProtAcc

P52926

Q93052

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000354636, ENST00000393577, 
ENST00000393578, ENST00000403681, 
ENST00000425208, ENST00000536545, 
ENST00000541363, 		ENST00000471917, 
ENST00000312675, ENST00000448637, 
ENST00000543006, 
Fusion gene scores* DoF score43 X 25 X 15=1612525 X 27 X 9=6075
# samples 4334
** MAII scorelog2(43/16125*10)=-5.22881869049588
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(34/6075*10)=-4.1592777572428
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: HMGA2 [Title/Abstract] AND LPP [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointHMGA2(66232350)-LPP(188426054), # samples:1
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.HMGA2-LPP seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC due to the frame-shifted ORF.
HMGA2-LPP seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a transcription factor due to the frame-shifted ORF.
HMGA2-LPP seems lost the major protein functional domain in Tgene partner, which is a CGC due to the frame-shifted ORF.
HMGA2-LPP seems lost the major protein functional domain in Tgene partner, which is a essential gene due to the frame-shifted ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneHMGA2

GO:0000122

negative regulation of transcription by RNA polymerase II

14627817

HgeneHMGA2

GO:0002062

chondrocyte differentiation

21484705

HgeneHMGA2

GO:0006284

base-excision repair

19465398

HgeneHMGA2

GO:0007095

mitotic G2 DNA damage checkpoint

16061642

HgeneHMGA2

GO:0010564

regulation of cell cycle process

14645522

HgeneHMGA2

GO:0010628

positive regulation of gene expression

18832382

HgeneHMGA2

GO:0031052

chromosome breakage

19549901

HgeneHMGA2

GO:0031507

heterochromatin assembly

16901784

HgeneHMGA2

GO:0035978

histone H2A-S139 phosphorylation

16061642

HgeneHMGA2

GO:0035986

senescence-associated heterochromatin focus assembly

16901784

HgeneHMGA2

GO:0035988

chondrocyte proliferation

21484705

HgeneHMGA2

GO:0042769

DNA damage response, detection of DNA damage

19465398

HgeneHMGA2

GO:0043065

positive regulation of apoptotic process

16061642

HgeneHMGA2

GO:0043066

negative regulation of apoptotic process

19465398

HgeneHMGA2

GO:0043392

negative regulation of DNA binding

14645522

HgeneHMGA2

GO:0043922

negative regulation by host of viral transcription

17005673

HgeneHMGA2

GO:0045869

negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate

17005673

HgeneHMGA2

GO:0045892

negative regulation of transcription, DNA-templated

18832382

HgeneHMGA2

GO:0045893

positive regulation of transcription, DNA-templated

15225648|15755872|17005673|17324944|17426251

HgeneHMGA2

GO:0045944

positive regulation of transcription by RNA polymerase II

14645522|18832382

HgeneHMGA2

GO:0071158

positive regulation of cell cycle arrest

16061642

HgeneHMGA2

GO:0071902

positive regulation of protein serine/threonine kinase activity

19549901

HgeneHMGA2

GO:0090402

oncogene-induced cell senescence

16901784

HgeneHMGA2

GO:2000648

positive regulation of stem cell proliferation

21484705

HgeneHMGA2

GO:2000679

positive regulation of transcription regulatory region DNA binding

18832382

HgeneHMGA2

GO:2000685

positive regulation of cellular response to X-ray

16061642

HgeneHMGA2

GO:2001022

positive regulation of response to DNA damage stimulus

16061642|19465398

HgeneHMGA2

GO:2001033

negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining

19549901

HgeneHMGA2

GO:2001038

regulation of cellular response to drug

16061642


check buttonFusion gene breakpoints across HMGA2 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across LPP (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerKB3..HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
ChimerKB3..HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
ChiTaRS5.0N/AA79997HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+


Top

Fusion Gene ORF analysis for HMGA2-LPP

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-3UTRENST00000354636ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000354636ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000393577ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000393577ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000393578ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000393578ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000403681ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000403681ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000425208ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000425208ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000536545ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000536545ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000541363ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-3UTRENST00000541363ENST00000471917HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
5CDS-intronENST00000354636ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000354636ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000354636ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000354636ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393577ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393577ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393577ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393577ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393578ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393578ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393578ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000393578ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000403681ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000403681ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000403681ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000403681ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000425208ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000425208ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000425208ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000425208ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000536545ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000536545ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000536545ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000536545ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000541363ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000541363ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000541363ENST00000471917HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
5CDS-intronENST00000541363ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188583987

+
Frame-shiftENST00000354636ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000354636ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000393577ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000393577ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000393578ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000393578ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000403681ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000403681ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000425208ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000425208ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000536545ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000536545ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000541363ENST00000448637HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
Frame-shiftENST00000541363ENST00000448637HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000354636ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000354636ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000354636ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000354636ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393577ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393577ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393577ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393577ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393578ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393578ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393578ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000393578ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000403681ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000403681ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000403681ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000403681ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000425208ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000425208ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000425208ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000425208ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000536545ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000536545ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000536545ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000536545ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000541363ENST00000312675HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000541363ENST00000312675HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000541363ENST00000543006HMGA2chr12

66232349

+LPPchr3

188426054

+
In-frameENST00000541363ENST00000543006HMGA2chr12

66232350

+LPPchr3

188426054

+

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000403681HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+18308138911402114324
ENST00000403681HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+18308138911402114324
ENST00000541363HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+175416223731347324
ENST00000541363HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+175416223731347324
ENST00000393577HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+173163971481122324
ENST00000393577HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+173163971481122324
ENST00000393578HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000393578HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000425208HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000425208HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000536545HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000536545HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000354636HMGA2chr1266232349+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000354636HMGA2chr1266232349+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000403681HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+18308138911402114324
ENST00000403681HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+18308138911402114324
ENST00000541363HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+175416223731347324
ENST00000541363HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+175416223731347324
ENST00000393577HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+173163971481122324
ENST00000393577HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+173163971481122324
ENST00000393578HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000393578HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000425208HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000425208HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000536545HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000536545HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000354636HMGA2chr1266232350+ENST00000312675LPPchr3188426054+1797910608111785324
ENST00000354636HMGA2chr1266232350+ENST00000543006LPPchr3188426054+1797910608111785324

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000403681ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001679840.99983203
ENST00000403681ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001679840.99983203
ENST00000541363ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001589420.999841
ENST00000541363ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001589420.999841
ENST00000393577ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001540610.99984586
ENST00000393577ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001540610.99984586
ENST00000393578ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000393578ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000425208ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000425208ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000536545ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000536545ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000354636ENST00000312675HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362
ENST00000354636ENST00000543006HMGA2chr1266232350+LPPchr3188426054+0.0001637610.9998362

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Fusion Genomic Features for HMGA2-LPP


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)
HMGA2chr1266232349+LPPchr3188426054+1.48E-060.99999857
HMGA2chr1266232349+LPPchr3188426054+1.48E-060.99999857

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.
genomic feature of top 1%

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Fusion Protein Features for HMGA2-LPP


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr12:66232350/chr3:188426054)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
HMGA2

P52926

LPP

Q93052

FUNCTION: Functions as a transcriptional regulator. Functions in cell cycle regulation through CCNA2. Plays an important role in chromosome condensation during the meiotic G2/M transition of spermatocytes. Plays a role in postnatal myogenesis, is involved in satellite cell activation (By similarity). Positively regulates IGF2 expression through PLAG1 and in a PLAG1-independent manner (PubMed:28796236). {ECO:0000250|UniProtKB:P52927, ECO:0000269|PubMed:14645522, ECO:0000269|PubMed:28796236}.FUNCTION: May play a structural role at sites of cell adhesion in maintaining cell shape and motility. In addition to these structural functions, it may also be implicated in signaling events and activation of gene transcription. May be involved in signal transduction from cell adhesion sites to the nucleus allowing successful integration of signals arising from soluble factors and cell-cell adhesion sites. Also suggested to serve as a scaffold protein upon which distinct protein complexes are assembled in the cytoplasm and in the nucleus. {ECO:0000269|PubMed:10637295}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000354636+3424_3483107.0DNA bindingNote=A.T hook 1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000354636+3444_5483107.0DNA bindingNote=A.T hook 2
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000354636+3471_8283107.0DNA bindingNote=A.T hook 3
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000393578+3424_348391.0DNA bindingNote=A.T hook 1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000393578+3444_548391.0DNA bindingNote=A.T hook 2
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000393578+3471_828391.0DNA bindingNote=A.T hook 3
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000403681+3524_3483110.0DNA bindingNote=A.T hook 1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000403681+3544_5483110.0DNA bindingNote=A.T hook 2
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000403681+3571_8283110.0DNA bindingNote=A.T hook 3
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000425208+3424_348393.0DNA bindingNote=A.T hook 1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000425208+3444_548393.0DNA bindingNote=A.T hook 2
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000425208+3471_828393.0DNA bindingNote=A.T hook 3
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST00000312675511414_473371613.0DomainLIM zinc-binding 1
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST00000312675511474_534371613.0DomainLIM zinc-binding 2
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST00000312675511535_603371613.0DomainLIM zinc-binding 3
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST00000543006511414_473371613.0DomainLIM zinc-binding 1
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST00000543006511474_534371613.0DomainLIM zinc-binding 2
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST00000543006511535_603371613.0DomainLIM zinc-binding 3

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST0000031267551141_370371613.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneLPPchr12:66232350chr3:188426054ENST0000054300651141_370371613.0Compositional biasNote=Pro-rich


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Fusion Gene Sequence for HMGA2-LPP


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>36843_36843_1_HMGA2-LPP_HMGA2_chr12_66232349_ENST00000354636_LPP_chr3_188426054_ENST00000312675_length(transcript)=17979nt_BP=1060nt
CTTGAATCTTGGGGCAGGAACTCAGAAAACTTCCAGCCCGGGCAGCGCGCGCTTGGTGCAAGACTCAGGAGCTAGCAGCCCGTCCCCCTC
CGACTCTCCGGTGCCGCCGCTGCCTGCTCCCGCCACCCTAGGAGGCGCGGTGCCACCCACTACTCTGTCCTCTGCCTGTGCTCCGTGCCC
GACCCTATCCCGGCGGAGTCTCCCCATCCTCCTTTGCTTTCCGACTGCCCAAGGCACTTTCAATCTCAATCTCTTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCAGGGTGGGGGGAAGAGGAGGAGGAATTCTTTCCCCGCCTAACATTTCA
AGGGACACAATTCACTCCAAGTCTCTTCCCTTTCCAAGCCGCTTCCGAAGTGCTCCCGGTGCCCGCAACTCCTGATCCCAACCCGCGAGA
GGAGCCTCTGCGACCTCAAAGCCTCTCTTCCTTCTCCCTCGCTTCCCTCCTCCTCTTGCTACCTCCACCTCCACCGCCACCTCCACCTCC
GGCACCCACCCACCGCCGCCGCCGCCACCGGCAGCGCCTCCTCCTCTCCTCCTCCTCCTCCCCTCTTCTCTTTTTGGCAGCCGCTGGACG
TCCGGTGTTGATGGTGGCAGCGGCGGCAGCCTAAGCAACAGCAGCCCTCGCAGCCCGCCAGCTCGCGCTCGCCCCGCCGGCGTCCCCAGC
CCTATCACCTCATCTCCCGAAAGGTGCTGGGCAGCTCCGGGGCGGTCGAGGCGAAGCGGCTGCAGCGGCGGTAGCGGCGGCGGGAGGCAG
GATGAGCGCACGCGGTGAGGGCGCGGGGCAGCCGTCCACTTCAGCCCAGGGACAACCTGCCGCCCCAGCGCCTCAGAAGAGAGGACGCGG
CCGCCCCAGGAAGCAGCAGCAAGAACCAACCGGTGAGCCCTCTCCTAAGAGACCCAGGGGAAGACCCAAAGGCAGCAAAAACAAGAGTCC
CTCTAAAGCAGCTCAAAAGAAAGCAGAAGCCACTGGAGAAAAACGGCCAAGAGGCAGACCTAGGAAATGGGGTGGCCATTCAGGGCAACT
GGGGCCTTCGTCAGTTGCCCCTTCATTCCGCCCAGAGGATGAGCTTGAGCACCTGACCAAAAAGATGCTGTATGACATGGAAAATCCACC
TGCTGACGAATACTTTGGCCGCTGTGCTCGCTGTGGAGAAAACGTAGTTGGGGAAGGTACAGGATGCACTGCCATGGATCAGGTCTTCCA
CGTGGATTGTTTTACCTGCATCATCTGCAACAACAAGCTCCGAGGGCAGCCATTCTATGCTGTGGAAAAGAAAGCATACTGCGAGCCCTG
CTACATTAATACTCTGGAGCAGTGCAATGTGTGTTCCAAGCCCATCATGGAGCGGATTCTCCGAGCCACCGGGAAGGCCTATCATCCTCA
CTGTTTCACCTGCGTGATGTGCCACCGCAGCCTGGATGGGATCCCATTCACTGTGGATGCTGGCGGGCTCATTCACTGCATTGAGGACTT
CCACAAGAAATTTGCCCCGCGATGTTCTGTGTGCAAGGAGCCTATTATGCCAGCCCCGGGCCAGGAGGAGACTGTCCGTATTGTGGCTTT
GGATCGAGATTTCCATGTTCACTGCTACCGATGCGAGGATTGCGGTGGTCTCCTGTCTGAAGGAGATAACCAAGGCTGCTACCCCTTGGA
TGGGCACATCCTCTGCAAGACCTGCAACTCTGCCCGCATCAGGGTGTTGACCGCCAAGGCGAGCACTGACCTTTAGATTCAGTCACCTGT
TCAGCCGGCACTGAGAAGAACGAACACAAGAAAAAGATAAGAAATACTAGAGTAAAGGCCATCAAACTACGCGATAGTCTCTGTTCTTCA
TCTGCTATTAACCTTGCCTTAGAAACACATAAATTATGAGATTTTTTTTAAAAGTTGTTACCAAATACACATTTCACATTGAATCATGTA
GGATCTTGATGGGCCTTTGTTCCCAAGGACTTCCACATTTTTGCACAGATTATGCTCCATCCCATTCACTTCTGCATTCCTGTAACTTTT
AATCCCTATGTTTGTCTCACTTTTCATCTGGTTGAATGGCTTTTCTTAGTGTGGTATTTGCTGTCACATAGTTTTTCCTGGGTGAGTCTG
CCAACTCACAGGTGCTTTTAGGCTTGAAATCTCCATCCTATCATTTCCGTTTTGCCTGTGACTGTAAAGAGTAGCCATTCTTTTCCCATG
TATTGAAGAGGATATTCTTCTCTTGCTTTATACTACTCACGTCCTTGGGGAGGGAAATGCACAATTTTTTTTTGTTAGGCTGTAAAGAAT
TTAAGCTGTAAATTACATAAGTTAGAACAAGCCCAAATTTAATTTGCAACCATCAGAATTCAGAATCTATAGTGACCAGTGATCAAGGCT
AATTGGAAAAGAGTTATCGGCCCATAGCTAATAAGTAGTGACAGACAACCAAGCTTCAATATTTTTCTAAAGAAATTACAGGTGGGATAT
GCTAGAAAAGGCATTTTGGGGTTATGTTTAAAAAAACATTATTGTCCCACAATATTACCTTAAGATTTTTCTTTTCCGCACTACCTGAAC
ATTGTAATACAGACAAACTTGATTTCTTCTAGAAGATAACATTTTCAATACTGTCCCACTTCTCATCTTAAAAATATTGTCATGTTTATT
CTAATATCCAACACAACTATCAAAATTGCCTTTTTCTCTAGAGGATGAAGGCTGTGAAAAAACCGTTCAAATTCTCTTCTTTTTCTTTTT
TATTACCAGGTCCATTTTGCCTGACAATTGCAAATCAGAGCATACAAAATAAAACTGTGCAGTTTTGTTTGGTTTACTTTCAAAAGAGTA
GAAAGCTTGAAAAGATTCTGAAACCACAGTTTCATTATTCTCATAATCCTTCTGCAACTGAAATTACATATTGCAGGAGACATTTTCATA
TCATCAATGTGACATTTACACCACACTTTCAAAGACAATCACTGAAACAAAAATTGTCTTTATGAGCTAAAAATATGCAGAATCTCTGCC
TAGAATCTTTATTCAAACTTTTATTAGCCAGTGAAACACTTGCTTGCCAACTGCCAAGCCATACTTATTAAGTTCGAACATGTTTCACTT
AAGGAGAGACACCTAGCTTAGTCATGGCAAGTTGCCATTTTGTAAACTAAGGATTTTGGACTGAGATTTCTTAAATCTTTCTTCAAATCT
CCCACAAGTATATACTTTTAAATTATGGAGTATTTTAAGTCTACAAAAAGGTATAAATAATAATATAATGAATTCCTATATACCTAATAC
CCAGTTTAAGACACCAAATATAACAAGTATAATTACATCCTCCAATGTACCGTTTCCTTATTCCACAGATATCTTTTTCATTATTGTGAA
GTGATGTTCAGATTTCTAGTTTTTTTTCTAGTTTTTAATTTTAACATCAGAACTGAAATAAAAAATTATGGATACGTGTTTTGAATTGCA
AACTATTCCTCAGGAATTCCAATTAAATTTATTTTACTTGAATAGGAATGATCATAAAAGTGATTCTTTTTTTGTGACTAGAAATTCTTA
AGCCGATGGTCACTATAGCTCATCCTTAATGTATGGCTCATTTGCTTTTGTCACTAAACGGTTTTGTGTTAGAACCACCAAAATTATAGC
TTTTAAGAGCTTCCTTTGACCACTGTCTTTTTCTTACCCTAGTTCTCTTATCTTTGATCGTATATTTCTCATAATGTGAAATATGATGAG
ATTCACTTAGGGGCAGCATGTTAGTTTTGGGAGGCAATGTCAACTGTGTCTCTGAATTCCTGTCTTCCAAATTGAAGCCAGACCATGCTG
ATGACCTCAAGTAGCACTGACTATTTGACAATAGGGCTGATAATGTAATCGGCTTGAATTTTGACTTAGTAACTTTTTATGTAATACTTT
CGGAGAAATTCTCTTTAGGACAAAGCAGAGAGTCCAATTTATTGAGGGATAGATTGTATCTCTTAAAGTGGTCATATTATTATTAATTTT
GCCAAAAGAAGAAGAATTTATTGAATATTTATACTATAAAATGCAGTAACATTCTACTTGCTTATTACATTTAAATCCTTGTGTAACTGA
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GCTTTATGGCATTGAAACATTTAGGGAAAAAAAAGATGTTTAAGAGAATTAATAGAGCCGTAGTCTGTATTAGGATGTGTGTCATATGTG
TGTTCTATAAACTAAGCATCGGTGGGTTTAGAGTGTTAAAGTGTCAGCACATTCCTTCTCCTTTTGTCTCTCAGGCTAACATGAGAGAAA
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AGATTTTAGCGCTGGAAAATGAGTTCAAAAATTTCAGTGTAATGTCATAAGGATGTTGGGATACAGAGATTTTTTTTTTCCTTGGAAACA
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AATGGACTGGGAAGAAACACAGCATGGCTTTGCTCTGAGTTTCAATCTGATGATTATGACCATGGAAGATAGTCTTATGTAAAGGTTAAA
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GTGCCAAAAATAGTTAAAGTGCCTTGGTCCTCCCTCTGTAGGCAGCAAATTGAAACTAACATGGGACCATGCCATCCTTCTAGCATAATG
GAGAAGTCTGAACTGAGGAGTATCTTTGATGAAAGACATTTAGGACCCTAGAAACTAAATCTTGTCACCAAGACTTTATAGTAAAGTAGT
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TTTATTAGGCAAAGTCAGAATATTTCCCCTCTGAAAATCTGAATTATGCCCTCATTCTTTTTCAAGAAATATCTCAAAGAGCAAATAGAA
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CTGAAACCTTTACAGTTGGATGTAGCGTTGAGCTTTTGCATGTTTTCTGTATAATAAACCACTTTTGTTTTGTTTGTTTTGTCTTTTAAC
CTACACCTTTATCATTACTCTAACAGATTTAGGGCTTCTCTTTCTCTACAGCTAAGTAAGGGAATATGTGCAATTATGAGACATACAAAA
AAGGAAAGGGAAAGGACTTTCTAAGTAGCAAATCTGTGCCATGAAGTAGATGTGGCGTGAAGATACAGAGCCTGAGGATAGTAATTTTCC
CTGAGCCACGCACACAGGCTTTTATTTCATGCCTTTTCTCTTTCTGTGCCGTCACCTTTGAGAAAAACGATTGCACCTTCTCCAAGTCTG
CCTTTTTAACAGCTACAGTTAAGTTGGCAAGACTTCCCCAGCTCTGAATATAGCCATTTGCCGACTCCGGCCTCTTTGCGAGACTGACTC
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CTGCCTTCAAAAAGTGCCTATTCTGAGCAACATAAACGTTATTCCTTACATATGTATGTACACACGGTACCCAGAGTCGTACTGTGCAGC
CTTCAAAAACATACCATCAGAAAGAGTAGGTGCTGAGATAAGGAAACTTTGCCAAATGAAAGAAAGTCACTCACTTCCAATATCCCCTCT
CAAGCGGCTACCGTGAAACGGGCTGCAAACACATTCCCTGAGCATCCCTTGCTGATACAGCTTCTTTATATTTATATCCTACTGGATGGT
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TGACTATATTAAAACCTGTTTTTCTATTTACCTTCTATCAGTTTTCTCTACCAATTATGTTTTTTCAATGCTCTATAAGAATGAATATGG

>36843_36843_28_HMGA2-LPP_HMGA2_chr12_66232350_ENST00000541363_LPP_chr3_188426054_ENST00000543006_length(amino acids)=324AA_BP=83
MSARGEGAGQPSTSAQGQPAAPAPQKRGRGRPRKQQQEPTGEPSPKRPRGRPKGSKNKSPSKAAQKKAEATGEKRPRGRPRKWGGHSGQL
GPSSVAPSFRPEDELEHLTKKMLYDMENPPADEYFGRCARCGENVVGEGTGCTAMDQVFHVDCFTCIICNNKLRGQPFYAVEKKAYCEPC
YINTLEQCNVCSKPIMERILRATGKAYHPHCFTCVMCHRSLDGIPFTVDAGGLIHCIEDFHKKFAPRCSVCKEPIMPAPGQEETVRIVAL

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Fusion Gene PPI Analysis for HMGA2-LPP


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000354636+3444_6383.0107.0E4F1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000393578+3444_6383.091.0E4F1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000403681+3544_6383.0110.0E4F1
HgeneHMGA2chr12:66232350chr3:188426054ENST00000425208+3444_6383.093.0E4F1


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for HMGA2-LPP


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for HMGA2-LPP


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource