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Fusion gene:MED23-RNF217 (FusionGDB2 ID:52706)

Fusion Gene Summary for MED23-RNF217

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: MED23-RNF217
Fusion gene ID: 52706
HgeneTgene
Gene symbol

MED23

RNF217

Gene ID

9439

154214

Gene namemediator complex subunit 23ring finger protein 217
SynonymsARC130|CRSP130|CRSP133|CRSP3|DRIP130|MRT18|SUR-2|SUR2C6orf172|IBRDC1|OSTL|dJ84N20.1
Cytomap

6q23.2

6q22.31

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionmediator of RNA polymerase II transcription subunit 23130 kDa transcriptional co-activator133 kDa transcriptional co-activatoractivator-recruited cofactor 130 kDa componentcofactor required for Sp1 transcriptional activation subunit 3mental retardatiprobable E3 ubiquitin-protein ligase RNF217IBR domain containing 1opposite STL
Modification date2020031320200313
UniProtAcc

Q9ULK4

.
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000354577, ENST00000368060, 
ENST00000368053, ENST00000368058, 
ENST00000368068, ENST00000403834, 
ENST00000479213, ENST00000539158, 
ENST00000540546, ENST00000545957, 
ENST00000454842, ENST00000359704, 
ENST00000368414, ENST00000275184, 
ENST00000521654, ENST00000560949, 
Fusion gene scores* DoF score6 X 8 X 4=1925 X 6 X 6=180
# samples 911
** MAII scorelog2(9/192*10)=-1.09310940439148
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(11/180*10)=-0.710493382805015
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: MED23 [Title/Abstract] AND RNF217 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointMED23(131908849)-RNF217(125366357), # samples:3
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneMED23

GO:0006355

regulation of transcription, DNA-templated

9989412


check buttonFusion gene breakpoints across MED23 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across RNF217 (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4LUSCTCGA-NC-A5HH-01AMED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
ChimerDB4LUSCTCGA-NC-A5HHMED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
ChimerDB4LUSCTCGA-NC-A5HHMED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+


Top

Fusion Gene ORF analysis for MED23-RNF217

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-3UTRENST00000354577ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-3UTRENST00000354577ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-3UTRENST00000368060ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-3UTRENST00000368060ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-5UTRENST00000354577ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-5UTRENST00000354577ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-5UTRENST00000354577ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-5UTRENST00000354577ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-5UTRENST00000368060ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-5UTRENST00000368060ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-5UTRENST00000368060ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-5UTRENST00000368060ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-intronENST00000354577ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-intronENST00000354577ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
5CDS-intronENST00000368060ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
5CDS-intronENST00000368060ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
In-frameENST00000354577ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
In-frameENST00000354577ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
In-frameENST00000354577ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
In-frameENST00000354577ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
In-frameENST00000368060ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
In-frameENST00000368060ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
In-frameENST00000368060ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
In-frameENST00000368060ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000368053ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000368053ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000368053ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000368053ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000368058ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000368058ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000368058ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000368058ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000368068ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000368068ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000368068ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000368068ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000403834ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000403834ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000403834ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000403834ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000479213ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000479213ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000479213ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000479213ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000539158ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000539158ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000539158ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000539158ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000540546ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000540546ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000540546ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000540546ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000545957ENST00000521654MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000545957ENST00000521654MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3CDSENST00000545957ENST00000560949MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3CDSENST00000545957ENST00000560949MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000368053ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000368053ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000368058ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000368058ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000368068ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000368068ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000403834ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000403834ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000479213ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000479213ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000539158ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000539158ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000540546ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000540546ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-3UTRENST00000545957ENST00000454842MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-3UTRENST00000545957ENST00000454842MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000368053ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000368053ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000368053ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000368053ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000368058ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000368058ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000368058ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000368058ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000368068ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000368068ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000368068ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000368068ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000403834ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000403834ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000403834ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000403834ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000479213ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000479213ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000479213ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000479213ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000539158ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000539158ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000539158ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000539158ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000540546ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000540546ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000540546ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000540546ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000545957ENST00000359704MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000545957ENST00000359704MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-5UTRENST00000545957ENST00000368414MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-5UTRENST00000545957ENST00000368414MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000368053ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000368053ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000368058ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000368058ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000368068ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000368068ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000403834ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000403834ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000479213ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000479213ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000539158ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000539158ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000540546ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000540546ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+
intron-intronENST00000545957ENST00000275184MED23chr6

131908849

-RNF217chr6

125366357

+
intron-intronENST00000545957ENST00000275184MED23chr6

131908848

-RNF217chr6

125366356

+

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000354577MED23chr6131908849-ENST00000521654RNF217chr6125366357+14694425115649971613
ENST00000354577MED23chr6131908849-ENST00000560949RNF217chr6125366357+5779425115649971613
ENST00000368060MED23chr6131908849-ENST00000521654RNF217chr6125366357+14700425718050031607
ENST00000368060MED23chr6131908849-ENST00000560949RNF217chr6125366357+5785425718050031607
ENST00000354577MED23chr6131908848-ENST00000521654RNF217chr6125366356+14694425115649971613
ENST00000354577MED23chr6131908848-ENST00000560949RNF217chr6125366356+5779425115649971613
ENST00000368060MED23chr6131908848-ENST00000521654RNF217chr6125366356+14700425718050031607
ENST00000368060MED23chr6131908848-ENST00000560949RNF217chr6125366356+5785425718050031607

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000354577ENST00000521654MED23chr6131908849-RNF217chr6125366357+0.0001580890.9998419
ENST00000354577ENST00000560949MED23chr6131908849-RNF217chr6125366357+0.0005975040.9994025
ENST00000368060ENST00000521654MED23chr6131908849-RNF217chr6125366357+0.0001642630.9998357
ENST00000368060ENST00000560949MED23chr6131908849-RNF217chr6125366357+0.0005956060.99940443
ENST00000354577ENST00000521654MED23chr6131908848-RNF217chr6125366356+0.0001580890.9998419
ENST00000354577ENST00000560949MED23chr6131908848-RNF217chr6125366356+0.0005975040.9994025
ENST00000368060ENST00000521654MED23chr6131908848-RNF217chr6125366356+0.0001642630.9998357
ENST00000368060ENST00000560949MED23chr6131908848-RNF217chr6125366356+0.0005956060.99940443

Top

Fusion Genomic Features for MED23-RNF217


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.
genomic feature of top 1%

Top

Fusion Protein Features for MED23-RNF217


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr6:131908849/chr6:125366357)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
MED23

Q9ULK4

.
FUNCTION: Required for transcriptional activation subsequent to the assembly of the pre-initiation complex (By similarity). Component of the Mediator complex, a coactivator involved in the regulated transcription of nearly all RNA polymerase II-dependent genes. Mediator functions as a bridge to convey information from gene-specific regulatory proteins to the basal RNA polymerase II transcription machinery. Mediator is recruited to promoters by direct interactions with regulatory proteins and serves as a scaffold for the assembly of a functional pre-initiation complex with RNA polymerase II and the general transcription factors. Required for transcriptional activation by adenovirus E1A protein. Required for ELK1-dependent transcriptional activation in response to activated Ras signaling. {ECO:0000250, ECO:0000269|PubMed:10353252, ECO:0000269|PubMed:14759369, ECO:0000269|PubMed:16595664}.FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneRNF217chr6:131908848chr6:125366356ENST0000035970429259_4782276.0RegionTRIAD supradomain
TgeneRNF217chr6:131908849chr6:125366357ENST0000035970429259_4782276.0RegionTRIAD supradomain
TgeneRNF217chr6:131908848chr6:125366356ENST0000035970429503_5232276.0TransmembraneHelical
TgeneRNF217chr6:131908849chr6:125366357ENST0000035970429503_5232276.0TransmembraneHelical
TgeneRNF217chr6:131908848chr6:125366356ENST0000035970429263_3092276.0Zinc fingerRING-type 1
TgeneRNF217chr6:131908848chr6:125366356ENST0000035970429328_3962276.0Zinc fingerIBR-type
TgeneRNF217chr6:131908848chr6:125366356ENST0000035970429423_4522276.0Zinc fingerRING-type 2%3B atypical
TgeneRNF217chr6:131908849chr6:125366357ENST0000035970429263_3092276.0Zinc fingerRING-type 1
TgeneRNF217chr6:131908849chr6:125366357ENST0000035970429328_3962276.0Zinc fingerIBR-type
TgeneRNF217chr6:131908849chr6:125366357ENST0000035970429423_4522276.0Zinc fingerRING-type 2%3B atypical

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note


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Fusion Gene Sequence for MED23-RNF217


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>52706_52706_1_MED23-RNF217_MED23_chr6_131908848_ENST00000354577_RNF217_chr6_125366356_ENST00000521654_length(transcript)=14694nt_BP=4251nt
GAGGGAACGCTCCAGGTAAAGCGCTGGGGGAGGAAGCGACGCCGAGGAGCTACGGTTTCCTCCAGAGGTCTCCGCCCCTCTGCCCCTATA
TTCCCAGAGCTCGAGTCTGATCCGGGCCTTGCCGGGCACCCTGGAAAGGCGGGGGTGATAGTACAGATGGAGACGCAACTGCAGAGCATT
TTCGAAGAGGTGGTGAAAACGGAAGTTATAGAAGAGGCTTTTCCTGGCATGTTTATGGATACTCCTGAAGATGAGAAAACAAAACTAATT
AGCTGTTTGGGGGCCTTCAGACAGTTTTGGGGTGGTCTTTCTCAGGAGTCTCATGAACAGTGTATCCAGTGGATTGTTAAGTTTATTCAT
GGTCAGCATAGTCCTAAAAGAATTTCTTTTCTTTATGACTGCTTAGCAATGGCAGTTGAGACTGGTCTCCTTCCACCCAGGCTGGTTTGT
GAATCCCTGATAAACTCTGACACTCTTGAGTGGGAAAGAACACAGCTTTGGGCCTTAACATTTAAACTGGTTCGGAAAATAATTGGGGGA
GTGGATTACAAGGGTGTTCGAGATCTCTTAAAAGTGATTTTGGAGAAGATTTTGACAATTCCTAATACAGTGAGCTCTGCTGTTGTACAG
CAGCTTCTGGCAGCAAGAGAGGTTATAGCATATATCTTGGAAAGAAATGCCTGCTTATTACCAGCCTATTTTGCAGTCACTGAGATCAGG
AAACTGTATCCTGAAGGCAAACTTCCACACTGGTTACTTGGAAACCTAGTATCAGACTTTGTGGATACCTTCAGGCCCACAGCAAGGATA
AACTCCATTTGTGGTCGCTGTAGTCTTCTGCCAGTTGTAAATAATTCGGGTGCCATTTGTAATTCATGGAAACTGGATCCTGCTACTCTT
CGTTTTCCTTTGAAAGGCCTTTTGCCATATGATAAGGATCTGTTTGAACCACAGACTGCTTTGTTGAGATATGTATTGGAGCAGCCTTAT
TCCAGGGATATGGTCTGCAATATGCTAGGTTTAAATAAGCAGACCTTGAACATTGCTCAGCACAAGCAGCGCTGCCCTGTGCTGGAGGAC
CAGTTGGTGGATCTGGTTGTTTATGCCATGGAGCGATCTGAGACCGAGGAGAAGTTTGACGATGGGGGAACAAGCCAACTCCTGTGGCAG
CATCTCTCAAGTCAGCTCATTTTCTTTGTGCTTTTCCAGTTTGCAAGTTTTCCACATATGGTGCTTTCTCTTCATCAGAAGTTAGCAGGG
CGAGGACTGATTAAAGGCAGAGATCATCTTATGTGGGTTCTCCTGCAATTCATTTCTGGAAGTATTCAGAAAAATGCACTAGCTGATTTT
CTCCCTGTGATGAAGCTCTTCGACTTGCTATACCCAGAAAAAGAATATATCCCAGTTCCTGATATTAACAAACCCCAGTCAACCCATGCC
TTTGCAATGACCTGTATTTGGATTCATCTCAATAGAAAAGCTCAAAATGACAACTCCAAGCTACAGATTCCAATACCTCATTCCCTAAGA
CTTCACCATGAGTTCCTGCAGCAGAGTCTAAGAAATAAAAGTTTACAGATGAATGACTATAAGATTGCTCTATTGTGTAATGCATACTCT
ACAAATTCAGAATGTTTTACATTACCCATGGGAGCTCTGGTAGAAACTATTTATGGAAATGGAATTATGAGGATACCTCTCCCTGGAACA
AACTGTATGGCTTCAGGATCTATTACCCCCTTACCTATGAACCTCCTGGATTCACTGACAGTTCATGCCAAAATGAGCCTTATTCACAGC
ATTGCAACCAGGGTGATAAAACTTGCTCATGCAAAGTCCAGTGTGGCCTTGGCTCCAGCCCTAGTGGAAACTTACAGTCGTTTATTGGTC
TATATGGAAATAGAGTCTTTGGGCATCAAAGGATTTATCAGTCAGCTTTTGCCAACTGTTTTCAAATCACATGCATGGGGGATCTTACAC
ACACTCCTTGAGATGTTTAGCTACCGGATGCATCATATTCAGCCTCATTACAGAGTTCAGCTCCTGAGTCATCTTCATACTTTGGCTGCA
GTTGCACAAACAAACCAGAACCAGCTCCATCTTTGTGTCGAGAGCACTGCTCTCAGGCTTATAACAGCATTAGGTAGCTCAGAGGTACAA
CCGCAGTTTACACGCTTCCTTAGTGATCCCAAAACAGTGCTCTCAGCAGAATCTGAAGAACTGAACCGAGCCTTGATATTGACCTTGGCT
AGAGCAACTCATGTAACAGATTTTTTTACAGGCTCTGATTCAATTCAGGGAACTTGGTGTAAAGACATACTTCAGACCATCATGAGTTTC
ACTCCTCATAATTGGGCTTCACACACCCTGAGCTGTTTTCCAGGCCCACTACAGGCATTCTTCAAACAAAATAATGTGCCTCAGGAAAGC
CGTTTTAATCTGAAAAAAAATGTGGAGGAGGAGTATAGGAAGTGGAAGTCAATGAGCAACGAAAACGACATTATTACCCACTTCTCTATG
CAGGGCTCCCCTCCTCTCTTTCTTTGTCTTCTCTGGAAAATGCTCTTGGAAACAGATCATATTAATCAGATTGGCTATAGAGTATTAGAG
AGAATTGGAGCCAGGGCCTTGGTAGCCCATGTGAGGACATTTGCAGATTTCCTGGTATATGAGTTTTCTACATCAGCAGGGGGTCAGCAA
CTCAATAAATGCATTGAAATTCTTAATGACATGGTATGGAAGTATAACATTGTTACACTGGACAGATTAATTCTCTGCCTGGCCATGCGT
AGTCACGAAGGAAATGAAGCCCAGGTTTGTTATTTCATAATTCAGTTGCTGTTACTCAAACCAAACGATTTTAGAAATCGAGTAAGTGAC
TTTGTGAAGGAAAATTCCCCAGAGCACTGGTTACAGAATGACTGGCACACCAAGCACATGAATTATCACAAGAAATATCCAGAGAAGTTG
TATTTTGAGGGCCTCGCGGAACAGGTGGATCCTCCTGTACAGATCCAGTCTCCCTATCTGCCCATCTATTTTGGGAATGTGTGTCTTCGA
TTCCTTCCAGTATTTGATATAGTAATCCACAGATTTTTAGAGTTGCTTCCGGTATCCAAATCACTGGAGACTCTACTGGATCATCTAGGA
GGCTTATATAAATTTCATGATCGTCCAGTGACTTATCTGTATAACACTCTGCACTATTATGAAATGCACCTGAGAGACCGCGCATTTCTC
AAACGAAAACTCGTCCATGCGATCATTGGCTCTCTGAAGGATAATCGACCGCAGGGCTGGTGTCTAAGTGACACTTACCTGAAATGCGCT
ATGAATGCACGAGAGGAAAATCCTTGGGTTCCAGATGACACCTACTATTGCAGATTGATTGGCAGACTAGTCGATACGATGGCTGGCAAA
TCTCCTGGTCCCTTTCCAAACTGTGACTGGAGATTCAATGAGTTTCCCAACCCAGCTGCCCATGCTCTCCATGTTACTTGTGTGGAGCTC
ATGGCCTTGGCAGTTTCAGGCAAAGAAGTTGGGAATGCCCTTCTAAATGTTGTCCTAAAAAGTCAGCCTTTAGTGCCAAGAGAGAACATT
ACAGCATGGATGAATGCAATTGGTTTGATCATCACTGCCCTACCAGAGCCATATTGGATTGTTCTTCATGATCGAATTGTGAGTGTCATC
AGCAGCCCCAGCTTGACGTCTGAAACAGAGTGGGTTGGCTATCCATTCCGCCTCTTTGATTTCACTGCCTGTCATCAGTCCTACTCTGAG
ATGAGTTGTAGCTATACGTTAGCTCTTGCACATGCTGTGTGGCACCATTCTAGCATCGGACAACTTTCTCTCATTCCAAAGTTTCTTACT
GAAGTACTTCTTCCTATAGTGAAGACCGAATTCCAGTTGCTTTATGTATACCATCTTGTTGGACCATTTTTACAAAGATTTCAGCAAGAG
AGAACTCGTTGTATGATAGAGATTGGTGTGGCGTTTTATGACATGCTGCTGAATGTTGACCAGTGTAGCACCCATTTAAATTACATGGAT
CCCATCTGTGACTTCCTCTATCACATGAAGTATATGTTTACTGGTGACAGCGTGAAAGAGCAAGTAGAGAAGATTATCTGTAACTTAAAA
CCAGCTTTAAAACTTCGTCTTCGATTCATCACACACATTAGCAAGATGGAGCCAGCTGCAGTGCCTCCACAAGCCATGAACAGTGGGTCT
CCAGCACCTCAGTCTAATCAGGTACAACTTGGCCAAGTAGAAATCAAATGCCCCATCACAGAGTGTTTTGAATTCTTGGAAGAAACAACT
GTTGTCTATAACTTAACGCATGAAGACTCCATCAAGTATAAGTACTTCTTGGAACTTGGCCGTATTGATTCCAGCACCAAGCCATGTCCT
CAGTGCAAGCACTTTACAACCTTCAAGAAAAAAGGACATATTCCCACCCCTTCCAGATCAGAAAGCAAATACAAAATCCAGTGCCCTACC
TGCCAATTCGTCTGGTGTTTTAAGTGCCACTCTCCTTGGCATGAAGGTGTTAACTGCAAGGAGTACAAAAAAGGAGACAAATTGTTGCGT
CACTGGGCCAGCGAAATTGAGCATGGGCAGAGGAATGCCCAGAAGTGTCCAAAGTGCAAGATCCACATCCAGCGAACTGAAGGATGTGAC
CATATGACCTGCTCACAATGTAACACTAATTTTTGTTACCGATGTGGTGAGAGATACCGCCAGCTCCGATTTTTTGGAGACCACACATCA
AACCTCAGTATATTTGGATGCAAATATCGCTACCTCCCAGAGAGACCTCATTTAAGGAGATTAGTGCGAGGGTCAGTCTGTGCTGGAAAA
TTATTCATTGCACCTCTAATTATGGTTTTGGGATTGGCACTAGGGGCCATAGCGGTTGTAATCGGTTTATTTGTATTTCCTATCTATTGC
CTTTGTAAAAAACAGAGAAAACGATCACGGACAGGTATGCACTGGTAACATGCAGATGATTTCATCCAGCTAAGCTGGTTGGAGTAGGAG
CGATACCAAAGGGTACACCCATCTGTGAGTCACATCTTGAAAAACACTGAGAGGAACCTTCTACCATCTCATCTCCCAGTGATTCTCCGT
GGGCCACAATGCCTCTAGCTATGGTGCACTCCCAACATGGTATCCTGTCCTTTCCCTAAACAAATTGCTGCTGCTTTTAAAAAATGGTCA
CTTTCATAAACTATAAACATCTATATCATAACTCTGACCTTTGTGGTTCTTGGAAGAAGATATTTTAAGAACCAGTTATCCTAAGAATTC
TGAGCACGCCTCTTCTGAGAATTGCTTGGACTGTCTTTGAACTCTGCACCTCCTTCCAGGCCATCTTGTGAGACTTGGTGTTAATAGCTG
AAGTCCTATCTGTACCAACAAGCAAGGCCACTTTTCAGAAGATAAGAGTTCACTGAATGCACCTATTATAATCTGTGGCCCCAGCAGTAT
AATTCTTTTATCTTTCAAATGTTATAATTGCAAAAAATCTCAATGTCCAAAAGGGAATGAGTGAAACTAAATTAATGAGAAGAATATTAA
GTTACTGAAGTGTATATGCGTAGGGGCGTGAATGTGTGTGTATATAAATATGTATTAAAACTAGGCCCAGTAACCTTGTACTTACCCAGT
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AATGATATTGGAAAATATTTATGCAATTTTATTTTTTAACCTTTTCTCCATTTCATTAGTTATACTATTAACTTTGATAATCACAAAACT
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ACCTTCAGGCCCACAGCAAGGATAAACTCCATTTGTGGTCGCTGTAGTCTTCTGCCAGTTGTAAATAATTCGGGTGCCATTTGTAATTCA
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CACAGCATTGCAACCAGGGTGATAAAACTTGCTCATGCAAAGTCCAGTGTGGCCTTGGCTCCAGCCCTAGTGGAAACTTACAGTCGTTTA
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AGTTTCACTCCTCATAATTGGGCTTCACACACCCTGAGCTGTTTTCCAGGCCCACTACAGGCATTCTTCAAACAAAATAATGTGCCTCAG
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TGCGCTATGAATGCACGAGAGGAAAATCCTTGGGTTCCAGATGACACCTACTATTGCAGATTGATTGGCAGACTAGTCGATACGATGGCT
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ATGGATCCCATCTGTGACTTCCTCTATCACATGAAGTATATGTTTACTGGTGACAGCGTGAAAGAGCAAGTAGAGAAGATTATCTGTAAC
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GGGTCTCCAGCACCTCAGTCTAATCAGGTACAACTTGGCCAAGTAGAAATCAAATGCCCCATCACAGAGTGTTTTGAATTCTTGGAAGAA
ACAACTGTTGTCTATAACTTAACGCATGAAGACTCCATCAAGTATAAGTACTTCTTGGAACTTGGCCGTATTGATTCCAGCACCAAGCCA
TGTCCTCAGTGCAAGCACTTTACAACCTTCAAGAAAAAAGGACATATTCCCACCCCTTCCAGATCAGAAAGCAAATACAAAATCCAGTGC
CCTACCTGCCAATTCGTCTGGTGTTTTAAGTGCCACTCTCCTTGGCATGAAGGTGTTAACTGCAAGGAGTACAAAAAAGGAGACAAATTG
TTGCGTCACTGGGCCAGCGAAATTGAGCATGGGCAGAGGAATGCCCAGAAGTGTCCAAAGTGCAAGATCCACATCCAGCGAACTGAAGGA
TGTGACCATATGACCTGCTCACAATGTAACACTAATTTTTGTTACCGATGTGGTGAGAGATACCGCCAGCTCCGATTTTTTGGAGACCAC
ACATCAAACCTCAGTATATTTGGATGCAAATATCGCTACCTCCCAGAGAGACCTCATTTAAGGAGATTAGTGCGAGGGTCAGTCTGTGCT
GGAAAATTATTCATTGCACCTCTAATTATGGTTTTGGGATTGGCACTAGGGGCCATAGCGGTTGTAATCGGTTTATTTGTATTTCCTATC
TATTGCCTTTGTAAAAAACAGAGAAAACGATCACGGACAGGTATGCACTGGTAACATGCAGATGATTTCATCCAGCTAAGCTGGTTGGAG
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TAGCTGAAGTCCTATCTGTACCAACAAGCAAGGCCACTTTTCAGAAGATAAGAGTTCACTGAATGCACCTATTATAATCTGTGGCCCCAG
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CGAGGACTGATTAAAGGCAGAGATCATCTTATGTGGGTTCTCCTGCAATTCATTTCTGGAAGTATTCAGAAAAATGCACTAGCTGATTTT
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GTTACTGAAGTGTATATGCGTAGGGGCGTGAATGTGTGTGTATATAAATATGTATTAAAACTAGGCCCAGTAACCTTGTACTTACCCAGT
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>52706_52706_8_MED23-RNF217_MED23_chr6_131908849_ENST00000368060_RNF217_chr6_125366357_ENST00000560949_length(amino acids)=1607AA_BP=1353
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Fusion Gene PPI Analysis for MED23-RNF217


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for MED23-RNF217


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for MED23-RNF217


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource