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Fusion gene:MUC1-FAM189B (FusionGDB2 ID:56003)

Fusion Gene Summary for MUC1-FAM189B

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: MUC1-FAM189B
Fusion gene ID: 56003
HgeneTgene
Gene symbol

MUC1

FAM189B

Gene ID

4582

10712

Gene namemucin 1, cell surface associatedfamily with sequence similarity 189 member B
SynonymsADMCKD|ADMCKD1|CA 15-3|CD227|EMA|H23AG|KL-6|MAM6|MCD|MCKD|MCKD1|MUC-1|MUC-1/SEC|MUC-1/X|MUC1/ZD|PEM|PEMT|PUMC1orf2|COTE1
Cytomap

1q22

1q22

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionmucin-1H23 antigenbreast carcinoma-associated antigen DF3cancer antigen 15-3carcinoma-associated mucinepisialinkrebs von den Lungen-6mucin 1, transmembranepeanut-reactive urinary mucinpolymorphic epithelial mucintumor associated epithelial mucinprotein FAM189B
Modification date2020032720200313
UniProtAcc

P15941

.
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000337604, ENST00000338684, 
ENST00000342482, ENST00000343256, 
ENST00000368389, ENST00000368390, 
ENST00000368392, ENST00000368393, 
ENST00000368396, ENST00000368398, 
ENST00000438413, ENST00000457295, 
ENST00000462215, ENST00000368395, 
ENST00000472550, ENST00000350210, 
ENST00000361361, ENST00000368368, 
Fusion gene scores* DoF score7 X 8 X 3=1682 X 2 X 2=8
# samples 92
** MAII scorelog2(9/168*10)=-0.900464326449086
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
log2(2/8*10)=1.32192809488736
Context

PubMed: MUC1 [Title/Abstract] AND FAM189B [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointMUC1(155161974)-FAM189B(155220955), # samples:2
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneMUC1

GO:0006977

DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest

15710329

HgeneMUC1

GO:0006978

DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator

15710329

HgeneMUC1

GO:0010944

negative regulation of transcription by competitive promoter binding

15710329

HgeneMUC1

GO:0033629

negative regulation of cell adhesion mediated by integrin

7698991

HgeneMUC1

GO:0036003

positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to stress

15710329

HgeneMUC1

GO:0043618

regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to stress

15710329

HgeneMUC1

GO:0090240

positive regulation of histone H4 acetylation

15710329

HgeneMUC1

GO:1902166

negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator

15710329


check buttonFusion gene breakpoints across MUC1 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across FAM189B (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4UCECTCGA-A5-A3LP-01AMUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-


Top

Fusion Gene ORF analysis for MUC1-FAM189B

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-5UTRENST00000337604ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000338684ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000342482ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000343256ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000368389ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000368390ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000368392ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000368393ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000368396ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000368398ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000438413ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5CDS-5UTRENST00000457295ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5UTR-3CDSENST00000462215ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5UTR-3CDSENST00000462215ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5UTR-3CDSENST00000462215ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
5UTR-5UTRENST00000462215ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000337604ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000337604ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000337604ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000338684ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000338684ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000338684ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000342482ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000342482ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000342482ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000343256ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000343256ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000343256ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368389ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368389ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368389ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368390ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368390ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368390ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368392ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368392ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368392ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368393ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368393ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368393ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368396ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368396ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368396ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368398ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368398ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000368398ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000438413ENST00000350210MUC1chr1

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-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000438413ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000438413ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000457295ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000457295ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
In-frameENST00000457295ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
intron-3CDSENST00000368395ENST00000350210MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
intron-3CDSENST00000368395ENST00000361361MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
intron-3CDSENST00000368395ENST00000368368MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-
intron-5UTRENST00000368395ENST00000472550MUC1chr1

155161974

-FAM189Bchr1

155220955

-

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)
BP loci
(transcript)
Predicted start
(transcript)
Predicted stop
(transcript)
Seq length
(amino acids)

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score

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Fusion Genomic Features for MUC1-FAM189B


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

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Fusion Protein Features for MUC1-FAM189B


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr1:155161974/chr1:155220955)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
MUC1

P15941

.
FUNCTION: The alpha subunit has cell adhesive properties. Can act both as an adhesion and an anti-adhesion protein. May provide a protective layer on epithelial cells against bacterial and enzyme attack.; FUNCTION: The beta subunit contains a C-terminal domain which is involved in cell signaling, through phosphorylations and protein-protein interactions. Modulates signaling in ERK, SRC and NF-kappa-B pathways. In activated T-cells, influences directly or indirectly the Ras/MAPK pathway. Promotes tumor progression. Regulates TP53-mediated transcription and determines cell fate in the genotoxic stress response. Binds, together with KLF4, the PE21 promoter element of TP53 and represses TP53 activity.FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneFAM189Bchr1:155161974chr1:155220955ENST0000035021039243_249202573.0Compositional biasNote=Poly-Pro
TgeneFAM189Bchr1:155161974chr1:155220955ENST0000035021039634_638202573.0Compositional biasNote=Poly-Ser
TgeneFAM189Bchr1:155161974chr1:155220955ENST00000361361612634_638298669.0Compositional biasNote=Poly-Ser
TgeneFAM189Bchr1:155161974chr1:155220955ENST00000368368511634_638280651.0Compositional biasNote=Poly-Ser

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000337604-281039_114853274.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000338684-271039_114862225.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000342482-251039_114862167.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000343256-271039_114853204.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368389-251039_114853169.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368390-281039_114853256.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368392-281039_114862265.0DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368393-271039_114853266.6666666666667DomainSEA
HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368396-251039_114862160.0DomainSEA
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Fusion Gene Sequence for MUC1-FAM189B


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.

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Fusion Gene PPI Analysis for MUC1-FAM189B


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with
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HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368389-251192_122853.0169.0P53
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HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368392-281192_122862.0265.0P53
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HgeneMUC1chr1:155161974chr1:155220955ENST00000368398-271192_122853.0231.0P53
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check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for MUC1-FAM189B


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for MUC1-FAM189B


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource