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Fusion gene:APP-ABI1 (FusionGDB2 ID:5646)

Fusion Gene Summary for APP-ABI1

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: APP-ABI1
Fusion gene ID: 5646
HgeneTgene
Gene symbol

APP

ABI1

Gene ID

351

10006

Gene nameamyloid beta precursor proteinabl interactor 1
SynonymsAAA|ABETA|ABPP|AD1|APPI|CTFgamma|CVAP|PN-II|PN2|preA4ABI-1|ABLBP4|E3B1|NAP1BP|SSH3BP|SSH3BP1
Cytomap

21q21.3

10p12.1

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionamyloid-beta precursor proteinalzheimer disease amyloid proteinamyloid beta (A4) precursor proteinamyloid beta A4 proteinamyloid precursor proteinbeta-amyloid peptidebeta-amyloid peptide(1-40)beta-amyloid peptide(1-42)beta-amyloid precursor proteiabl interactor 1Abelson interactor 1Abl-interactor protein 1 longabl-binding protein 4eps8 SH3 domain-binding proteininteractor protein AblBP4nap1 binding proteinspectrin SH3 domain-binding protein 1
Modification date2020032920200327
UniProtAcc

P05067

Q8IZP0

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000346798, ENST00000348990, 
ENST00000354192, ENST00000357903, 
ENST00000358918, ENST00000359726, 
ENST00000439274, ENST00000474136, 
ENST00000440126, ENST00000448388, 
ENST00000473481, ENST00000346832, 
ENST00000376134, ENST00000376137, 
ENST00000376140, ENST00000490841, 
ENST00000536334, ENST00000355394, 
ENST00000359188, ENST00000376138, 
ENST00000376139, ENST00000376142, 
ENST00000376160, ENST00000376166, 
ENST00000376170, 
Fusion gene scores* DoF score31 X 25 X 12=930014 X 8 X 5=560
# samples 3313
** MAII scorelog2(33/9300*10)=-4.81669278663694
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(13/560*10)=-2.10691520391651
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: APP [Title/Abstract] AND ABI1 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointAPP(27542882)-ABI1(27066170), # samples:1
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneAPP

GO:0001934

positive regulation of protein phosphorylation

11404397

HgeneAPP

GO:0008285

negative regulation of cell proliferation

22944668

HgeneAPP

GO:1905606

regulation of presynapse assembly

19726636

TgeneABI1

GO:0018108

peptidyl-tyrosine phosphorylation

17101133


check buttonFusion gene breakpoints across APP (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across ABI1 (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4STADTCGA-CD-8525-01AAPPchr21

27542882

-ABI1chr10

27066170

-


Top

Fusion Gene ORF analysis for APP-ABI1

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-5UTRENST00000346798ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-5UTRENST00000348990ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-5UTRENST00000354192ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-5UTRENST00000357903ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-5UTRENST00000358918ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-5UTRENST00000359726ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-5UTRENST00000439274ENST00000473481APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000346798ENST00000346832APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000346798ENST00000376134APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000346798ENST00000376137APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000346798ENST00000376140APPchr21

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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000346798ENST00000536334APPchr21

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000348990ENST00000376134APPchr21

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000348990ENST00000376140APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000348990ENST00000490841APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000348990ENST00000536334APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000354192ENST00000346832APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000354192ENST00000376134APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000354192ENST00000376137APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000354192ENST00000376140APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000354192ENST00000490841APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000354192ENST00000536334APPchr21

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000357903ENST00000346832APPchr21

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000357903ENST00000376137APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000357903ENST00000376140APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000357903ENST00000490841APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000357903ENST00000536334APPchr21

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000358918ENST00000376134APPchr21

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000358918ENST00000376140APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000358918ENST00000490841APPchr21

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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000358918ENST00000536334APPchr21

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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
5CDS-intronENST00000359726ENST00000376137APPchr21

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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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5CDS-intronENST00000359726ENST00000490841APPchr21

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-
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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-ABI1chr10

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-

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000376170ABI1chr1027066170-313991341161375
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000359188ABI1chr1027066170-322691341248404
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000376142ABI1chr1027066170-331091341332432
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000376139ABI1chr1027066170-321491341236400
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000376160ABI1chr1027066170-321191341233399
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000376166ABI1chr1027066170-312491341146370
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000376138ABI1chr1027066170-314291341164376
ENST00000346798APPchr2127542882-ENST00000355394ABI1chr1027066170-331091341335433
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000376170ABI1chr1027066170-32321841271254375
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000359188ABI1chr1027066170-33191841271341404
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000376142ABI1chr1027066170-34031841271425432
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000376139ABI1chr1027066170-33071841271329400
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000376160ABI1chr1027066170-33041841271326399
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000376166ABI1chr1027066170-32171841271239370
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000376138ABI1chr1027066170-32351841271257376
ENST00000354192APPchr2127542882-ENST00000355394ABI1chr1027066170-34031841271428433
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000376170ABI1chr1027066170-32522041471274375
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000359188ABI1chr1027066170-33392041471361404
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000376142ABI1chr1027066170-34232041471445432
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000376139ABI1chr1027066170-33272041471349400
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000376160ABI1chr1027066170-33242041471346399
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000376166ABI1chr1027066170-32372041471259370
ENST00000348990APPchr2127542882-ENST00000376138ABI1chr1027066170-32552041471277376
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ENST00000357903APPchr2127542882-ENST00000376170ABI1chr1027066170-32722241671294375
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ENST00000359726APPchr2127542882-ENST00000359188ABI1chr1027066170-33922572001414404
ENST00000359726APPchr2127542882-ENST00000376142ABI1chr1027066170-34762572001498432
ENST00000359726APPchr2127542882-ENST00000376139ABI1chr1027066170-33802572001402400
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ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000376170ABI1chr1027066170-313991341161375
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000359188ABI1chr1027066170-322691341248404
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000376142ABI1chr1027066170-331091341332432
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000376139ABI1chr1027066170-321491341236400
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000376160ABI1chr1027066170-321191341233399
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000376166ABI1chr1027066170-312491341146370
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000376138ABI1chr1027066170-314291341164376
ENST00000439274APPchr2127542882-ENST00000355394ABI1chr1027066170-331091341335433

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
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ENST00000346798ENST00000359188APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-4.20E-050.99995804
ENST00000346798ENST00000376142APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-6.10E-050.99993896
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ENST00000358918ENST00000376142APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-7.80E-050.99992204
ENST00000358918ENST00000376139APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-5.32E-050.99994683
ENST00000358918ENST00000376160APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-6.52E-050.9999348
ENST00000358918ENST00000376166APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-4.34E-050.9999566
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ENST00000359726ENST00000376166APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-4.34E-050.9999566
ENST00000359726ENST00000376138APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-3.85E-050.9999615
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ENST00000439274ENST00000376139APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-4.19E-050.99995804
ENST00000439274ENST00000376160APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-5.16E-050.9999484
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ENST00000439274ENST00000355394APPchr2127542882-ABI1chr1027066170-9.02E-050.99990976

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Fusion Genomic Features for APP-ABI1


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

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Fusion Protein Features for APP-ABI1


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr21:27542882/chr10:27066170)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
APP

P05067

ABI1

Q8IZP0

FUNCTION: Functions as a cell surface receptor and performs physiological functions on the surface of neurons relevant to neurite growth, neuronal adhesion and axonogenesis. Interaction between APP molecules on neighboring cells promotes synaptogenesis (PubMed:25122912). Involved in cell mobility and transcription regulation through protein-protein interactions. Can promote transcription activation through binding to APBB1-KAT5 and inhibits Notch signaling through interaction with Numb. Couples to apoptosis-inducing pathways such as those mediated by G(O) and JIP. Inhibits G(o) alpha ATPase activity (By similarity). Acts as a kinesin I membrane receptor, mediating the axonal transport of beta-secretase and presenilin 1 (By similarity). By acting as a kinesin I membrane receptor, plays a role in axonal anterograde transport of cargo towards synapes in axons (PubMed:17062754, PubMed:23011729). Involved in copper homeostasis/oxidative stress through copper ion reduction. In vitro, copper-metallated APP induces neuronal death directly or is potentiated through Cu(2+)-mediated low-density lipoprotein oxidation. Can regulate neurite outgrowth through binding to components of the extracellular matrix such as heparin and collagen I and IV. The splice isoforms that contain the BPTI domain possess protease inhibitor activity. Induces a AGER-dependent pathway that involves activation of p38 MAPK, resulting in internalization of amyloid-beta peptide and leading to mitochondrial dysfunction in cultured cortical neurons. Provides Cu(2+) ions for GPC1 which are required for release of nitric oxide (NO) and subsequent degradation of the heparan sulfate chains on GPC1. {ECO:0000250, ECO:0000250|UniProtKB:P12023, ECO:0000269|PubMed:17062754, ECO:0000269|PubMed:23011729, ECO:0000269|PubMed:25122912}.; FUNCTION: Amyloid-beta peptides are lipophilic metal chelators with metal-reducing activity. Bind transient metals such as copper, zinc and iron. In vitro, can reduce Cu(2+) and Fe(3+) to Cu(+) and Fe(2+), respectively. Amyloid-beta protein 42 is a more effective reductant than amyloid-beta protein 40. Amyloid-beta peptides bind to lipoproteins and apolipoproteins E and J in the CSF and to HDL particles in plasma, inhibiting metal-catalyzed oxidation of lipoproteins. APP42-beta may activate mononuclear phagocytes in the brain and elicit inflammatory responses. Promotes both tau aggregation and TPK II-mediated phosphorylation. Interaction with overexpressed HADH2 leads to oxidative stress and neurotoxicity. Also binds GPC1 in lipid rafts.; FUNCTION: Appicans elicit adhesion of neural cells to the extracellular matrix and may regulate neurite outgrowth in the brain. {ECO:0000250}.; FUNCTION: The gamma-CTF peptides as well as the caspase-cleaved peptides, including C31, are potent enhancers of neuronal apoptosis.; FUNCTION: N-APP binds TNFRSF21 triggering caspase activation and degeneration of both neuronal cell bodies (via caspase-3) and axons (via caspase-6).FUNCTION: May act in negative regulation of cell growth and transformation by interacting with nonreceptor tyrosine kinases ABL1 and/or ABL2. May play a role in regulation of EGF-induced Erk pathway activation. Involved in cytoskeletal reorganization and EGFR signaling. Together with EPS8 participates in transduction of signals from Ras to Rac. In vitro, a trimeric complex of ABI1, EPS8 and SOS1 exhibits Rac specific guanine nucleotide exchange factor (GEF) activity and ABI1 seems to act as an adapter in the complex. Regulates ABL1/c-Abl-mediated phosphorylation of ENAH. Recruits WASF1 to lamellipodia and there seems to regulate WASF1 protein level. In brain, seems to regulate the dendritic outgrowth and branching as well as to determine the shape and number of synaptic contacts of developing neurons. {ECO:0000269|PubMed:11003655, ECO:0000269|PubMed:18328268}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000346832212260_418112497.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000359188111260_41895481.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376138110260_41895453.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376139110260_41895477.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376140111260_41895482.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376142112260_41895509.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST0000037616619260_41895447.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376170110260_41895452.0Compositional biasNote=Pro-rich
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST0000049084107260_4180330.0Compositional biasNote=Pro-rich
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TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000359188111446_50595481.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376138110446_50595453.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376139110446_50595477.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376140111446_50595482.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376142112446_50595509.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST0000037616619446_50595447.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST00000376170110446_50595452.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST0000049084107446_5050330.0DomainSH3
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST000004908410745_1070330.0Domaint-SNARE coiled-coil homology
TgeneABI1chr21:27542882chr10:27066170ENST000004908410718_790330.0RegionRequired for binding to WASF1

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000346798-118230_26019771.0Compositional biasNote=Asp/Glu-rich (acidic)
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000346798-118274_28019771.0Compositional biasNote=Poly-Thr
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000348990-116230_26019696.0Compositional biasNote=Asp/Glu-rich (acidic)
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000348990-116274_28019696.0Compositional biasNote=Poly-Thr
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000354192-115230_26019640.0Compositional biasNote=Asp/Glu-rich (acidic)
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000354192-115274_28019640.0Compositional biasNote=Poly-Thr
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000357903-117230_26019752.0Compositional biasNote=Asp/Glu-rich (acidic)
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000357903-117274_28019752.0Compositional biasNote=Poly-Thr
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000358918-117230_26019753.0Compositional biasNote=Asp/Glu-rich (acidic)
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000358918-117274_28019753.0Compositional biasNote=Poly-Thr
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000359726-117230_26019715.0Compositional biasNote=Asp/Glu-rich (acidic)
HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000359726-117274_28019715.0Compositional biasNote=Poly-Thr
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HgeneAPPchr21:27542882chr10:27066170ENST00000440126-117274_2800747.0Compositional biasNote=Poly-Thr
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Fusion Gene Sequence for APP-ABI1


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>5646_5646_1_APP-ABI1_APP_chr21_27542882_ENST00000346798_ABI1_chr10_27066170_ENST00000355394_length(transcript)=3310nt_BP=91nt
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GCACAGCAGCGCACTCGGTGCCCCGCGCAGGGTCGCGATGCTGCCCGGTTTGGCACTGCTCCTGCTGGCCGCCTGGACGGCTCGGGCGCT
GGAGACTGTGGATATTCATAAGGAGAAAGTGGCACGAAGAGAGATTGGTATTTTGACAACAAATAAGAATACATCAAGAACTCACAAAAT
AATAGCACCTGCGAATATGGAGCGCCCTGTAAGGTATATTCGGAAACCTATCGATTACACAGTTCTGGATGATGTGGGCCATGGTGTCAA
GTGGCTAAAAGCCAAGCATGGAAATAACCAGCCTGCAAGAACTGGCACACTGTCGAGAACAAATCCTCCTACTCAGAAACCGCCAAGTCC
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AGGAAGTGGAAGTCGAGAAAACAGTGGTAGCAGTAGTATTGGCATTCCCATTGCTGTGCCTACACCTTCGCCACCCACTATTGGACCAGC
CCCGGGCTCAGCTCCTGGTTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGATATCTCGACACAACTCTACTACTTCTTCGACATCTTCTGGTGG
ATACAGACGAACTCCCTCTGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATGTTAATGGAGGTCCACTTTATTCTCAAAATTCAATTGCTGA
TAGTCCAACTCCACCGCCACCACCTCCACCAGATGACATTCCCATGTTTGATGACTCTCCACCTCCCCCACCACCACCACCAGTGGATTA
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TTTTTTCTTTTGAAGTAGATTCTTATTACTCAGTCATACTGTGGGACTATTATGGTTAACAGAACTGTCTTAATATGTTTTAAAATGTGC
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GAAGTGGGGTATAATATTTAACGAATCATGATTCAGATTGTACCATTACATGTTTCAGTGCAGCATGGTTACTAACGCTATGTCAGACTA
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ATGCATAAAAATTTATGTATTGAAATATACTTAAAAATTCAAGATGCTTCCCATTTGTGTAATATTTACCTGGAGGACTCGTACTTAGGT
GTCTTAACGTGAATTGAGTCTCCAAGGTCTCCATGTGAAACAAGCAAAAAGAGAATTATCTGTAATGTTGTAATTTGTACCTAAGTTTTT
TAATGAGTGAAATTTGCATTATAAACTTTTTCCATTCATAAATACATAAGTGAACCAAAGGTTTTTGTCCTTTCCTTCACTGATTTGCTT
TAAAAAAAATAAAAGATAATGATTTATTGCAGAATTATGATTCTATTTTCTCAATATGTTAACTTGGAAAAAAATTTTAGCCTTATCTTA
ATCTGTCCCAACAGCAATGTGACGGATTTTTGCAGATTCAAAATCTGCAATGGTTATTTACAAGTCAATCTACTGAATTCCTTTTTTAAA
TAATCTTTTGAAACTAAGAAAATGTGTCAAATTGTGTGCATTCATTCTGTAGGTAAAATTCTTAAGGATTGCCATGTCAGTCCTTCAGTT
GTACAGTGAACTGTTGTACACTGGTTCAATGAAAGGAAGTTAAAAGTACCTTTTACATATTGTAAAAGTGGATACAGTTGATTTGTGAGT
AGGCACTCTTTAATCCATTACCTGGCACTAGCAACATTAGAATTTTAAAATAAAATAATTGGGAAAGAAGGTGGGTCATGTATTAATCAG
TGAACAGAGATTTACCTAACCAACAGACTTGGATTGTCTTTTGACATAATCAAAATGCAACACATGCACTTTGTGTGTCTCCTCTTAATT
GAAGGGAGGGCTGAGGGATGTTTTCTCTTCTTGTCTTGTGTATAATTCTCTATTGCTTAGGATATTAAAGTAGAGCACTCAAGTGTGGGT
TTCTGTGTTATTGAGGATTTGTTTGGAATTCAAATTACAGTTATGTACTGGATGCTACAGACTTATAACAGCATAGTGAATGGTAAGACT
AGTGCAAAACAGTTATTTCTGAAAATTAAAGACCATTATTGCTACCAAATCAATGTGACTATTTCATATGCATTTTGCCTTTGTTAATTT
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TTGTCTAAATTTTATGTACAGTCTTTTATAATAAACCATTCTCCTATATGAAATTTTGGATACTGTTAAAATATAACTCATGTGGACTTC
AATGCAGACTTCACATTTTTCTGACCTTTACTCCTACGGTAAATCAAGACAAACCATTTGAATTTTAACATTGGTTATTTATTTGTGTAA
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TGGCACCACTTCTCCCAGTGAGCACTGTGATAGCAGCCCCGGGCTCAGCTCCTGGTTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGATATCTC
GACACAACTCTACTACTTCTTCGACATCTTCTGGTGGATACAGACGAACTCCCTCTGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATGTTA
ATGGAGGTCCACTTTATTCTCAAAATTCAATTTCTATTGCTCCACCCCCTCCCCCTATGCCTCAGTTGACTCCACAGATACCTCTCACAG
GCTTCGTGGCCAGGGTGCAGGAAAACATTGCTGATAGTCCAACTCCACCGCCACCACCTCCACCAGATGACATTCCCATGTTTGATGACT
CTCCACCTCCCCCACCACCACCACCAGTGGATTATGAAGATGAGGAGGCTGCAGTAGTTCAGTATAATGATCCATATGCAGATGGGGATC
CTGCTTGGGCCCCCAAGAATTATATTGAGAAAGTTGTTGCAATATATGATTATACAAAAGACAAGGATGATGAGCTGTCATTTATGGAGG
GTGCAATCATTTATGTTATAAAGAAGAATGATGATGGCTGGTATGAAGGAGTCTGCAATCGAGTGACTGGTCTGTTCCCTGGGAACTATG
TTGAATCAATCATGCACTATACTGATTAATTTTTTTTTTTCTTTTGAAGTAGATTCTTATTACTCAGTCATACTGTGGGACTATTATGGT
TAACAGAACTGTCTTAATATGTTTTAAAATGTGCCCATATTTTCAGAACATGCTGTTTTATTGGTAAATTGAATGTCTACCTGTAAGCAT
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GTGTAATATTTACCTGGAGGACTCGTACTTAGGTGTCTTAACGTGAATTGAGTCTCCAAGGTCTCCATGTGAAACAAGCAAAAAGAGAAT
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TGTTAACTTGGAAAAAAATTTTAGCCTTATCTTAATCTGTCCCAACAGCAATGTGACGGATTTTTGCAGATTCAAAATCTGCAATGGTTA
TTTACAAGTCAATCTACTGAATTCCTTTTTTAAATAATCTTTTGAAACTAAGAAAATGTGTCAAATTGTGTGCATTCATTCTGTAGGTAA
AATTCTTAAGGATTGCCATGTCAGTCCTTCAGTTGTACAGTGAACTGTTGTACACTGGTTCAATGAAAGGAAGTTAAAAGTACCTTTTAC
ATATTGTAAAAGTGGATACAGTTGATTTGTGAGTAGGCACTCTTTAATCCATTACCTGGCACTAGCAACATTAGAATTTTAAAATAAAAT
AATTGGGAAAGAAGGTGGGTCATGTATTAATCAGTGAACAGAGATTTACCTAACCAACAGACTTGGATTGTCTTTTGACATAATCAAAAT
GCAACACATGCACTTTGTGTGTCTCCTCTTAATTGAAGGGAGGGCTGAGGGATGTTTTCTCTTCTTGTCTTGTGTATAATTCTCTATTGC
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GACTATTTCATATGCATTTTGCCTTTGTTAATTTTAAACAAACAAAGTATCATTAGTGATCAGCTAGCTACCTTCTACTTTCCATTTTTC
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ACCTTGATTATAATTTATAGGACTAGAATGACAGATTCAGGTGGTTTATTAATTACATTTAAAAAGTTTTCTGAAAAAACTTTTGCAATA

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CTCGACACAACTCTACTACTTCTTCGACATCTTCTGGTGGATACAGACGAACTCCCTCTGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATG
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GGTTAACAGAACTGTCTTAATATGTTTTAAAATGTGCCCATATTTTCAGAACATGCTGTTTTATTGGTAAATTGAATGTCTACCTGTAAG
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CATTTTTAACTTTATGACCAGCCTAAATATTCTGGGGGAAGTGGGGTATAATATTTAACGAATCATGATTCAGATTGTACCATTACATGT
TTCAGTGCAGCATGGTTACTAACGCTATGTCAGACTAATATTAAAATCAGAAAATTTAAATGCTGGTGCTGGTCAGACTTTTTTTGTTAG
ATTCTCTCATTTAAAAAAAATACTGTTTGTTTAAAGCATGCATAAAAATTTATGTATTGAAATATACTTAAAAATTCAAGATGCTTCCCA
TTTGTGTAATATTTACCTGGAGGACTCGTACTTAGGTGTCTTAACGTGAATTGAGTCTCCAAGGTCTCCATGTGAAACAAGCAAAAAGAG
AATTATCTGTAATGTTGTAATTTGTACCTAAGTTTTTTAATGAGTGAAATTTGCATTATAAACTTTTTCCATTCATAAATACATAAGTGA
ACCAAAGGTTTTTGTCCTTTCCTTCACTGATTTGCTTTAAAAAAAATAAAAGATAATGATTTATTGCAGAATTATGATTCTATTTTCTCA
ATATGTTAACTTGGAAAAAAATTTTAGCCTTATCTTAATCTGTCCCAACAGCAATGTGACGGATTTTTGCAGATTCAAAATCTGCAATGG
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TAAAATTCTTAAGGATTGCCATGTCAGTCCTTCAGTTGTACAGTGAACTGTTGTACACTGGTTCAATGAAAGGAAGTTAAAAGTACCTTT
TACATATTGTAAAAGTGGATACAGTTGATTTGTGAGTAGGCACTCTTTAATCCATTACCTGGCACTAGCAACATTAGAATTTTAAAATAA
AATAATTGGGAAAGAAGGTGGGTCATGTATTAATCAGTGAACAGAGATTTACCTAACCAACAGACTTGGATTGTCTTTTGACATAATCAA
AATGCAACACATGCACTTTGTGTGTCTCCTCTTAATTGAAGGGAGGGCTGAGGGATGTTTTCTCTTCTTGTCTTGTGTATAATTCTCTAT
TGCTTAGGATATTAAAGTAGAGCACTCAAGTGTGGGTTTCTGTGTTATTGAGGATTTGTTTGGAATTCAAATTACAGTTATGTACTGGAT
GCTACAGACTTATAACAGCATAGTGAATGGTAAGACTAGTGCAAAACAGTTATTTCTGAAAATTAAAGACCATTATTGCTACCAAATCAA
TGTGACTATTTCATATGCATTTTGCCTTTGTTAATTTTAAACAAACAAAGTATCATTAGTGATCAGCTAGCTACCTTCTACTTTCCATTT
TTCAAGTGGATTGTTCTCTTAATTTGTATATAACCTGTTGTCTAAATTTTATGTACAGTCTTTTATAATAAACCATTCTCCTATATGAAA
TTTTGGATACTGTTAAAATATAACTCATGTGGACTTCAATGCAGACTTCACATTTTTCTGACCTTTACTCCTACGGTAAATCAAGACAAA
CCATTTGAATTTTAACATTGGTTATTTATTTGTGTAATGGCCTTACATGTGGATATTAACAGTGTAAACAATACCACATATAACCATCAA
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CTTTAAATCAGAGACCAAGGACACACAGTGGAAGTAGTGGAGGAAGTGGAAGTCGAGAAAACAGTGGTAGCAGTAGTATTGGCATTCCCA
TTGCTGTGCCTACACCTTCGCCACCCACTATTGGACCAGCAGCCCCGGGCTCAGCTCCTGGTTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGA
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TTATGGAGGGTGCAATCATTTATGTTATAAAGAAGAATGATGATGGCTGGTATGAAGGAGTCTGCAATCGAGTGACTGGTCTGTTCCCTG
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TATTATGGTTAACAGAACTGTCTTAATATGTTTTAAAATGTGCCCATATTTTCAGAACATGCTGTTTTATTGGTAAATTGAATGTCTACC
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CTTACACATTTTTAACTTTATGACCAGCCTAAATATTCTGGGGGAAGTGGGGTATAATATTTAACGAATCATGATTCAGATTGTACCATT
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TTTCTCTTCTTGTCTTGTGTATAATTCTCTATTGCTTAGGATATTAAAGTAGAGCACTCAAGTGTGGGTTTCTGTGTTATTGAGGATTTG
TTTGGAATTCAAATTACAGTTATGTACTGGATGCTACAGACTTATAACAGCATAGTGAATGGTAAGACTAGTGCAAAACAGTTATTTCTG
AAAATTAAAGACCATTATTGCTACCAAATCAATGTGACTATTTCATATGCATTTTGCCTTTGTTAATTTTAAACAAACAAAGTATCATTA
GTGATCAGCTAGCTACCTTCTACTTTCCATTTTTCAAGTGGATTGTTCTCTTAATTTGTATATAACCTGTTGTCTAAATTTTATGTACAG
TCTTTTATAATAAACCATTCTCCTATATGAAATTTTGGATACTGTTAAAATATAACTCATGTGGACTTCAATGCAGACTTCACATTTTTC
TGACCTTTACTCCTACGGTAAATCAAGACAAACCATTTGAATTTTAACATTGGTTATTTATTTGTGTAATGGCCTTACATGTGGATATTA
ACAGTGTAAACAATACCACATATAACCATCAAGATACCTTGATTATAATTTATAGGACTAGAATGACAGATTCAGGTGGTTTATTAATTA

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TGGAAATAACCAGCCTGCAAGAACTGGCACACTGTCGAGAACAAATCCTCCTACTCAGAAACCGCCAAGTCCTCCCATGTCAGGCCGGGG
AACACTGGGACGGAATACTCCTTATAAAACCCTGGAACCTGTTAAACCCCCAACAGTTCCTAATGACTATATGACCAGTCCTGCTAGGCT
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AAACAGTGGTAGCAGTAGTATTGGCATTCCCATTGCTGTGCCTACACCTTCGCCACCCACTATTGGACCAGCCCCGGGCTCAGCTCCTGG
TTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGATATCTCGACACAACTCTACTACTTCTTCGACATCTTCTGGTGGATACAGACGAACTCCCTC
TGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATGTTAATGGAGGTCCACTTTATTCTCAAAATTCAATTGCTGATAGTCCAACTCCACCGCC
ACCACCTCCACCAGATGACATTCCCATGTTTGATGACTCTCCACCTCCCCCACCACCACCACCAGTGGATTATGAAGATGAGGAGGCTGC
AGTAGTTCAGTATAATGATCCATATGCAGATGGGGATCCTGCTTGGGCCCCCAAGAATTATATTGAGAAAGTTGTTGCAATATATGATTA
TACAAAAGACAAGGATGATGAGCTGTCATTTATGGAGGGTGCAATCATTTATGTTATAAAGAAGAATGATGATGGCTGGTATGAAGGAGT
CTGCAATCGAGTGACTGGTCTGTTCCCTGGGAACTATGTTGAATCAATCATGCACTATACTGATTAATTTTTTTTTTTCTTTTGAAGTAG
ATTCTTATTACTCAGTCATACTGTGGGACTATTATGGTTAACAGAACTGTCTTAATATGTTTTAAAATGTGCCCATATTTTCAGAACATG
CTGTTTTATTGGTAAATTGAATGTCTACCTGTAAGCATAAATCTTTGAGGCAGTTTATGTATTGCTGAATAGCAATTTATACAAGAAGCT
GTCCATAACTGATTATGCTTATGTACTTACTTACACATTTTTAACTTTATGACCAGCCTAAATATTCTGGGGGAAGTGGGGTATAATATT
TAACGAATCATGATTCAGATTGTACCATTACATGTTTCAGTGCAGCATGGTTACTAACGCTATGTCAGACTAATATTAAAATCAGAAAAT
TTAAATGCTGGTGCTGGTCAGACTTTTTTTGTTAGATTCTCTCATTTAAAAAAAATACTGTTTGTTTAAAGCATGCATAAAAATTTATGT
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TCTCCAAGGTCTCCATGTGAAACAAGCAAAAAGAGAATTATCTGTAATGTTGTAATTTGTACCTAAGTTTTTTAATGAGTGAAATTTGCA
TTATAAACTTTTTCCATTCATAAATACATAAGTGAACCAAAGGTTTTTGTCCTTTCCTTCACTGATTTGCTTTAAAAAAAATAAAAGATA
ATGATTTATTGCAGAATTATGATTCTATTTTCTCAATATGTTAACTTGGAAAAAAATTTTAGCCTTATCTTAATCTGTCCCAACAGCAAT
GTGACGGATTTTTGCAGATTCAAAATCTGCAATGGTTATTTACAAGTCAATCTACTGAATTCCTTTTTTAAATAATCTTTTGAAACTAAG
AAAATGTGTCAAATTGTGTGCATTCATTCTGTAGGTAAAATTCTTAAGGATTGCCATGTCAGTCCTTCAGTTGTACAGTGAACTGTTGTA
CACTGGTTCAATGAAAGGAAGTTAAAAGTACCTTTTACATATTGTAAAAGTGGATACAGTTGATTTGTGAGTAGGCACTCTTTAATCCAT
TACCTGGCACTAGCAACATTAGAATTTTAAAATAAAATAATTGGGAAAGAAGGTGGGTCATGTATTAATCAGTGAACAGAGATTTACCTA
ACCAACAGACTTGGATTGTCTTTTGACATAATCAAAATGCAACACATGCACTTTGTGTGTCTCCTCTTAATTGAAGGGAGGGCTGAGGGA
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TTGTTTGGAATTCAAATTACAGTTATGTACTGGATGCTACAGACTTATAACAGCATAGTGAATGGTAAGACTAGTGCAAAACAGTTATTT
CTGAAAATTAAAGACCATTATTGCTACCAAATCAATGTGACTATTTCATATGCATTTTGCCTTTGTTAATTTTAAACAAACAAAGTATCA
TTAGTGATCAGCTAGCTACCTTCTACTTTCCATTTTTCAAGTGGATTGTTCTCTTAATTTGTATATAACCTGTTGTCTAAATTTTATGTA
CAGTCTTTTATAATAAACCATTCTCCTATATGAAATTTTGGATACTGTTAAAATATAACTCATGTGGACTTCAATGCAGACTTCACATTT
TTCTGACCTTTACTCCTACGGTAAATCAAGACAAACCATTTGAATTTTAACATTGGTTATTTATTTGTGTAATGGCCTTACATGTGGATA
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CATGTCAGGCCGGGGAACACTGGGACGGAATACTCCTTATAAAACCCTGGAACCTGTTAAACCCCCAACAGTTCCTAATGACTATATGAC
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AAGTGGAAGTCGAGAAAACAGTGGTAGCAGTAGTATTGGCATTCCCATTGCTGTGCCTACACCTTCGCCACCCACTATTGGACCAGCCCC
GGGCTCAGCTCCTGGTTCCCAGTATGGCACAATGACCAGGCAGATATCTCGACACAACTCTACTACTTCTTCGACATCTTCTGGTGGATA
CAGACGAACTCCCTCTGTGACTGCTCAATTTTCTGCTCAGCCTCATGTTAATGGAGGTCCACTTTATTCTCAAAATTCAATTGCTGATAG
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AGATGAGGAGGCTGCAGTAGTTCAGTATAATGATCCATATGCAGATGGGGATCCTGCTTGGGCCCCCAAGAATTATATTGAGAAAGTTGT
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>5646_5646_56_APP-ABI1_APP_chr21_27542882_ENST00000439274_ABI1_chr10_27066170_ENST00000376170_length(amino acids)=375AA_BP=19
MLPGLALLLLAAWTARALETVDIHKEKVARREIGILTTNKNTSRTHKIIAPANMERPVRYIRKPIDYTVLDDVGHGVKWLKAKHGNNQPA
RTGTLSRTNPPTQKPPSPPMSGRGTLGRNTPYKTLEPVKPPTVPNDYMTSPARLGSQHSPGRTASLNQRPRTHSGSSGGSGSRENSGSSS
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IPMFDDSPPPPPPPPVDYEDEEAAVVQYNDPYADGDPAWAPKNYIEKVVAIYDYTKDKDDELSFMEGAIIYVIKKNDDGWYEGVCNRVTG

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Fusion Gene PPI Analysis for APP-ABI1


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with
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check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for APP-ABI1


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for APP-ABI1


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource