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Fusion gene:NFIX-WDR26 (FusionGDB2 ID:58963)

Fusion Gene Summary for NFIX-WDR26

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: NFIX-WDR26
Fusion gene ID: 58963
HgeneTgene
Gene symbol

NFIX

WDR26

Gene ID

4784

80232

Gene namenuclear factor I XWD repeat domain 26
SynonymsCTF|MRSHSS|NF-I/X|NF1-X|NF1A|SOTOS2CDW2|GID7|MIP2|SKDEAS
Cytomap

19p13.13

1q42.11-q42.12

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionnuclear factor 1 X-typeCCAAT-box-binding transcription factorTGGCA-binding proteinnuclear factor 1/XWD repeat-containing protein 26CUL4- and DDB1-associated WDR protein 2GID complex subunit 7 homologmyocardial ischemic preconditioning upregulated protein 2
Modification date2020032920200328
UniProtAcc..
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000358552, ENST00000360105, 
ENST00000397661, ENST00000585575, 
ENST00000587260, ENST00000587760, 
ENST00000588228, ENST00000592199, 
ENST00000588680, 		ENST00000366852, 
ENST00000479727, ENST00000295024, 
ENST00000414423, 
Fusion gene scores* DoF score27 X 14 X 16=604811 X 12 X 5=660
# samples 4212
** MAII scorelog2(42/6048*10)=-3.84799690655495
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(12/660*10)=-2.4594316186373
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: NFIX [Title/Abstract] AND WDR26 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointNFIX(13136366)-WDR26(224581715), # samples:3
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID
HgeneNFIX

GO:0000122

negative regulation of transcription by RNA polymerase II

19706729

HgeneNFIX

GO:0045944

positive regulation of transcription by RNA polymerase II

19706729


check buttonFusion gene breakpoints across NFIX (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across WDR26 (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4LUSCTCGA-56-8628-01ANFIXchr19

13136366

-WDR26chr1

224581715

-
ChimerDB4LUSCTCGA-56-8628-01ANFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
ChimerDB4LUSCTCGA-56-8628NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-


Top

Fusion Gene ORF analysis for NFIX-WDR26

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
5CDS-3UTRENST00000358552ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000360105ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000397661ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000585575ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000587260ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000587760ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000588228ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-3UTRENST00000592199ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000358552ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000360105ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000397661ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000585575ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000587260ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000587760ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000588228ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
5CDS-intronENST00000592199ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000358552ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000358552ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000360105ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000360105ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000397661ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000397661ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000585575ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000585575ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000587260ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000587260ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000587760ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000587760ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000588228ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000588228ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000592199ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
In-frameENST00000592199ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
intron-3CDSENST00000588680ENST00000295024NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
intron-3CDSENST00000588680ENST00000414423NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
intron-3UTRENST00000588680ENST00000366852NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-
intron-intronENST00000588680ENST00000479727NFIXchr19

13136366

+WDR26chr1

224581715

-

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000397661NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-56937898862295
ENST00000397661NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-56877898862295
ENST00000592199NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-54635590770256
ENST00000592199NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-54575590770256
ENST00000587760NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-548057614787257
ENST00000587760NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-547457614787257
ENST00000585575NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-54395350746248
ENST00000585575NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-54335350746248
ENST00000360105NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-553763365844259
ENST00000360105NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-553163365844259
ENST00000588228NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-554063653847264
ENST00000588228NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-553463653847264
ENST00000587260NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-551861458825255
ENST00000587260NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-551261458825255
ENST00000358552NFIXchr1913136366+ENST00000414423WDR26chr1224581715-54605560767255
ENST00000358552NFIXchr1913136366+ENST00000295024WDR26chr1224581715-54545560767255

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000397661ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0006086070.99939144
ENST00000397661ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0005879830.99941206
ENST00000592199ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0005726910.9994273
ENST00000592199ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0005477510.9994523
ENST00000587760ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0001783860.9998216
ENST00000587760ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0001712650.9998287
ENST00000585575ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0001735090.9998265
ENST00000585575ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0001666810.99983335
ENST00000360105ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0008783250.9991217
ENST00000360105ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0008426740.9991573
ENST00000588228ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0006173080.9993826
ENST00000588228ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0005936010.99940646
ENST00000587260ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0006646690.99933535
ENST00000587260ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0006389430.9993611
ENST00000358552ENST00000414423NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0006363050.9993637
ENST00000358552ENST00000295024NFIXchr1913136366+WDR26chr1224581715-0.0006115730.99938846

Top

Fusion Genomic Features for NFIX-WDR26


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.

Top

Fusion Protein Features for NFIX-WDR26


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr19:13136366/chr1:224581715)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
..
FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneWDR26chr19:13136366chr1:224581715ENST000002950241114444_484444515.0RepeatNote=WD 3
TgeneWDR26chr19:13136366chr1:224581715ENST000002950241114524_563444515.0RepeatNote=WD 4
TgeneWDR26chr19:13136366chr1:224581715ENST000002950241114566_608444515.0RepeatNote=WD 5
TgeneWDR26chr19:13136366chr1:224581715ENST000002950241114611_651444515.0RepeatNote=WD 6
TgeneWDR26chr19:13136366chr1:224581715ENST000004144231114611_651591662.0RepeatNote=WD 6

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneNFIXchr19:13136366chr1:224581715ENST00000397661+2101_194186878.6666666666666DNA bindingCTF/NF-I
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Fusion Gene Sequence for NFIX-WDR26


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>58963_58963_1_NFIX-WDR26_NFIX_chr19_13136366_ENST00000358552_WDR26_chr1_224581715_ENST00000295024_length(transcript)=5454nt_BP=556nt
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TTGAATTATTCCCCCATCGGTTGTGAAGAACTGTGCTACATTCAGGCTTACCCATTGAACTCAGTATATATATTTTTTTCCTTCCTGTCT
TTTGTCTGGCAGGATACCATTCTTGTTGCTCTTCTGTGTAATGAAGTTTAAATGCTTGTTTGGAAAACTTTATTTAACAGTTTAGAAGGC
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TCAAAAGCACTCTCAATATTACATTTGACAAAAAGTTTTGTACTTTTCACATAGCTTGTTGCCCCGTAAAAGGGTTAACAGCACAATTTT
TTAAAAATAAATTAAGAAGTATTTATAGGATTAAAGTGACTTCATTTGTATACATTTGGAATCTAAACCAGCTTAAAAACAGTTTCCTCA
ATGACTTAGATACACAGTATAACTGATGCTCTTCTGGAATACCACATGAGACATGGTCAGAAACAGTGCTTGGAAGGACATTACACAAGA
AATTCAGAGTAATGCTTTGAAGATTTCCCCCCTTTTGTTTTATTCCTGAAGGAACATCAGTACCCGATCTTGAAGAAATTCAAGATTCAA
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TTTTGGTGTGATCTAGCAAAAGAGTAGGAATCAGCGATACAACCACTTTGGAAGTTTATAGTATAATTGAAATTATTAGAAGAATTCAGC
AGGTTACAGACATACTTAAACTGGGATTAAAACCTCATAGTCATTTTTCTTAATTGCCCTTAATATTTTGACATATAGGGATACATAAAT
TTAAAGAATATTTTTTCTCAGTTTTTTCAGATATTGCCATACTGAACCTCATTCTAAACTGGTGCTGTGGATAGTCTTTCCCTCTCCCCT
CCTGTTTTAGTTTAAGGAAAGGTTTCCTTCATGGAAAAGCACTTTTAATTTTGAGAATTTCACATTTAAAATAAGCCAAAAGCCTGATGT
TCACATTGTGCTTTTAAACTCCGTAACAGCTGAATACAACATAACATAGTCTCCCTTGAAATTCCCTCCCTTTTTCAGTAGAGGATAAAT
AGGGTGACTCCAGCTGTTGGAATGAGAATGGGGATACCCCCAAAATAAGATTCTGGTGAAGAAAAAGTCTTGTACTAAGTTCCCCTTTAG
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TATAAGATTGAAATTGTGTCCCCATCTTTAACTTAAACATTTTCATTATCAGGGTCAATGTGCTAGAACTGAATTGTAACATTTTTAGGC
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CTGATATTTATTTTCACTTGTTTACTAATTATTTACAAAACACCCTTTGTTGACTTTTATTTTATAAATGTGTAATGTATTAAACGTCTT
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GATTTTTGTTTTTTTAACTGCCTCTCAGATTATATTTACTTAGTTTAAATTTCTTTGCTTTATTCATTAAAGTATAAAAACTTCAGGTCT
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Fusion Gene PPI Analysis for NFIX-WDR26


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for NFIX-WDR26


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for NFIX-WDR26


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource