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Fusion Gene Summary

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Fusion Gene PPI analysis

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Fusion gene:PACRG-QKI (FusionGDB2 ID:62241)

Fusion Gene Summary for PACRG-QKI

check button Fusion gene summary
Fusion gene informationFusion gene name: PACRG-QKI
Fusion gene ID: 62241
HgeneTgene
Gene symbol

PACRG

QKI

Gene ID

135138

9444

Gene nameparkin coregulatedQKI, KH domain containing RNA binding
SynonymsGLUP|HAK005771|PACRG2.1|PARK2CRGHqk|QK|QK1|QK3|hqkI
Cytomap

6q26

6q26

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptionparkin coregulated gene proteinPARK2 co-regulatedPARK2 coregulatedmolecular chaperone/chaperonin-binding proteinparkin co-regulated gene proteinprotein quakingQKI/LOC100132735 fusionRNA binding protein HQKhomolog of mouse quaking QKI (KH domain RNA binding protein)quaking homolog, KH domain RNA binding
Modification date2020031320200327
UniProtAcc.

Q96PU8

Ensembl transtripts involved in fusion geneENST00000542669, ENST00000337019, 
ENST00000366888, ENST00000366889, 
ENST00000275262, ENST00000361195, 
ENST00000361752, ENST00000392127, 
ENST00000424802, ENST00000453779, 
Fusion gene scores* DoF score3 X 3 X 2=1823 X 23 X 9=4761
# samples 427
** MAII scorelog2(4/18*10)=1.15200309344505
effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs).
DoF>8 and MAII>0		log2(27/4761*10)=-4.14023331650551
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context

PubMed: PACRG [Title/Abstract] AND QKI [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpointQKI(163899928)-PACRG(163483182), # samples:6
PACRG(163235313)-QKI(163983014), # samples:1
PACRG(163235313)-QKI(163899812), # samples:1
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.QKI-PACRG seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC due to the frame-shifted ORF.
QKI-PACRG seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene due to the frame-shifted ORF.
QKI-PACRG seems lost the major protein functional domain in Tgene partner, which is a tumor suppressor due to the frame-shifted ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID

check buttonFusion gene breakpoints across PACRG (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across QKI (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4LGGTCGA-DU-6404-01APACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
ChimerDB4LGGTCGA-HT-8114-01APACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+


Top

Fusion Gene ORF analysis for PACRG-QKI

check button Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
ORFHenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
3UTR-3CDSENST00000542669ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000337019ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000337019ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000337019ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000337019ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000337019ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000337019ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000337019ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366888ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366888ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366888ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366888ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366888ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366888ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366888ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366888ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366888ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366888ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366888ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366888ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366889ENST00000275262PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366889ENST00000361195PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366889ENST00000361752PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366889ENST00000392127PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366889ENST00000424802PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+
In-frameENST00000366889ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163983014

+
In-frameENST00000366889ENST00000453779PACRGchr6

163235313

+QKIchr6

163899812

+

check buttonORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000275262QKIchr6163983014+6382515224946240
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000392127QKIchr6163983014+7329515224928234
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000453779QKIchr6163983014+5103515224928234
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000361752QKIchr6163983014+8881515224994256
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000361195QKIchr6163983014+1008515224970248
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000424802QKIchr6163983014+923515224922233
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000275262QKIchr6163983014+6382515224946240
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000392127QKIchr6163983014+7329515224928234
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000453779QKIchr6163983014+5103515224928234
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000361752QKIchr6163983014+8881515224994256
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000361195QKIchr6163983014+1008515224970248
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000424802QKIchr6163983014+923515224922233
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000275262QKIchr6163983014+6433566275997240
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000392127QKIchr6163983014+7380566275979234
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000453779QKIchr6163983014+5154566275979234
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000361752QKIchr6163983014+89325662751045256
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000361195QKIchr6163983014+10595662751021248
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000424802QKIchr6163983014+974566275973233
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000275262QKIchr6163899812+66435152241207327
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000392127QKIchr6163899812+75905152241189321
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000453779QKIchr6163899812+53645152241189321
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000361752QKIchr6163899812+91425152241255343
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000361195QKIchr6163899812+12695152241231335
ENST00000337019PACRGchr6163235313+ENST00000424802QKIchr6163899812+11845152241183320
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000275262QKIchr6163899812+66435152241207327
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000392127QKIchr6163899812+75905152241189321
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000453779QKIchr6163899812+53645152241189321
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000361752QKIchr6163899812+91425152241255343
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000361195QKIchr6163899812+12695152241231335
ENST00000366889PACRGchr6163235313+ENST00000424802QKIchr6163899812+11845152241183320
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000275262QKIchr6163899812+66945662751258327
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000392127QKIchr6163899812+76415662751240321
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000453779QKIchr6163899812+54155662751240321
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000361752QKIchr6163899812+91935662751306343
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000361195QKIchr6163899812+13205662751282335
ENST00000366888PACRGchr6163235313+ENST00000424802QKIchr6163899812+12355662751234320

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000337019ENST00000275262PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.001300440.99869955
ENST00000337019ENST00000392127PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0012730760.9987269
ENST00000337019ENST00000453779PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0012555140.9987445
ENST00000337019ENST00000361752PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0008722540.9991278
ENST00000337019ENST00000361195PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0229184650.9770815
ENST00000337019ENST00000424802PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0113125490.9886875
ENST00000366889ENST00000275262PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.001300440.99869955
ENST00000366889ENST00000392127PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0012730760.9987269
ENST00000366889ENST00000453779PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0012555140.9987445
ENST00000366889ENST00000361752PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0008722540.9991278
ENST00000366889ENST00000361195PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0229184650.9770815
ENST00000366889ENST00000424802PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0113125490.9886875
ENST00000366888ENST00000275262PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.001281390.9987186
ENST00000366888ENST00000392127PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.001252160.9987478
ENST00000366888ENST00000453779PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0012173590.9987827
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ENST00000366888ENST00000424802PACRGchr6163235313+QKIchr6163983014+0.0086240280.991376
ENST00000337019ENST00000275262PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0002256130.9997744
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ENST00000337019ENST00000361195PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0071705920.9928294
ENST00000337019ENST00000424802PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0066508430.99334913
ENST00000366889ENST00000275262PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0002256130.9997744
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ENST00000366889ENST00000424802PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0066508430.99334913
ENST00000366888ENST00000275262PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0002250090.999775
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ENST00000366888ENST00000453779PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0002440320.9997559
ENST00000366888ENST00000361752PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0001637620.9998362
ENST00000366888ENST00000361195PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0066406540.9933594
ENST00000366888ENST00000424802PACRGchr6163235313+QKIchr6163899812+0.0064507240.9935493

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Fusion Genomic Features for PACRG-QKI


check buttonFusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints.
HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand1-pp (fusion gene breakpoint)
PACRGchr6163235313+QKIchr6163899811+7.68E-050.9999232
PACRGchr6163235313+QKIchr6163983013+1.35E-060.9999987
PACRGchr6163235313+QKIchr6163899811+7.68E-050.9999232
PACRGchr6163235313+QKIchr6163983013+1.35E-060.9999987

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page.
genomic feature

check buttonDistribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page.
genomic feature of top 1%

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Fusion Protein Features for PACRG-QKI


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr6:163899928/chr6:163483182)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
.QKI

Q96PU8

FUNCTION: Transcriptional activator which is required for calcium-dependent dendritic growth and branching in cortical neurons. Recruits CREB-binding protein (CREBBP) to nuclear bodies. Component of the CREST-BRG1 complex, a multiprotein complex that regulates promoter activation by orchestrating a calcium-dependent release of a repressor complex and a recruitment of an activator complex. In resting neurons, transcription of the c-FOS promoter is inhibited by BRG1-dependent recruitment of a phospho-RB1-HDAC1 repressor complex. Upon calcium influx, RB1 is dephosphorylated by calcineurin, which leads to release of the repressor complex. At the same time, there is increased recruitment of CREBBP to the promoter by a CREST-dependent mechanism, which leads to transcriptional activation. The CREST-BRG1 complex also binds to the NR2B promoter, and activity-dependent induction of NR2B expression involves a release of HDAC1 and recruitment of CREBBP (By similarity). {ECO:0000250}.FUNCTION: RNA-binding protein that plays a central role in myelinization (PubMed:16641098). Binds to the 5'-NACUAAY-N(1,20)-UAAY-3' RNA core sequence. Regulates target mRNA stability (PubMed:23630077). In addition, acts by regulating pre-mRNA splicing, mRNA export and protein translation. Required to protect and promote stability of mRNAs such as MBP and CDKN1B. Regulator of oligodendrocyte differentiation and maturation in the brain that may play a role in myelin and oligodendrocyte dysfunction in schizophrenia (PubMed:16641098). Participates in mRNA transport by regulating the nuclear export of MBP mRNA. Also involved in regulation of mRNA splicing of MAG pre-mRNA. Acts as a translational repressor (By similarity). {ECO:0000250|UniProtKB:Q9QYS9, ECO:0000269|PubMed:16641098, ECO:0000269|PubMed:23630077}.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page


* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST0000027526217276_27995326.0MotifNote=SH3-binding
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST0000045377937276_279182320.0MotifNote=SH3-binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST0000045377937324_330182320.0MotifNuclear localization signal
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST0000036175218182_21395342.0RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST0000039212716182_21395320.0RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST0000042480217182_21395318.0RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST0000045377937182_213182320.0RegionQua2 domain%3B involved in RNA binding

- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST000002752621787_15395326.0DomainNote=KH
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST000003921271611_8295320.0RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST000004248021711_8295318.0RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163899812ENST000004537791711_8295320.0RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST000002752623711_82182326.0RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
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TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST000004248023711_82182318.0RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization
TgeneQKIchr6:163235313chr6:163983014ENST000004537793711_82182320.0RegionQua1 domain%3B involved in homodimerization


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Fusion Gene Sequence for PACRG-QKI


check button For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>62241_62241_1_PACRG-QKI_PACRG_chr6_163235313_ENST00000337019_QKI_chr6_163899812_ENST00000275262_length(transcript)=6643nt_BP=515nt
AGATCTATCTGGAGGAGTTTCTGTGGAGCCAGCCACCCTCACCAGGTGCCTTCCATTAGAGTTTAATGCTTTGCTGCGGTTTCCTGAAAG
AGCCCCACAGAGAGTGGGTCTCGATGGGTCCTGAACCGCACCACAACCGGCCAGTGAGACCTCCTGCTCACATCCGTAAAGCCCACTGAT
TCTTTTACTACACTTTTTATGAGAACAAGACATTTTCTAGGAAGATGGTGGCAGAAAAAGAGACCCTGAGCTTAAACAAATGCCCAGACA
AGATGCCGAAGAGGACCAAGCTGCTGGCACAACAGCCGCTCCCGGTGCACCAGCCTCACTCTCTGGTTTCTGAGGGTTTCACAGTCAAAG
CCATGATGAAAAACTCAGTCGTGAGAGGCCCTCCAGCTGCAGGGGCATTTAAAGAAAGACCAACCAAGCCCACAGCATTTCGAAAATTCT
ATGAGCGAGGTGACTTCCCAATTGCCCTTGAGCATGATTCGAAAGGAAACAAAATCGCCTGGAAGTTTAATTTTGTTGGGAGAATCCTTG
GACCTAGAGGACTTACAGCCAAACAACTTGAAGCAGAAACCGGATGTAAAATCATGGTCCGAGGCAAAGGCTCAATGAGGGATAAAAAAA
AGGAGGAGCAAAATAGAGGCAAGCCCAATTGGGAGCATCTAAATGAAGATTTACATGTACTAATCACTGTGGAAGATGCTCAGAACAGAG
CAGAAATCAAATTGAAGAGAGCAGTTGAAGAAGTGAAGAAATTATTGGTACCTGCAGCAGAAGGAGAAGACAGCCTGAAGAAGATGCAGC
TGATGGAGCTTGCGATTCTGAATGGCACCTACAGAGATGCCAACATTAAATCACCAGCCCTTGCCTTTTCTCTTGCAGCAACAGCCCAGG
CTGCTCCAAGGATCATTACTGGGCCTGCGCCGGTTCTCCCACCAGCTGCCCTGCGTACTCCTACGCCAGCTGGCCCTACCATAATGCCTT
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TCATCCTCTCAAGCCAACTGCAGCTGGAAAGTGCTGCTTATCCTCCACCCCCAGAAAATGCATGTATCAATATGAGAATAAAGAACGCAC
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MVAEKETLSLNKCPDKMPKRTKLLAQQPLPVHQPHSLVSEGFTVKAMMKNSVVRGPPAAGAFKERPTKPTAFRKFYERGDFPIALEHDSK
GNKIAWKAEGEDSLKKMQLMELAILNGTYRDANIKSPALAFSLAATAQAAPRIITGPAPVLPPAALRTPTPAGPTIMPLIRQIQTAVMPN

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Fusion Gene PPI Analysis for PACRG-QKI


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160)
HgeneHgene's interactorsTgeneTgene's interactors


check button - Retained PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost PPIs in in-frame fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


check button - Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


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Related Drugs for PACRG-QKI


check button Drugs targeting genes involved in this fusion gene.
(DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08)
PartnerGeneUniProtAccDrugBank IDDrug nameDrug activityDrug typeDrug status

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Related Diseases for PACRG-QKI


check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource