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Fusion Gene Summary | |
Fusion Gene ORF analysis | |
Fusion Genomic Features | |
Fusion Protein Features | |
Fusion Gene Sequence | |
Fusion Gene PPI analysis | |
Related Drugs | |
Related Diseases |
Fusion gene:PDCD6-FRS2 (FusionGDB2 ID:63610) |
Fusion Gene Summary for PDCD6-FRS2 |
Fusion gene summary |
Fusion gene information | Fusion gene name: PDCD6-FRS2 | Fusion gene ID: 63610 | Hgene | Tgene | Gene symbol | PDCD6 | FRS2 | Gene ID | 10016 | 10818 |
Gene name | programmed cell death 6 | fibroblast growth factor receptor substrate 2 | |
Synonyms | ALG-2|ALG2|PEF1B | FRS1A|FRS2A|FRS2alpha|SNT|SNT-1|SNT1 | |
Cytomap | 5p15.33 | 12q15 | |
Type of gene | protein-coding | protein-coding | |
Description | programmed cell death protein 6apoptosis-linked gene 2 proteinapoptosis-linked gene 2 protein homologprobable calcium-binding protein ALG-2 | fibroblast growth factor receptor substrate 2FGFR signalling adaptorFGFR substrate 2FGFR-signaling adaptor SNTepididymis secretory sperm binding proteinsuc1-associated neurotrophic factor target 1 | |
Modification date | 20200313 | 20200313 | |
UniProtAcc | O75340 | Q8WU20 | |
Ensembl transtripts involved in fusion gene | ENST00000264933, ENST00000505221, ENST00000507528, ENST00000509581, ENST00000511482, | ENST00000299293, ENST00000397997, ENST00000549921, ENST00000550389, | |
Fusion gene scores | * DoF score | 3 X 2 X 4=24 | 20 X 11 X 7=1540 |
# samples | 4 | 20 | |
** MAII score | log2(4/24*10)=0.736965594166206 effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (eGinPCFGs). DoF>8 and MAII>0 | log2(20/1540*10)=-2.94485844580754 possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs). DoF>8 and MAII<0 | |
Context | PubMed: PDCD6 [Title/Abstract] AND FRS2 [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract] | ||
Most frequent breakpoint | PDCD6(272887)-FRS2(69965056), # samples:3 | ||
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event. |
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types ** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10) |
Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez |
Partner | Gene | GO ID | GO term | PubMed ID |
Hgene | PDCD6 | GO:0001938 | positive regulation of endothelial cell proliferation | 21893193 |
Hgene | PDCD6 | GO:0006886 | intracellular protein transport | 21122810 |
Hgene | PDCD6 | GO:0010595 | positive regulation of endothelial cell migration | 21893193 |
Hgene | PDCD6 | GO:0030948 | negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway | 21893193 |
Hgene | PDCD6 | GO:0032007 | negative regulation of TOR signaling | 21893193 |
Hgene | PDCD6 | GO:0034605 | cellular response to heat | 21122810 |
Hgene | PDCD6 | GO:0036324 | vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway | 21893193 |
Hgene | PDCD6 | GO:0043280 | positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process | 16132846 |
Hgene | PDCD6 | GO:0045766 | positive regulation of angiogenesis | 21893193 |
Hgene | PDCD6 | GO:0051898 | negative regulation of protein kinase B signaling | 21893193 |
Fusion gene breakpoints across PDCD6 (5'-gene) * Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window. |
Fusion gene breakpoints across FRS2 (3'-gene) * Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window. |
Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0) * All genome coordinats were lifted-over on hg19. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
Source | Disease | Sample | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
ChimerDB4 | SARC | TCGA-DX-A2IZ-01A | PDCD6 | chr5 | 272887 | - | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
ChimerDB4 | SARC | TCGA-DX-A2IZ-01A | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
Top |
Fusion Gene ORF analysis for PDCD6-FRS2 |
Open reading frame (ORF) analsis of fusion genes based on Ensembl gene isoform structure. * Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser. |
ORF | Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand |
In-frame | ENST00000264933 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000264933 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000264933 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000264933 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000505221 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000505221 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000505221 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000505221 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000507528 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000507528 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000507528 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000507528 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000509581 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000509581 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000509581 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
In-frame | ENST00000509581 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
intron-3CDS | ENST00000511482 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
intron-3CDS | ENST00000511482 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
intron-3CDS | ENST00000511482 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
intron-3CDS | ENST00000511482 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + |
ORFfinder result based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. |
Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand | Seq length (transcript) | BP loci (transcript) | Predicted start (transcript) | Predicted stop (transcript) | Seq length (amino acids) |
ENST00000264933 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000299293 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6361 | 263 | 4 | 1536 | 510 |
ENST00000264933 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000549921 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 1546 | 263 | 4 | 1536 | 510 |
ENST00000264933 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000550389 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6364 | 263 | 4 | 1536 | 510 |
ENST00000264933 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000397997 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6361 | 263 | 4 | 1536 | 510 |
ENST00000505221 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000299293 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6335 | 237 | 20 | 1510 | 496 |
ENST00000505221 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000549921 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 1520 | 237 | 20 | 1510 | 496 |
ENST00000505221 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000550389 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6338 | 237 | 20 | 1510 | 496 |
ENST00000505221 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000397997 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6335 | 237 | 20 | 1510 | 496 |
ENST00000509581 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000299293 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6325 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000509581 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000549921 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 1510 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000509581 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000550389 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6328 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000509581 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000397997 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6325 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000507528 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000299293 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6325 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000507528 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000549921 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 1510 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000507528 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000550389 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6328 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
ENST00000507528 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | ENST00000397997 | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 6325 | 227 | 10 | 1500 | 496 |
DeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated. |
Henst | Tenst | Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand | No-coding score | Coding score |
ENST00000264933 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000127401 | 0.99987257 |
ENST00000264933 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.003142291 | 0.99685764 |
ENST00000264933 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000127329 | 0.9998727 |
ENST00000264933 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000127401 | 0.99987257 |
ENST00000505221 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000923952 | 0.999076 |
ENST00000505221 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.010821684 | 0.9891783 |
ENST00000505221 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000925398 | 0.9990746 |
ENST00000505221 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000923952 | 0.999076 |
ENST00000509581 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000931263 | 0.9990688 |
ENST00000509581 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.010460938 | 0.9895391 |
ENST00000509581 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000932752 | 0.99906725 |
ENST00000509581 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000931263 | 0.9990688 |
ENST00000507528 | ENST00000299293 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000931263 | 0.9990688 |
ENST00000507528 | ENST00000549921 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.010460938 | 0.9895391 |
ENST00000507528 | ENST00000550389 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000932752 | 0.99906725 |
ENST00000507528 | ENST00000397997 | PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965056 | + | 0.000931263 | 0.9990688 |
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Fusion Genomic Features for PDCD6-FRS2 |
FusionAI prediction of the potential fusion gene breakpoint based on the pre-mature RNA sequence context (+/- 5kb of individual partner genes, total 20kb length sequence). FusionAI is a fusion gene breakpoint classifier based on convolutional neural network by comparing the fusion positive and negative sequence context of ~ 20K fusion gene data. From here, we can have the relative potentency of the 20K genomic sequence how individual sequnce will be likely used as the gene fusion breakpoints. |
Hgene | Hchr | Hbp | Hstrand | Tgene | Tchr | Tbp | Tstrand | 1-p | p (fusion gene breakpoint) |
PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965055 | + | 0.000195869 | 0.9998042 |
PDCD6 | chr5 | 272887 | + | FRS2 | chr12 | 69965055 | + | 0.000195869 | 0.9998042 |
Distribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions. We integrated a total of 44 different types of human genomic feature loci information across five big categories including virus integration sites, repeats, structural variants, chromatin states, and gene expression regulation. More details are in help page. |
Distribution of 44 human genomic features loci across 20kb length fusion breakpoint regions that are ovelapped with the top 1% feature importance score regions. More details are in help page. |
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Fusion Protein Features for PDCD6-FRS2 |
Four levels of functional features of fusion genes Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr5:272887/chr12:69965056) - FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels. - How to search 1. Put your fusion gene symbol. 2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled. 4. Go down and press 'Search' tab twice. 4. Go down to have the hyperlink of the search result. 5. Click the hyperlink. 6. See the FGviewer result for your fusion gene. |
Main function of each fusion partner protein. (from UniProt) |
Hgene | Tgene |
PDCD6 | FRS2 |
FUNCTION: Calcium sensor that plays a key role in processes such as endoplasmic reticulum (ER)-Golgi vesicular transport, endosomal biogenesis or membrane repair. Acts as an adapter that bridges unrelated proteins or stabilizes weak protein-protein complexes in response to calcium: calcium-binding triggers exposure of apolar surface, promoting interaction with different sets of proteins thanks to 3 different hydrophobic pockets, leading to translocation to membranes (PubMed:20691033, PubMed:25667979). Involved in ER-Golgi transport by promoting the association between PDCD6IP and TSG101, thereby bridging together the ESCRT-III and ESCRT-I complexes (PubMed:19520058). Together with PEF1, acts as calcium-dependent adapter for the BCR(KLHL12) complex, a complex involved in ER-Golgi transport by regulating the size of COPII coats (PubMed:27716508). In response to cytosolic calcium increase, the heterodimer formed with PEF1 interacts with, and bridges together the BCR(KLHL12) complex and SEC31 (SEC31A or SEC31B), promoting monoubiquitination of SEC31 and subsequent collagen export, which is required for neural crest specification (PubMed:27716508). Involved in the regulation of the distribution and function of MCOLN1 in the endosomal pathway (PubMed:19864416). Promotes localization and polymerization of TFG at endoplasmic reticulum exit site (PubMed:27813252). Required for T-cell receptor-, Fas-, and glucocorticoid-induced apoptosis (By similarity). May mediate Ca(2+)-regulated signals along the death pathway: interaction with DAPK1 can accelerate apoptotic cell death by increasing caspase-3 activity (PubMed:16132846). Its role in apoptosis may however be indirect, as suggested by knockout experiments (By similarity). May inhibit KDR/VEGFR2-dependent angiogenesis; the function involves inhibition of VEGF-induced phosphorylation of the Akt signaling pathway (PubMed:21893193). In case of infection by HIV-1 virus, indirectly inhibits HIV-1 production by affecting viral Gag expression and distribution (PubMed:27784779). {ECO:0000250|UniProtKB:P12815, ECO:0000269|PubMed:16132846, ECO:0000269|PubMed:19520058, ECO:0000269|PubMed:19864416, ECO:0000269|PubMed:20691033, ECO:0000269|PubMed:21893193, ECO:0000269|PubMed:25667979, ECO:0000269|PubMed:27716508, ECO:0000269|PubMed:27784779, ECO:0000269|PubMed:27813252}.; FUNCTION: [Isoform 2]: Has a lower Ca(2+) affinity than isoform 1 (By similarity). {ECO:0000250|UniProtKB:P12815}. | FUNCTION: Adapter protein that links activated FGR and NGF receptors to downstream signaling pathways. Plays an important role in the activation of MAP kinases and in the phosphorylation of PIK3R1, the regulatory subunit of phosphatidylinositol 3-kinase, in response to ligand-mediated activation of FGFR1. Modulates signaling via SHC1 by competing for a common binding site on NTRK1. {ECO:0000269|PubMed:12974390, ECO:0000269|PubMed:21765395}. |
Retention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at * Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS. |
- In-frame and retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 36_47 | 54 | 192.0 | Calcium binding | 1 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 36_47 | 54 | 70.0 | Calcium binding | 1 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 36_47 | 54 | 190.0 | Calcium binding | 1 |
- In-frame and not-retained protein feature among the 13 regional features. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Protein feature | Protein feature note |
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Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 73_84 | 54 | 192.0 | Calcium binding | 2 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 103_114 | 54 | 70.0 | Calcium binding | 3 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 73_84 | 54 | 70.0 | Calcium binding | 2 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 103_114 | 54 | 190.0 | Calcium binding | 3 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 73_84 | 54 | 190.0 | Calcium binding | 2 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 126_161 | 54 | 192.0 | Domain | EF-hand 4 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 162_191 | 54 | 192.0 | Domain | EF-hand 5 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 23_58 | 54 | 192.0 | Domain | EF-hand 1 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 59_89 | 54 | 192.0 | Domain | EF-hand 2 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000264933 | + | 2 | 6 | 90_125 | 54 | 192.0 | Domain | EF-hand 3 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 126_161 | 54 | 70.0 | Domain | EF-hand 4 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 162_191 | 54 | 70.0 | Domain | EF-hand 5 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 23_58 | 54 | 70.0 | Domain | EF-hand 1 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 59_89 | 54 | 70.0 | Domain | EF-hand 2 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000505221 | + | 2 | 4 | 90_125 | 54 | 70.0 | Domain | EF-hand 3 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 126_161 | 54 | 190.0 | Domain | EF-hand 4 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 162_191 | 54 | 190.0 | Domain | EF-hand 5 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 23_58 | 54 | 190.0 | Domain | EF-hand 1 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 59_89 | 54 | 190.0 | Domain | EF-hand 2 |
Hgene | PDCD6 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000507528 | + | 2 | 6 | 90_125 | 54 | 190.0 | Domain | EF-hand 3 |
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Tgene | FRS2 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000397997 | 4 | 8 | 13_115 | 84 | 509.0 | Domain | IRS-type PTB | |
Tgene | FRS2 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000549921 | 5 | 9 | 13_115 | 84 | 509.0 | Domain | IRS-type PTB | |
Tgene | FRS2 | chr5:272887 | chr12:69965056 | ENST00000550389 | 3 | 7 | 13_115 | 84 | 509.0 | Domain | IRS-type PTB |
Top |
Fusion Gene Sequence for PDCD6-FRS2 |
For in-frame fusion transcripts, we provide the fusion transcript sequences and fusion amino acid sequences. To have fusion amino acid sequence, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones. |
>63610_63610_1_PDCD6-FRS2_PDCD6_chr5_272887_ENST00000264933_FRS2_chr12_69965056_ENST00000299293_length(transcript)=6361nt_BP=263nt GATAATGCCAGGCCCTGCCCCCGGCAGAGGCGGAAGCGGAGTCGGCCTGAGAGGTCTCTCGTCGCTGCAGGCGCCTCAGCCCAGCCGCGT GCCTTGGCCCATGGCCGCCTACTCTTACCGCCCCGGCCCTGGGGCCGGCCCTGGGCCTGCTGCAGGCGCGGCGCTGCCGGACCAGAGCTT CCTGTGGAACGTTTTCCAGAGGGTCGATAAAGACAGGAGTGGAGTGATATCAGACACCGAGCTTCAGCAAGCTCTCTCCAACGGAATCTT TGCCTTTAAGTGTGCCCGTGCAGAAGAATTATTTAACATGTTGCAAGAGATTATGCAAAATAATAGTATAAATGTGGTGGAAGAGCCAGT TGTAGAAAGAAATAATCATCAGACAGAATTGGAAGTCCCTAGAACACCTCGAACACCTACAACTCCAGGATTTGCTGCTCAGAACTTACC TAATGGATATCCCCGATATCCCTCATTTGGAGATGCTTCATCCCATCCGTCAAGCAGACATCCTTCTGTGGGAAGTGCTCGCCTGCCTTC AGTAGGGGAAGAATCTACACATCCTTTGCTTGTGGCTGAGGAACAAGTACATACCTATGTCAACACTACAGGTGTGCAAGAAGAGCGGAA AAACCGCACAAGTGTGCATGTTCCATTGGAGGCGAGGGTTTCTAACGCTGAAAGCAGCACACCAAAAGAAGAACCAAGTAGTATTGAGGA CAGGGATCCTCAGATTCTTCTTGAACCTGAAGGAGTCAAATTTGTTTTAGGGCCAACCCCTGTTCAAAAGCAGTTAATGGAAAAAGAGAA ACTGGAGCAACTTGGAAGAGATCAAGTTAGTGGAAGTGGAGCAAATAACACAGAATGGGACACTGGCTATGACAGTGATGAACGAAGAGA TGCACCCTCTGTTAACAAACTGGTGTATGAAAATATAAATGGGCTATCTATCCCTAGTGCCTCAGGGGTCAGGAGAGGTCGTCTGACATC CACCAGTACCTCAGATACCCAGAATATCAACAACTCAGCTCAGAGAAGAACTGCATTATTAAACTATGAAAATCTACCATCTTTGCCTCC TGTTTGGGAAGCCCGCAAGCTAAGTAGGGATGAAGATGACAATTTAGGACCAAAGACCCCATCTCTAAATGGCTACCATAATAATCTAGA TCCAATGCATAACTATGTAAATACAGAGAATGTAACAGTGCCAGCAAGTGCTCACAAAATAGAATATTCAAGGCGTCGGGACTGTACACC AACAGTCTTTAACTTTGATATCAGACGCCCAAGTTTAGAACACAGGCAGCTTAATTACATACAGGTTGACTTGGAAGGTGGCAGTGACTC TGACAACCCTCAGACTCCAAAAACGCCTACAACTCCCCTTCCACAAACCCCTACCAGGCGCACAGAGCTGTATGCCGTGATAGACATCGA GAGAACTGCTGCTATGTCAAATTTGCAGAAAGCACTGCCACGAGATGATGGTACATCTAGGAAAACTAGACACAATAGTACTGATCTGCC CATGTGAGCCTGGAAAGCATTGTGTTGTTTGCACCTTTGTGAAGTTTTTAAAAATGAAGATGCAAGTGCTTCATTTTCATTTCTAAACAC TAACTCCTTTTATAGACTGATAAAATTTTTTTCTGAATATTTCATGTGCATCTTTAACTAAAGGGAATTAATGTAGAGCAGGTACTCCTT AAAGAACACTAATTTCATTATATACTACTCGTTGTACAGCAGCATTCCCGTTTTCACAGTGCCTATTTAAAATGAGAGTTGAAGTAAATG ACATGCTGGTTGATTTTTATCAATATTCTGGACTTAACGCATACCTTTCATGTCTAAGTCATGGTTGGCTTTTAAAACTTTTTATAAAGC CTCTTGACAATGTACATTGCTAACAGGTAACTATAGGCTTTGAAAGTAATGCTCGTAGATTCAGTGTTCACAGTATGTGGCCTCCAGCAT GTAACATGAGGAATCCTTTATTTCATTAATTAATGGCTTTTTGACTTGAGCCAAAACATATGTAAAGGAAACAGAAGTACCGCACCTCCT CTTACACCAGTCAGCTCCTTTGCCTTCAGTGTTACTAGAAAGCGGCCTGTGTCCATGAGTGTGCTTTGCTGTTGGTGCACTGAAAGGCAG GAAGGAGACAAGATTTTCTATTTACTCATCTCATGATGTCATTTGAAGGGCATGTCCAGATATCTTAAAATTATAATAGGCTCAAGAATC AGTCTCAGGTCACTTTACCCAAAAACATTTGAAAATCTGAACCACAATCTCCTGAAAGTTTTTCTCCTATAGATTGTTGACAACACATTG TTTTCTGGAGGCATTTGTGCCATTAGGTTTCCATTTATCTTCAGTTTTTTTCTTTGGTGTTTGGGATGTCTTATTTTGTTGCCTTATGTC CTTTTCAATTTAAAATGTTTGAGTTTGTATATAGTTTTGAAATTGGATTATGTGTTCATTGTTGTTTAGTTTGCATTTTTGTCAAATTAT GGTTTTGAAGGTTCATTTGGAACTTACTGTTAGTCTGTAACAGGGTTGCCCTTGTCCAGTATTTATTTATAAGCTGTTTACTTTTCAAGT TGATAAAAACATTCTCCAATTCTAAATTTGCTTGTGTCCATAGGTGATCTCTTTAGCAAACTGAGAAAAAAAGGAAGCTACTTTTAACAT GCAAAGTTCCCTCAAGGTGTACCGTGTTGTCTCTGTGGGCACTCTTCCCCAGCACTTTAGCAGTAATTCCCCCAGCTACACGCTGCAGTT GTACTCTGCCCACTCTAGTGTTCCTCAGCTCTGCTGTCCTTTTACTTGTAGCTGGATCTTTGATTATCCTTCGATTTCCATGAAATATTA ATATTGTTGCCAGCATAGCAGGTACAGTGGAAGTCTTGTAGCAGTGAGATTGTATCATAATTTAGGATTTAAAATGAATTAAAGTTTATA TAAACTGAAGAGTCTCCATATGTCAAACTCTTGGAAAATCAAAGATGTTCCAATTTCCTAAACACTAGAGAATACGAGAGAAGGTAGAGT GGAAAAGGTTAGGTAACCTTGCAAAATATTTTACTATTTTCTCTAAATATGAGGAAGTTTGAGATTATGATCTGGATCTACCAGATATAA CTAAGGTTAATTTAGCATGAAAAAGTTTTAGTCATATTGGCATCCAACCTATTCAGTAACCGAATCATAGGACAATGATGGATTAGGAGA ACAATAGAGTGGGATCATTATAAAGAAAATAAATTATTAAAGGTGTCTTTATCGTTTTAGTGCCATTTTTAGTGTCTTTACTATAAATCA ATATCAGTGTATTTTATCATTCTATGTGCATAGCAGAATTTTCTTTTCTCCCTTTTGTTCCCCTGTGAACTTGGTGCTTATTAAAGTGCT CACTGTTCTCTTAAAAGAGAGCAGTGGTATAGGTGTGCAGTTTCCATGATGCAGGTTCCATTTTTAATATATTGTTCCACTTATCCTTTC TTCTGAGTAAATTGCTAATTGTGCCAAATTTATGTAATAGTTTTTGTAATGTGGAATAAGAATTATGATGGAACCATTGCACATTTTTTT CTGAAACAGCCAGTCAAGGCAGAACATTAATCTCCAAATGCAAGGGCTGATCTATTTATTCATTTTGGAGGTTGGGTACTTTATTCTTTC TTTCCGTCATCCTTTTCATTGTTTCCCCCGGATTCTAATTAGTTTTTATTTTTTTTAGATAACTCCAATATAATCATTACAGTTTATGCT TTAAATACTATGTGCTTTAAAAAGGAAAATGGGACCAATTTGTCTGCTAAGAATTTGATTTTAGGTACTATAAGAGTATTAGGAAAATAT ATACAACTGGTGTTAATTTCTAGATATTTTCTAGAAATCACTTGTGTTCCTATTTAATAAAAGGTAATTTAGAATACTACTTGTCCTTTG CAGTAGTTTAGTAATGGGCATTAAGCTGTGTCCTCGAAGGATGTACCTATTACTAGGTGCATTTTAGAATGAAATATTGATATTTTATTA GCATATAATTGTGGCCATATATCTCAGATTTTCTGAGGCAGATCTAATTTTAGATAATTCTGTTGGTAGACCATGTGATCCTTCTTTTTG GTTTTGGAAATATAATCATTGTTAATGTTTTCCCTCCAAATAGAATACTGTTTTATCCATACAAATCATAACAGCATCTATCCCATGCTA GGGTTGGAAACTGATATTGGTATTACTTGTGTTTTTTCTTAGTGTGTTTTATTTCCCAGTTTCATCTTCTTCTAAAAATGAAAATATGGT GCCTTCCCTCCCTCCAGGAAGACTGGCAAATATTTCCTTTTATTTACTGCTGCTGTGGAGTGATGAGATATGCACTTTACTCTTTAAGAT TCAGCAAAAAGCTTTTCACTTCTCAGTATATCCAGAATACATCATATCTGGGACTTAGGAAAATTTGCCAAGCAATCTTTGTTTTTATAG ATACTAATGTTGACCCTCTCCAGCGTTCAATGTTATAAATAGAACAAGTCAAGCTAGTGTTTATCTCCTCCCCCTCCCCAAAACTGTGGC ACAGCATATAAAAATGTACCTCAATAATGTTCTATTAAAAATGGGACAGGGGCCTTATGTTTTCATAATTTCCCAACAATGTGCCGCCAT ATTTTTGCCTCAAGGTAAAGGTTTTAACAGATGAAAAAGTACTTCCCAATTCCCCCGTGCTATTCCTAACCTATAATGCCCAAATGTTTT GTGCAATGTGTAGTGTGTGTGTATAAATACATATATTCTTGAAATAGACATACCATCAGAGACATCATTCACAAGTAACTGATGTATTGG CATCTCATTCATATTTCTGATGTGTGAGGTATATGGTACTAATTACCTTTTCCTTGATGTTTGCCAAATTTGAATAAAGGCATTGGTACG AAATTACAGAATGTAAAGAAAATGTTTTTGGCTTGAAAAATTAACATATTTTATGACGTACCACAGTATACTCTGCCCAAACCAGCACCC TATCTATCTTTCCTGTTCTTTACATCCCTGTTCCCCATCCCTACTTCCTCATTTTTGGTATAACACAGTTCTTTTGTAGCATCATTATAA TTGCAGTTCTATGGCAATTGGACAGTTATAGCATGGAAACAGACTGGTATAAGTAGTACAGTAGTCACCAGTGTGCCACATTTGCATTAG TAATGCAAAATATACATTTTATAAAGGACAAACTTTGTGTTATGTTTTATTTTCATTACATTGTATAATATTGTAAGACTATTGTATGTC CTAATTTGCATTATAAATGTTTTTTTCCTACGTAAAGGCATAAATATAGCAACTTTGTATAAAGGTAGCTTATTAGATTTTTAATTTTTT CTTTTATAAAAAATTGTCCAACAGTGGGACTACCATTGCCAAATTGTATATGAAATATGAATTTTACCCCCATGGTTAATTTCTTTTATA AACATTCCATATTTCTCTAATAAAAAGACATAAGTGATACTGTACTATGCATACATTGTATCTTAATGCTGTTTCAGATCAGCATTTTAA ATTTTGGTTTGCATTTTTAATATTGGCAAAACGTAACCACTGTTAATTAAAATAAAACCTTGTTGTATATGTAACAACATAATTTTCCCT CTATCCCTTCCCACCCTTTGTTCTCTATTTCTCCCTATCAGTGCCAACTTCATACATTTTGTAGCATGGCAATAAAATATAACTTTTACA CTGAGGCCGAGTGTGGCTTTTTGGAGGAAGTGGGGATGGGACGATTGCCCTCTAGTTGTCCTTTGCATATGACTGTTTTTTGCCATATAA GCCATGTCATCAGGCATGAAAAGTTTTCTCATATATGATGTAAACTTGCTTTTAAGGACAAGTGTGAATGTGCTTTTTAAGCTTAATTTT TGTCATGACAACTAATTTTTTTTATCTTTGGAGAAGTCAGAGTTCTTTACAATCAAACGTTTATTAACTGGAGTACTTAGAATAAGCTAG TAATTGAATTTAGTTCAAGGGCTAAGCAACACATTTTTAAATCCTTATTTATTGTAGAGTATTAGTATACTGTCCTACAAATTATGTAAA ATATGGTTTAATATTAGATGACTTTGGATTTTGCAATGCCTTACTGTTGTCATTCTAGCATAAATATCCATAATGAGGTACTCAAGTTGA TACTGGAAGCTGAGCTGATCATACACTGACCTGAAGCATTCATGAAAAGCTGCTTTATTGAATAAAGTCTGATTGGAGTTCTTTTCATGC >63610_63610_1_PDCD6-FRS2_PDCD6_chr5_272887_ENST00000264933_FRS2_chr12_69965056_ENST00000299293_length(amino acids)=510AA_BP=11 MPGPAPGRGGSGVGLRGLSSLQAPQPSRVPWPMAAYSYRPGPGAGPGPAAGAALPDQSFLWNVFQRVDKDRSGVISDTELQQALSNGIFA FKCARAEELFNMLQEIMQNNSINVVEEPVVERNNHQTELEVPRTPRTPTTPGFAAQNLPNGYPRYPSFGDASSHPSSRHPSVGSARLPSV GEESTHPLLVAEEQVHTYVNTTGVQEERKNRTSVHVPLEARVSNAESSTPKEEPSSIEDRDPQILLEPEGVKFVLGPTPVQKQLMEKEKL 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CATGTGAGCCTGGAAAGCATTGTGTTGTTTGCACCTTTGTGAAGTTTTTAAAAATGAAGATGCAAGTGCTTCATTTTCATTTCTAAACAC TAACTCCTTTTATAGACTGATAAAATTTTTTTCTGAATATTTCATGTGCATCTTTAACTAAAGGGAATTAATGTAGAGCAGGTACTCCTT AAAGAACACTAATTTCATTATATACTACTCGTTGTACAGCAGCATTCCCGTTTTCACAGTGCCTATTTAAAATGAGAGTTGAAGTAAATG ACATGCTGGTTGATTTTTATCAATATTCTGGACTTAACGCATACCTTTCATGTCTAAGTCATGGTTGGCTTTTAAAACTTTTTATAAAGC CTCTTGACAATGTACATTGCTAACAGGTAACTATAGGCTTTGAAAGTAATGCTCGTAGATTCAGTGTTCACAGTATGTGGCCTCCAGCAT GTAACATGAGGAATCCTTTATTTCATTAATTAATGGCTTTTTGACTTGAGCCAAAACATATGTAAAGGAAACAGAAGTACCGCACCTCCT CTTACACCAGTCAGCTCCTTTGCCTTCAGTGTTACTAGAAAGCGGCCTGTGTCCATGAGTGTGCTTTGCTGTTGGTGCACTGAAAGGCAG GAAGGAGACAAGATTTTCTATTTACTCATCTCATGATGTCATTTGAAGGGCATGTCCAGATATCTTAAAATTATAATAGGCTCAAGAATC AGTCTCAGGTCACTTTACCCAAAAACATTTGAAAATCTGAACCACAATCTCCTGAAAGTTTTTCTCCTATAGATTGTTGACAACACATTG TTTTCTGGAGGCATTTGTGCCATTAGGTTTCCATTTATCTTCAGTTTTTTTCTTTGGTGTTTGGGATGTCTTATTTTGTTGCCTTATGTC CTTTTCAATTTAAAATGTTTGAGTTTGTATATAGTTTTGAAATTGGATTATGTGTTCATTGTTGTTTAGTTTGCATTTTTGTCAAATTAT 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GPKTPSLNGYHNNLDPMHNYVNTENVTVPASAHKIEYSRRRDCTPTVFNFDIRRPSLEHRQLNYIQVDLEGGSDSDNPQTPKTPTTPLPQ -------------------------------------------------------------- >63610_63610_16_PDCD6-FRS2_PDCD6_chr5_272887_ENST00000509581_FRS2_chr12_69965056_ENST00000550389_length(transcript)=6328nt_BP=227nt CGGAGTCGGCCTGAGAGGTCTCTCGTCGCTGCAGGCGCCTCAGCCCAGCCGCGTGCCTTGGCCCATGGCCGCCTACTCTTACCGCCCCGG CCCTGGGGCCGGCCCTGGGCCTGCTGCAGGCGCGGCGCTGCCGGACCAGAGCTTCCTGTGGAACGTTTTCCAGAGGGTCGATAAAGACAG GAGTGGAGTGATATCAGACACCGAGCTTCAGCAAGCTCTCTCCAACGGAATCTTTGCCTTTAAGTGTGCCCGTGCAGAAGAATTATTTAA CATGTTGCAAGAGATTATGCAAAATAATAGTATAAATGTGGTGGAAGAGCCAGTTGTAGAAAGAAATAATCATCAGACAGAATTGGAAGT CCCTAGAACACCTCGAACACCTACAACTCCAGGATTTGCTGCTCAGAACTTACCTAATGGATATCCCCGATATCCCTCATTTGGAGATGC TTCATCCCATCCGTCAAGCAGACATCCTTCTGTGGGAAGTGCTCGCCTGCCTTCAGTAGGGGAAGAATCTACACATCCTTTGCTTGTGGC TGAGGAACAAGTACATACCTATGTCAACACTACAGGTGTGCAAGAAGAGCGGAAAAACCGCACAAGTGTGCATGTTCCATTGGAGGCGAG GGTTTCTAACGCTGAAAGCAGCACACCAAAAGAAGAACCAAGTAGTATTGAGGACAGGGATCCTCAGATTCTTCTTGAACCTGAAGGAGT CAAATTTGTTTTAGGGCCAACCCCTGTTCAAAAGCAGTTAATGGAAAAAGAGAAACTGGAGCAACTTGGAAGAGATCAAGTTAGTGGAAG TGGAGCAAATAACACAGAATGGGACACTGGCTATGACAGTGATGAACGAAGAGATGCACCCTCTGTTAACAAACTGGTGTATGAAAATAT AAATGGGCTATCTATCCCTAGTGCCTCAGGGGTCAGGAGAGGTCGTCTGACATCCACCAGTACCTCAGATACCCAGAATATCAACAACTC AGCTCAGAGAAGAACTGCATTATTAAACTATGAAAATCTACCATCTTTGCCTCCTGTTTGGGAAGCCCGCAAGCTAAGTAGGGATGAAGA TGACAATTTAGGACCAAAGACCCCATCTCTAAATGGCTACCATAATAATCTAGATCCAATGCATAACTATGTAAATACAGAGAATGTAAC AGTGCCAGCAAGTGCTCACAAAATAGAATATTCAAGGCGTCGGGACTGTACACCAACAGTCTTTAACTTTGATATCAGACGCCCAAGTTT AGAACACAGGCAGCTTAATTACATACAGGTTGACTTGGAAGGTGGCAGTGACTCTGACAACCCTCAGACTCCAAAAACGCCTACAACTCC CCTTCCACAAACCCCTACCAGGCGCACAGAGCTGTATGCCGTGATAGACATCGAGAGAACTGCTGCTATGTCAAATTTGCAGAAAGCACT GCCACGAGATGATGGTACATCTAGGAAAACTAGACACAATAGTACTGATCTGCCCATGTGAGCCTGGAAAGCATTGTGTTGTTTGCACCT TTGTGAAGTTTTTAAAAATGAAGATGCAAGTGCTTCATTTTCATTTCTAAACACTAACTCCTTTTATAGACTGATAAAATTTTTTTCTGA 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CCACTGTTAATTAAAATAAAACCTTGTTGTATATGTAACAACATAATTTTCCCTCTATCCCTTCCCACCCTTTGTTCTCTATTTCTCCCT ATCAGTGCCAACTTCATACATTTTGTAGCATGGCAATAAAATATAACTTTTACACTGAGGCCGAGTGTGGCTTTTTGGAGGAAGTGGGGA TGGGACGATTGCCCTCTAGTTGTCCTTTGCATATGACTGTTTTTTGCCATATAAGCCATGTCATCAGGCATGAAAAGTTTTCTCATATAT GATGTAAACTTGCTTTTAAGGACAAGTGTGAATGTGCTTTTTAAGCTTAATTTTTGTCATGACAACTAATTTTTTTTATCTTTGGAGAAG TCAGAGTTCTTTACAATCAAACGTTTATTAACTGGAGTACTTAGAATAAGCTAGTAATTGAATTTAGTTCAAGGGCTAAGCAACACATTT TTAAATCCTTATTTATTGTAGAGTATTAGTATACTGTCCTACAAATTATGTAAAATATGGTTTAATATTAGATGACTTTGGATTTTGCAA TGCCTTACTGTTGTCATTCTAGCATAAATATCCATAATGAGGTACTCAAGTTGATACTGGAAGCTGAGCTGATCATACACTGACCTGAAG CATTCATGAAAAGCTGCTTTATTGAATAAAGTCTGATTGGAGTTCTTTTCATGCTCACTTTCCCCTTATTGCTGAAAGTAGATTGCAATA >63610_63610_16_PDCD6-FRS2_PDCD6_chr5_272887_ENST00000509581_FRS2_chr12_69965056_ENST00000550389_length(amino acids)=496AA_BP=72 MRGLSSLQAPQPSRVPWPMAAYSYRPGPGAGPGPAAGAALPDQSFLWNVFQRVDKDRSGVISDTELQQALSNGIFAFKCARAEELFNMLQ 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Fusion Gene PPI Analysis for PDCD6-FRS2 |
Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in |
Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type (BIOGRID-3.4.160) |
Hgene | Hgene's interactors | Tgene | Tgene's interactors |
- Retained PPIs in in-frame fusion. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Still interaction with |
- Lost PPIs in in-frame fusion. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
- Retained PPIs, but lost function due to frame-shift fusion. |
Partner | Gene | Hbp | Tbp | ENST | Strand | BPexon | TotalExon | Protein feature loci | *BPloci | TotalLen | Interaction lost with |
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Related Drugs for PDCD6-FRS2 |
Drugs targeting genes involved in this fusion gene. (DrugBank Version 5.1.8 2021-05-08) |
Partner | Gene | UniProtAcc | DrugBank ID | Drug name | Drug activity | Drug type | Drug status |
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Related Diseases for PDCD6-FRS2 |
Diseases associated with fusion partners. (DisGeNet 4.0) |
Partner | Gene | Disease ID | Disease name | # pubmeds | Source |