UTHEALTH HOME    ABOUT SBMI    A-Z    WEBMAIL    INSIDE THE UNIVERSITY
FusionGDB Logo

Home

Download

Statistics

Examples

Help

Contact

Terms of Use
Center for Computational Systems Medicine level2
leaf

Fusion Gene Summary

leaf

Fusion Gene Sample Information

leaf

Fusion ORF Analysis

leaf

Fusion Amino Acid Sequences

leaf

Fusion Protein Functional Features

leaf

Fusion Protein Structure

leaf

pLDDT scores

leaf

Ramachandran Plot of Fusion Protein Structure

leaf

Fusion Protein-Protein Interaction

leaf

Related drugs with this fusion protein

leaf

Related disease with this fusion protein

Fusion Protein:GTF2IRD1-ZAN

Fusion Protein Summary

check button Fusion gene summary
Fusion partner gene informationFusion gene name: GTF2IRD1-ZAN
FusionPDB ID: 35258
FusionGDB2.0 ID: 35258
HgeneTgene
Gene symbol

GTF2IRD1

ZAN

Gene ID

9569

7455

Gene nameGTF2I repeat domain containing 1zonadhesin (gene/pseudogene)
SynonymsBEN|CREAM1|GTF3|MUSTRD1|RBAP2|WBS|WBSCR11|WBSCR12|hMusTRD1alpha1-
Cytomap

7q11.23

7q22.1

Type of geneprotein-codingprotein-coding
Descriptiongeneral transcription factor II-I repeat domain-containing protein 1USE B1-binding proteinWilliams-Beuren syndrome chromosome region 11binding factor for early enhancergeneral transcription factor 3general transcription factor IIImuscle TFII-I repeazonadhesin
Modification date2020031320200313
UniProtAcc

Q9UHL9

.
Ensembl transtripts involved in fusion geneENST idsENST00000489094, ENST00000265755, 
ENST00000424337, ENST00000455841, 
ENST00000476977, 		ENST00000348028, 
ENST00000349350, ENST00000421100, 
ENST00000427578, ENST00000443370, 
ENST00000449052, ENST00000538115, 
ENST00000542585, ENST00000546213, 
ENST00000546292, 
Fusion gene scores for assessment (based on all fusion genes of FusionGDB 2.0)* DoF score11 X 6 X 9=5947 X 9 X 4=252
# samples 129
** MAII scorelog2(12/594*10)=-2.30742852519225
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0		log2(9/252*10)=-1.48542682717024
possibly effective Gene in Pan-Cancer Fusion Genes (peGinPCFGs).
DoF>8 and MAII<0
Context (manual curation of fusion genes in FusionPDB)

PubMed: GTF2IRD1 [Title/Abstract] AND ZAN [Title/Abstract] AND fusion [Title/Abstract]

Most frequent breakpoint (based on all fusion genes of FusionGDB 2.0)GTF2IRD1(73953090)-ZAN(100389588), # samples:3
Anticipated loss of major functional domain due to fusion event.GTF2IRD1-ZAN seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
GTF2IRD1-ZAN seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a CGC by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
GTF2IRD1-ZAN seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
GTF2IRD1-ZAN seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene by not retaining the major functional domain in the partially deleted in-frame ORF.
GTF2IRD1-ZAN seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a essential gene due to the frame-shifted ORF.
GTF2IRD1-ZAN seems lost the major protein functional domain in Hgene partner, which is a transcription factor due to the frame-shifted ORF.
* DoF score (Degree of Frequency) = # partners X # break points X # cancer types
** MAII score (Major Active Isofusion Index) = log2(# samples/DoF score*10)

check button Gene ontology of each fusion partner gene with evidence of Inferred from Direct Assay (IDA) from Entrez
PartnerGeneGO IDGO termPubMed ID

check buttonFusion gene breakpoints across GTF2IRD1 (5'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure

check buttonFusion gene breakpoints across ZAN (3'-gene)
* Click on the image to open the UCSC genome browser with custom track showing this image in a new window.
all structure


Top

Fusion Gene Sample Information

check buttonFusion gene information from FusionGDB2.0.
check button Fusion gene information from two resources (ChiTars 5.0 and ChimerDB 4.0)
* All genome coordinats were lifted-over on hg19.
* Click on the break point to see the gene structure around the break point region using the UCSC Genome Browser.
SourceDiseaseSampleHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrand
ChimerDB4LUADTCGA-49-AAR0-01AGTF2IRD1chr7

73953090

-ZANchr7

100389588

+
ChimerDB4LUADTCGA-49-AAR0-01AGTF2IRD1chr7

73953090

+ZANchr7

100389588

+
ChimerDB4LUADTCGA-49-AAR0GTF2IRD1chr7

73953090

+ZANchr7

100389588

+


Top

Fusion ORF Analysis


check buttonFusion information from ORFfinder translation from full-length transcript sequence from FusionPDB.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandSeq length
(transcript)		BP loci
(transcript)		Predicted start
(transcript)		Predicted stop
(transcript)		Seq length
(amino acids)
ENST00000265755GTF2IRD1chr773953090+ENST00000546213ZANchr7100389588+276419213302699789
ENST00000455841GTF2IRD1chr773953090+ENST00000546213ZANchr7100389588+268018371502615821
ENST00000424337GTF2IRD1chr773953090+ENST00000546213ZANchr7100389588+24451602112380789
ENST00000476977GTF2IRD1chr773953090+ENST00000546213ZANchr7100389588+4062321916913997768

check buttonDeepORF prediction of the coding potential based on the fusion transcript sequence of in-frame fusion genes. DeepORF is a coding potential classifier based on convolutional neural network by comparing the real Ribo-seq data. If the no-coding score < 0.5 and coding score > 0.5, then the in-frame fusion transcript is predicted as being likely translated.
HenstTenstHgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandNo-coding scoreCoding score
ENST00000265755ENST00000546213GTF2IRD1chr773953090+ZANchr7100389588+0.0261593370.97384065
ENST00000455841ENST00000546213GTF2IRD1chr773953090+ZANchr7100389588+0.0203566720.9796433
ENST00000424337ENST00000546213GTF2IRD1chr773953090+ZANchr7100389588+0.0271242450.97287583
ENST00000476977ENST00000546213GTF2IRD1chr773953090+ZANchr7100389588+0.027718260.97228175

Top

Fusion Amino Acid Sequences


check button For individual full-length fusion transcript sequence from FusionPDB, we ran ORFfinder and chose the longest ORF among the all predicted ones.
>FusionGDB ID_FusionGDB isoform ID_FGname_Hgene_Hchr_Hbp_Henst_Tgene_Tchr_Tbp_Tenst_length(fusion AA) seq_BP

>35258_35258_1_GTF2IRD1-ZAN_GTF2IRD1_chr7_73953090_ENST00000265755_ZAN_chr7_100389588_ENST00000546213_length(amino acids)=789AA_BP=530
MAAGRGRGAAGRSAWGSSKATMALLGKRCDVPTNGCGPDRWNSAFTRKDEIITSLVSALDSMCSALSKLNAEVACVAVHDESAFVVGTEK
GRMFLNARKELQSDFLRFCRGPPWKDPEAEHPKKVQRGEGGGRSLPRSSLEHGSDVYLLRKMVEEVFDVLYSEALGRASVVPLPYERLLR
EPGLLAVQGLPEGLAFRRPAEYDPKALMAILEHSHRIRFKLKRPLEDGGRDSKALVELNGVSLIPKGSRDCGLHGQAPKVPPQDLPPTAT
SSSMASFLYSTALPNHAIRELKQEAPSCPLAPSDLGLSRPMPEPKATGAQDFSDCCGQKPTGPGGPLIQNVHASKRILFSIVHDKSEKWD
AFIKETEDINTLRECVQILFNSRYAEALGLDHMVPVPYRKIACDPEAVEIVGIPDKIPFKRPCTYGVPKLKRILEERHSIHFIIKRMFDE
RIFTGNKFTKDTTKLEPASPPEDTSAEVSRATVLDLAGNARSDKGSMSEDCGPGTSGELGGLRPIKIEPEDLDIIQVTVPGLYQRRRRDK
GRSWASARASKCPNVARSSWRATAPRPVGCWQTPRAPLLPVTRRWPQSPSKSTACWICALLRTQESKRSCVARSSVGTPSSARRRALPWL
AGGTAPSALGSSFLTEDCSQRCTCASSRILLCEPFSCRAGEVCTLGNHTQGCFPESPCLQNPCQNDGQCREQGATFTCECEVGYGGGLCM

--------------------------------------------------------------

>35258_35258_2_GTF2IRD1-ZAN_GTF2IRD1_chr7_73953090_ENST00000424337_ZAN_chr7_100389588_ENST00000546213_length(amino acids)=789AA_BP=530
MAAGRGRGAAGRSAWGSSKATMALLGKRCDVPTNGCGPDRWNSAFTRKDEIITSLVSALDSMCSALSKLNAEVACVAVHDESAFVVGTEK
GRMFLNARKELQSDFLRFCRGPPWKDPEAEHPKKVQRGEGGGRSLPRSSLEHGSDVYLLRKMVEEVFDVLYSEALGRASVVPLPYERLLR
EPGLLAVQGLPEGLAFRRPAEYDPKALMAILEHSHRIRFKLKRPLEDGGRDSKALVELNGVSLIPKGSRDCGLHGQAPKVPPQDLPPTAT
SSSMASFLYSTALPNHAIRELKQEAPSCPLAPSDLGLSRPMPEPKATGAQDFSDCCGQKPTGPGGPLIQNVHASKRILFSIVHDKSEKWD
AFIKETEDINTLRECVQILFNSRYAEALGLDHMVPVPYRKIACDPEAVEIVGIPDKIPFKRPCTYGVPKLKRILEERHSIHFIIKRMFDE
RIFTGNKFTKDTTKLEPASPPEDTSAEVSRATVLDLAGNARSDKGSMSEDCGPGTSGELGGLRPIKIEPEDLDIIQVTVPGLYQRRRRDK
GRSWASARASKCPNVARSSWRATAPRPVGCWQTPRAPLLPVTRRWPQSPSKSTACWICALLRTQESKRSCVARSSVGTPSSARRRALPWL
AGGTAPSALGSSFLTEDCSQRCTCASSRILLCEPFSCRAGEVCTLGNHTQGCFPESPCLQNPCQNDGQCREQGATFTCECEVGYGGGLCM

--------------------------------------------------------------

>35258_35258_3_GTF2IRD1-ZAN_GTF2IRD1_chr7_73953090_ENST00000455841_ZAN_chr7_100389588_ENST00000546213_length(amino acids)=821AA_BP=562
MAAGRGRGAAGRSAWGSSKATMALLGKRCDVPTNGCGPDRWNSAFTRKDEIITSLVSALDSMCSALSKLNAEVACVAVHDESAFVVGTEK
GRMFLNARKELQSDFLRFCLSAAQHRAATSQLEGRVVRRVLTVASRALCPTGGPPWKDPEAEHPKKVQRGEGGGRSLPRSSLEHGSDVYL
LRKMVEEVFDVLYSEALGRASVVPLPYERLLREPGLLAVQGLPEGLAFRRPAEYDPKALMAILEHSHRIRFKLKRPLEDGGRDSKALVEL
NGVSLIPKGSRDCGLHGQAPKVPPQDLPPTATSSSMASFLYSTALPNHAIRELKQEAPSCPLAPSDLGLSRPMPEPKATGAQDFSDCCGQ
KPTGPGGPLIQNVHASKRILFSIVHDKSEKWDAFIKETEDINTLRECVQILFNSRYAEALGLDHMVPVPYRKIACDPEAVEIVGIPDKIP
FKRPCTYGVPKLKRILEERHSIHFIIKRMFDERIFTGNKFTKDTTKLEPASPPEDTSAEVSRATVLDLAGNARSDKGSMSEDCGPGTSGE
LGGLRPIKIEPEDLDIIQVTVPGLYQRRRRDKGRSWASARASKCPNVARSSWRATAPRPVGCWQTPRAPLLPVTRRWPQSPSKSTACWIC
ALLRTQESKRSCVARSSVGTPSSARRRALPWLAGGTAPSALGSSFLTEDCSQRCTCASSRILLCEPFSCRAGEVCTLGNHTQGCFPESPC
LQNPCQNDGQCREQGATFTCECEVGYGGGLCMEPRDAPPPRKPEASNLVGVLLGLLVPVVVVLLAVTRECIYRTRRKREKTQEGDRLARL

--------------------------------------------------------------

>35258_35258_4_GTF2IRD1-ZAN_GTF2IRD1_chr7_73953090_ENST00000476977_ZAN_chr7_100389588_ENST00000546213_length(amino acids)=768AA_BP=509
MALLGKRCDVPTNGCGPDRWNSAFTRKDEIITSLVSALDSMCSALSKLNAEVACVAVHDESAFVVGTEKGRMFLNARKELQSDFLRFCRG
PPWKDPEAEHPKKVQRGEGGGRSLPRSSLEHGSDVYLLRKMVEEVFDVLYSEALGRASVVPLPYERLLREPGLLAVQGLPEGLAFRRPAE
YDPKALMAILEHSHRIRFKLKRPLEDGGRDSKALVELNGVSLIPKGSRDCGLHGQAPKVPPQDLPPTATSSSMASFLYSTALPNHAIREL
KQEAPSCPLAPSDLGLSRPMPEPKATGAQDFSDCCGQKPTGPGGPLIQNVHASKRILFSIVHDKSEKWDAFIKETEDINTLRECVQILFN
SRYAEALGLDHMVPVPYRKIACDPEAVEIVGIPDKIPFKRPCTYGVPKLKRILEERHSIHFIIKRMFDERIFTGNKFTKDTTKLEPASPP
EDTSAEVSRATVLDLAGNARSDKGSMSEDCGPGTSGELGGLRPIKIEPEDLDIIQVTVPGLYQRRRRDKGRSWASARASKCPNVARSSWR
ATAPRPVGCWQTPRAPLLPVTRRWPQSPSKSTACWICALLRTQESKRSCVARSSVGTPSSARRRALPWLAGGTAPSALGSSFLTEDCSQR
CTCASSRILLCEPFSCRAGEVCTLGNHTQGCFPESPCLQNPCQNDGQCREQGATFTCECEVGYGGGLCMEPRDAPPPRKPEASNLVGVLL

--------------------------------------------------------------

Top

Fusion Protein Functional Features


check button Four levels of functional features of fusion genes
Go to FGviewer search page for the most frequent breakpoint (https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer/chr7:73953090/chr7:100389588)
- FGviewer provides the online visualization of the retention search of the protein functional features across DNA, RNA, protein, and pathological levels.
- How to search
1. Put your fusion gene symbol.
2. Press the tab key until there will be shown the breakpoint information filled.
4. Go down and press 'Search' tab twice.
4. Go down to have the hyperlink of the search result.
5. Click the hyperlink.
6. See the FGviewer result for your fusion gene.
FGviewer

check buttonMain function of each fusion partner protein. (from UniProt)
HgeneTgene
GTF2IRD1

Q9UHL9

.
FUNCTION: May be a transcription regulator involved in cell-cycle progression and skeletal muscle differentiation. May repress GTF2I transcriptional functions, by preventing its nuclear residency, or by inhibiting its transcriptional activation. May contribute to slow-twitch fiber type specificity during myogenesis and in regenerating muscles. Binds troponin I slow-muscle fiber enhancer (USE B1). Binds specifically and with high affinity to the EFG sequences derived from the early enhancer of HOXC8 (By similarity). {ECO:0000250, ECO:0000269|PubMed:11438732}.FUNCTION: Might normally function as a transcriptional repressor. EWS-fusion-proteins (EFPS) may play a role in the tumorigenic process. They may disturb gene expression by mimicking, or interfering with the normal function of CTD-POLII within the transcription initiation complex. They may also contribute to an aberrant activation of the fusion protein target genes.

check buttonRetention analysis result of each fusion partner protein across 39 protein features of UniProt such as six molecule processing features, 13 region features, four site features, six amino acid modification features, two natural variation features, five experimental info features, and 3 secondary structure features. Here, because of limited space for viewing, we only show the protein feature retention information belong to the 13 regional features. All retention annotation result can be downloaded at

download page

* Minus value of BPloci means that the break pointn is located before the CDS.
- Retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327119_213509.3333333333333960.0RepeatNote=GTF2I-like 1
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327342_436509.3333333333333960.0RepeatNote=GTF2I-like 2
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327119_213509.3333333333333945.0RepeatNote=GTF2I-like 1
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327342_436509.3333333333333945.0RepeatNote=GTF2I-like 2
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327119_213541.3333333333334977.0RepeatNote=GTF2I-like 1
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327342_436541.3333333333334977.0RepeatNote=GTF2I-like 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462652_27972509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=VWFC 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462708_27442509.33333333333352721.6666666666665DomainEGF-like
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482652_27972509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=VWFC 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482708_27442509.33333333333352812.6666666666665DomainEGF-like
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472652_27972509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=VWFC 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472708_27442509.33333333333352588.6666666666665DomainEGF-like
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472652_27972509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=VWFC 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472708_27442509.33333333333352711.6666666666665DomainEGF-like
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472652_27972509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=VWFC 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472708_27442509.33333333333352611.6666666666665DomainEGF-like
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482652_27972509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=VWFC 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482708_27442509.33333333333352676.6666666666665DomainEGF-like
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462779_28122509.33333333333352721.6666666666665Topological domainCytoplasmic
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482779_28122509.33333333333352812.6666666666665Topological domainCytoplasmic
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472779_28122509.33333333333352588.6666666666665Topological domainCytoplasmic
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472779_28122509.33333333333352711.6666666666665Topological domainCytoplasmic
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472779_28122509.33333333333352611.6666666666665Topological domainCytoplasmic
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482779_28122509.33333333333352676.6666666666665Topological domainCytoplasmic
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462758_27782509.33333333333352721.6666666666665TransmembraneHelical
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482758_27782509.33333333333352812.6666666666665TransmembraneHelical
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472758_27782509.33333333333352588.6666666666665TransmembraneHelical
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472758_27782509.33333333333352711.6666666666665TransmembraneHelical
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472758_27782509.33333333333352611.6666666666665TransmembraneHelical
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482758_27782509.33333333333352676.6666666666665TransmembraneHelical

- Not-retained protein feature among the 13 regional features.
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenProtein featureProtein feature note
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327906_930509.3333333333333960.0Compositional biasNote=Ser-rich
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327906_930509.3333333333333945.0Compositional biasNote=Ser-rich
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327906_930541.3333333333334977.0Compositional biasNote=Ser-rich
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327898_905509.3333333333333960.0MotifNuclear localization signal
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327898_905509.3333333333333945.0MotifNuclear localization signal
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327898_905541.3333333333334977.0MotifNuclear localization signal
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327556_650509.3333333333333960.0RepeatNote=GTF2I-like 3
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327696_790509.3333333333333960.0RepeatNote=GTF2I-like 4
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000265755+1327793_887509.3333333333333960.0RepeatNote=GTF2I-like 5
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327556_650509.3333333333333945.0RepeatNote=GTF2I-like 3
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327696_790509.3333333333333945.0RepeatNote=GTF2I-like 4
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000424337+1327793_887509.3333333333333945.0RepeatNote=GTF2I-like 5
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327556_650541.3333333333334977.0RepeatNote=GTF2I-like 3
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327696_790541.3333333333334977.0RepeatNote=GTF2I-like 4
HgeneGTF2IRD1chr7:73953090chr7:100389588ENST00000455841+1327793_887541.3333333333334977.0RepeatNote=GTF2I-like 5
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461044_10932509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=TIL 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461103_11482509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=VWFC 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461155_13712509.33333333333352721.6666666666665DomainVWFD 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461426_14792509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=TIL 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461480_15352509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=VWFC 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461541_17582509.33333333333352721.6666666666665DomainVWFD 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461812_18672509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=TIL 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461868_19242509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=VWFC 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839461930_21442509.33333333333352721.6666666666665DomainVWFD 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000003480283946209_3682509.33333333333352721.6666666666665DomainMAM 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462211_22672509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=TIL 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462268_23292509.33333333333352721.6666666666665DomainNote=VWFC 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034802839462330_25372509.33333333333352721.6666666666665DomainVWFD 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000003480283946371_5362509.33333333333352721.6666666666665DomainMAM 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000348028394639_2042509.33333333333352721.6666666666665DomainMAM 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481044_10932509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=TIL 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481103_11482509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=VWFC 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481155_13712509.33333333333352812.6666666666665DomainVWFD 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481426_14792509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=TIL 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481480_15352509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=VWFC 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481541_17582509.33333333333352812.6666666666665DomainVWFD 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481812_18672509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=TIL 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481868_19242509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=VWFC 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039481930_21442509.33333333333352812.6666666666665DomainVWFD 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000003493503948209_3682509.33333333333352812.6666666666665DomainMAM 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482211_22672509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=TIL 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482268_23292509.33333333333352812.6666666666665DomainNote=VWFC 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000034935039482330_25372509.33333333333352812.6666666666665DomainVWFD 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000003493503948371_5362509.33333333333352812.6666666666665DomainMAM 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000349350394839_2042509.33333333333352812.6666666666665DomainMAM 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471044_10932509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=TIL 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471103_11482509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=VWFC 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471155_13712509.33333333333352588.6666666666665DomainVWFD 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471426_14792509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=TIL 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471480_15352509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=VWFC 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471541_17582509.33333333333352588.6666666666665DomainVWFD 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471812_18672509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=TIL 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471868_19242509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=VWFC 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039471930_21442509.33333333333352588.6666666666665DomainVWFD 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004211003947209_3682509.33333333333352588.6666666666665DomainMAM 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472211_22672509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=TIL 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472268_23292509.33333333333352588.6666666666665DomainNote=VWFC 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042110039472330_25372509.33333333333352588.6666666666665DomainVWFD 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004211003947371_5362509.33333333333352588.6666666666665DomainMAM 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000421100394739_2042509.33333333333352588.6666666666665DomainMAM 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471044_10932509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=TIL 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471103_11482509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=VWFC 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471155_13712509.33333333333352711.6666666666665DomainVWFD 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471426_14792509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=TIL 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471480_15352509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=VWFC 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471541_17582509.33333333333352711.6666666666665DomainVWFD 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471812_18672509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=TIL 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471868_19242509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=VWFC 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839471930_21442509.33333333333352711.6666666666665DomainVWFD 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004275783947209_3682509.33333333333352711.6666666666665DomainMAM 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472211_22672509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=TIL 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472268_23292509.33333333333352711.6666666666665DomainNote=VWFC 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000042757839472330_25372509.33333333333352711.6666666666665DomainVWFD 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004275783947371_5362509.33333333333352711.6666666666665DomainMAM 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000427578394739_2042509.33333333333352711.6666666666665DomainMAM 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471044_10932509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=TIL 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471103_11482509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=VWFC 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471155_13712509.33333333333352611.6666666666665DomainVWFD 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471426_14792509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=TIL 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471480_15352509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=VWFC 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471541_17582509.33333333333352611.6666666666665DomainVWFD 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471812_18672509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=TIL 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471868_19242509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=VWFC 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039471930_21442509.33333333333352611.6666666666665DomainVWFD 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004433703947209_3682509.33333333333352611.6666666666665DomainMAM 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472211_22672509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=TIL 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472268_23292509.33333333333352611.6666666666665DomainNote=VWFC 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044337039472330_25372509.33333333333352611.6666666666665DomainVWFD 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004433703947371_5362509.33333333333352611.6666666666665DomainMAM 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000443370394739_2042509.33333333333352611.6666666666665DomainMAM 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481044_10932509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=TIL 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481103_11482509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=VWFC 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481155_13712509.33333333333352676.6666666666665DomainVWFD 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481426_14792509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=TIL 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481480_15352509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=VWFC 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481541_17582509.33333333333352676.6666666666665DomainVWFD 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481812_18672509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=TIL 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481868_19242509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=VWFC 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239481930_21442509.33333333333352676.6666666666665DomainVWFD 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004490523948209_3682509.33333333333352676.6666666666665DomainMAM 2
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482211_22672509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=TIL 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482268_23292509.33333333333352676.6666666666665DomainNote=VWFC 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST0000044905239482330_25372509.33333333333352676.6666666666665DomainVWFD 4
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004490523948371_5362509.33333333333352676.6666666666665DomainMAM 3
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000449052394839_2042509.33333333333352676.6666666666665DomainMAM 1
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000003480283946573_10412509.33333333333352721.6666666666665RegionNote=66 X heptapeptide repeats (approximate) (mucin-like domain)
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000003493503948573_10412509.33333333333352812.6666666666665RegionNote=66 X heptapeptide repeats (approximate) (mucin-like domain)
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004211003947573_10412509.33333333333352588.6666666666665RegionNote=66 X heptapeptide repeats (approximate) (mucin-like domain)
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004275783947573_10412509.33333333333352711.6666666666665RegionNote=66 X heptapeptide repeats (approximate) (mucin-like domain)
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004433703947573_10412509.33333333333352611.6666666666665RegionNote=66 X heptapeptide repeats (approximate) (mucin-like domain)
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST000004490523948573_10412509.33333333333352676.6666666666665RegionNote=66 X heptapeptide repeats (approximate) (mucin-like domain)
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000348028394618_27572509.33333333333352721.6666666666665Topological domainExtracellular
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000349350394818_27572509.33333333333352812.6666666666665Topological domainExtracellular
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000421100394718_27572509.33333333333352588.6666666666665Topological domainExtracellular
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000427578394718_27572509.33333333333352711.6666666666665Topological domainExtracellular
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000443370394718_27572509.33333333333352611.6666666666665Topological domainExtracellular
TgeneZANchr7:73953090chr7:100389588ENST00000449052394818_27572509.33333333333352676.6666666666665Topological domainExtracellular


Top

Fusion Protein Structures

check button PDB and CIF files of the predicted fusion proteins
* Here we show the 3D structure of the fusion proteins using Mol*. AlphaFold produces a per-residue confidence score (pLDDT) between 0 and 100. Model confidence is shown from the pLDDT values per residue. pLDDT corresponds to the model’s prediction of its score on the local Distance Difference Test. It is a measure of local accuracy (from AlphfaFold website). To color code individual residues, we transformed individual PDB files into CIF format.
Fusion protein PDB link (fusion AA seq ID in FusionPDB)HgeneHchrHbpHstrandTgeneTchrTbpTstrandAA seqLen(AA seq)
PDB file >>>1601_GTF2IRD1_73953090_ZAN_100389588_ranked_0.pdbGTF2IRD17395309073953090ENST00000546213ZANchr7100389588+
MAAGRGRGAAGRSAWGSSKATMALLGKRCDVPTNGCGPDRWNSAFTRKDEIITSLVSALDSMCSALSKLNAEVACVAVHDESAFVVGTEK
GRMFLNARKELQSDFLRFCLSAAQHRAATSQLEGRVVRRVLTVASRALCPTGGPPWKDPEAEHPKKVQRGEGGGRSLPRSSLEHGSDVYL
LRKMVEEVFDVLYSEALGRASVVPLPYERLLREPGLLAVQGLPEGLAFRRPAEYDPKALMAILEHSHRIRFKLKRPLEDGGRDSKALVEL
NGVSLIPKGSRDCGLHGQAPKVPPQDLPPTATSSSMASFLYSTALPNHAIRELKQEAPSCPLAPSDLGLSRPMPEPKATGAQDFSDCCGQ
KPTGPGGPLIQNVHASKRILFSIVHDKSEKWDAFIKETEDINTLRECVQILFNSRYAEALGLDHMVPVPYRKIACDPEAVEIVGIPDKIP
FKRPCTYGVPKLKRILEERHSIHFIIKRMFDERIFTGNKFTKDTTKLEPASPPEDTSAEVSRATVLDLAGNARSDKGSMSEDCGPGTSGE
LGGLRPIKIEPEDLDIIQVTVPGLYQRRRRDKGRSWASARASKCPNVARSSWRATAPRPVGCWQTPRAPLLPVTRRWPQSPSKSTACWIC
ALLRTQESKRSCVARSSVGTPSSARRRALPWLAGGTAPSALGSSFLTEDCSQRCTCASSRILLCEPFSCRAGEVCTLGNHTQGCFPESPC
LQNPCQNDGQCREQGATFTCECEVGYGGGLCMEPRDAPPPRKPEASNLVGVLLGLLVPVVVVLLAVTRECIYRTRRKREKTQEGDRLARL
821


Top

pLDDT score distribution

check button pLDDT score distribution of the predicted wild-type structures of two partner proteins from AlphaFold2
* AlphaFold produces a per-residue confidence score (pLDDT) between 0 and 100.
GTF2IRD1_pLDDT.png
all structure
all structure
ZAN_pLDDT.png
all structure
all structure

check button pLDDT score distribution of the predicted fusion protein structures from AlphaFold2
* AlphaFold produces a per-residue confidence score (pLDDT) between 0 and 100.
all structure


Top

Ramachandran Plot of Fusion Protein Structure


check button Ramachandran plot of the torsional angles - phi (φ)and psi (ψ) - of the residues (amino acids) contained in this fusion protein peptide.
Fusion AA seq ID in FusionPDB and their Ramachandran plots

Top

Fusion Protein-Protein Interaction


check button Go to ChiPPI (Chimeric Protein-Protein interactions) to see the chimeric PPI interaction in

ChiPPI page.


check button Protein-protein interactors with each fusion partner protein in wild-type from validated records (BIOGRID-3.4.160)
GenePPI interactors


check button Protein-protein interactors based on sequence similarity (STRING)
GeneSTRING network
GTF2IRD1
ZAN


check button - Retained interactions in fusion protein (protein functional feature from UniProt).
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenStill interaction with


check button - Lost interactions due to fusion (protein functional feature from UniProt).
PartnerGeneHbpTbpENSTStrandBPexonTotalExonProtein feature loci*BPlociTotalLenInteraction lost with


Top

Related Drugs to GTF2IRD1-ZAN


check button Drugs used for this fusion-positive patient.
(Manual curation of PubMed, 04-30-2022 + MyCancerGenome)
HgeneTgeneDrugSourcePMID

Top

Related Diseases to GTF2IRD1-ZAN


check button Diseases that have this fusion gene.
(Manual curation of PubMed, 04-30-2022 + MyCancerGenome)
HgeneTgeneDiseaseSourcePMID

check button Diseases associated with fusion partners.
(DisGeNet 4.0)
PartnerGeneDisease IDDisease name# pubmedsSource